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topten-gg

银虫 (正式写手)

[交流] 【求助】DMOL里面如何指定一个对称性让它进行优化

比如一个分子 可以是D3d也可以是D5d  如何指定为D5d呢?
我用symmetry find对称性的时候找不到D5d 怎么调节容差都找不到

谢谢大侠了
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aaq2800

铁杆木虫 (知名作家)

★ ★
aylayl08(金币+1,VIP+0):谢谢指点 12-3 14:50
topten-gg(金币+1,VIP+0):谢谢 12-4 14:36
你的对象不具有D5d对称,怎么会找出来呀,计算的时候选上使用对称性
2楼2009-12-03 14:49:07
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topten-gg

银虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by aaq2800 at 2009-12-3 14:49:
你的对象不具有D5d对称,怎么会找出来呀,计算的时候选上使用对称性

不会啊  C20 cage状分子  应该可以具有D5d啊
3楼2009-12-03 15:55:15
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daniel2001

铜虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★
wuchenwf(金币+1,VIP+0):谢谢回帖交流 12-3 21:53
topten-gg(金币+3,VIP+0):谢谢 12-4 14:36
这需要你建模时就用D5d对称群,如果已经建好模型又懒得改,你就得手动调节了各原子之间的距离了,参考模板从Fragment Browser里面找。
4楼2009-12-03 17:10:44
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