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hzfish金虫 (正式写手)
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[交流]
【讨论】频率计算收敛标准！！！！
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作频率计算收敛标准出现以下情况: Item Value Threshold Converged? Maximum Force 0.000022 0.000450 YES RMS Force 0.000005 0.000300 YES Maximum Displacement 0.015024 0.001800 NO RMS Displacement 0.002646 0.001200 NO Predicted change in Energy=-3.207076D-08 出现这种情况结果是否可以采用.采用什么方法使结果出现四个YES?? 谢谢! |
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消除虚频的技巧
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
erylingjet(金币+3,VIP+0):感谢交流 12-5 20:55
yjcmwgk(金币+0,VIP+0):楼主的问题和消虚没关系 12-6 12:18
loovfnd(金币+0,VIP+0):新虫，混金币可以理解。下次不可以 12-8 13:39
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loovfnd(金币+0,VIP+0):新虫，混金币可以理解。下次不可以 12-8 13:39
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在进行Gaussian计算时，经常会出现多个虚频个，每个都只有－30~－20左右，但是如果结构改动过大，则一不小心，虚频就会更大。消除虚频的主要方法是改变构型。其次在计算上还可以尝试：nosymm；加大循环次数；提高收敛度；iop(1/8=1)等。通常对于势能面很平，较小的虚频很难消除。 为了解决以上的这种现象,按如下的步骤一步步调整： 1）. 在优化时采用Scf(tight)的选项，增加收敛的标准。再去计算频率。如果还有虚频，参见下一步。 2）. 对称性的影响，很多情况下的虚频是由于分子本身的对称性造成的。这样，在优化时，如果必要，要将对称性降低，还有，输入文件有时是用内坐标。建议如果有虚频的话，将内坐标改成直角坐标优化。但是有时这一方法也并没有多大作用。 关于如何将内坐标改成直角坐标，可以直接看输出文件（例子如下）： Full point group CS NOp 2 Largest Abelian subgroup CS NOp 2 Largest concise Abelian subgroup CS NOp 2 Standard orientation: --------------------------------------------------------------------- Center Atomic Atomic Coordinates (Angstroms) Number Number Type X Y Z --------------------------------------------------------------------- 1 46 0 -0.242506 1.028743 2.204311 2 46 0 -0.476137 2.619863 0.000000 3 46 0 -0.242506 1.028743 -2.204311 4 46 0 -0.242506 -1.618028 -1.382208 5 46 0 -0.242506 -1.618028 1.382208 6 46 0 -1.725240 0.349678 0.000000 Coordinates这一部分就是，如果没有，看Input orientation也行。 3）. 如果上述方法还有虚频，看一下虚频，找到强度较大的，将在频率中产生的原子的振动坐标加到相应的输入文件中。这样，重新计算。直到虚频没有。比较好的做法是分子结构输入用直角坐标，将这些产生虚频的振动坐标直接与原始坐标相加。加的时候不一定要将坐标直接相加，可以选择权重如1/3相加等。 4）. 实际上，如果分子柔性较大，很难找到最低点，这是电子结构计算的问题，这种情况下，需要动力学的 东西，用构象搜寻的办法解决。如：模拟退火，最陡下降法，淬火法等。将得到的能量最低的构象做一般的电子结构计算，这样，应当没有问题。 如果上面几步仍然无法解决问题，则有可能是因为计算还没有得到最稳定的结构，那么或者是分子结构有问题，或者是计算错了，再者就是游离出现在计算的范畴。 最后如果是寻找过渡态，如果只有一个虚频，而且该虚频对应某单键旋转震动，那么产生虚频的原因就是初始结构比较接近重叠构象。这时把优化过的结构绕振动方向旋转几十度再重新优化就有可能得到正确的结果。优化中等大小的有机分子（50-100原子）的时候，应该经常碰到这种情况。 当出现两个以上虚频时，可以先看一下振动模式。如果多余的虚频，和想要的振动模式发生在不同原子上，可以先固定过渡态模式所对应的原子，然后做opt到minimal,一般可以把多余的虚频去掉，再放开做全优化。或许会有所收获。 |
9楼2009-12-05 19:31:45
agou
金虫 (正式写手)
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2楼2009-12-04 19:27:42
3楼2009-12-04 19:53:02
4楼2009-12-04 20:14:38
