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【求助】这个模型怎么建立??
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请教:这个模型怎么建立?用什么软件?具体步骤? 文献上的: 单个立方形金刚石晶胞沿Z 轴有五层碳原子,为了简化模型,取包括001 面 上相邻三层碳原子。由于001 面上碳原子有两个悬挂键,需要用重构来改造001 面的结构,把相近碳原子用单键相连,调整键长为1.60 Å,使001 面上碳只剩下 一个悬挂键。该模型中第一层与第二层碳原子间单键键长为1.61 Å。取1.60 Å 与1.61 Å 这两种键长,是考虑到表面上能够通过重构而形成碳碳单键,且与第 一、二层间碳碳单键键长相近。对这两种键长未进行优化。第二层与第三层间碳 原子间键长是1.54 Å,和金刚石标准键长一致。然后用加氢的方法饱和所有碳的 悬挂键,模型包含40 个碳原子和52 个氢原子。由于模型较大,而且,这种模型 如果作完全优化往往使结构严重变形,所以,用Gaussian 98 对该模型进行局部 优化,即只优化与001 面碳原子相连的氢原子,优化后碳氢键键长为1.08 Å,其 余部分的构型在各个模型中都保持不变。然后用B3LYP/6-31G*计 算单点能,得到表面氢饱和模型a 的能量Ea。后面各模型能量的计算均采用同 样的方法与基组将模型a 沿着Z 轴方向翻转,再次导入,沿Z 轴调整两部分之间的距离,两层膜间相对的氢氢间距离,即氢氢核间距记作dH-H, 如何实现??特别是1、把相近碳原子用单键相连,调整键长为1.60 Å,使001 面上碳只剩下一个悬挂键。该模型中第一层与第二层碳原子间单键键长为1.61 Å。 2、将模型a 沿着Z 轴方向翻转,再次导入,沿Z 轴调整两部分之间的距离,两层膜间相对的氢氢间距离 文献中的模型结构是: |
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