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kuangyd

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[交流] 【求助】平衡分子系统的质量中心速度和温度的关系

Temperature is calculated from the total kinetic energy and the total number of degrees of freedom. For a nonperiodic system:

Eq. 43

（3N-6)*Kb*T/2=求和（mi*vi^2/2）
Six degrees of freedom are subtracted because both the translation and rotation of the center of mass are ignored
这里： N是所以原子的自由度的和，Kb是普朗克常数，T是体统统计温度。

这是MS里面对非周期系统的温度定义的一句话。我想问的是：MS里面将系统质量中心的自由度给减掉了，那么质量中心的速度也不参与温度的统计。对于平衡动力学系统，是这样的吗？请问在哪里可以找到相关的理论支持。对于非平衡动力学系统，当控制恒定的温度的时候，这个肯定是要减掉的。

2，在forcite里面，motion group（定义刚体）的命令不能实现，虽然定义了，但是不起作用，大家有这个经历吗？

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1楼 2009-12-01 11:27:39

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kuangyd

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哦，我理解有点错误。正确的理解是仅仅减掉6个质量中心的自由度，所有的原子速率参与温度统计，当然包括质量中心的速度。

在lammps软件里面，对这个质量中心的速度有专门的说法（lammps称它为bias），它采用的是将质量中心的速度从每个原子的速率中减掉，用剩余的速率统计剩余的温度，然后将这个减掉的速率和减掉的温度加回来。
如果是非平衡系统（比如双层纳米碳管谐振器，一般将一层碳管拉出来到一定位置，然后释放），由于势能和动能在转化，这个质量中心的速率是由势能转化来的，这个质量中心的速率就不能再加回来。