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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】MS能够模拟3~6个相同有机小分子的空间聚积状态吗？
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xtdut

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】MS能够模拟3~6个相同有机小分子的空间聚积状态吗？

以五联苯（单个分子的构型已经用gaussian优化完毕）为例，MS能不能够模拟出三到六个五联苯分子在空间的聚集情况（最简单的无规堆积也行，要是能够大致模拟出部分聚集就更好了），具体如何在MS4.4中操作？由于本人是菜鸟，希望高手能够耐心点指导，不要说说原理了事，谢谢！
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1楼 2009-11-29 09:36:45
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mengfc

金虫 (正式写手)
★
xtdut(金币+1,VIP+0):我都不知道它是晶体还是无规聚集，这不是要模拟吗？ 11-29 09:43
放在一个大晶胞里？呵呵
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2楼2009-11-29 09:40:58
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mengfc

金虫 (正式写手)
★ ★
yjmaxpayne(金币+2,VIP+0):谢谢交流 12-3 12:08
无规聚集也需要放在一个大的晶胞里，晶胞要足够大使外界对这些五联苯分子没有影响
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3楼2009-11-29 09:48:07
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xtdut

银虫 (小有名气)
具体怎么做呀？麻烦能不能耐心指点下，谢谢！
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4楼2009-11-29 10:00:56
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mengfc

金虫 (正式写手)
★ ★
yjmaxpayne(金币+2,VIP+0):谢谢交流 12-3 12:08
引用回帖:
Originally posted by xtdut at 2009-11-29 10:00:
具体怎么做呀？麻烦能不能耐心指点下，谢谢！

你先查一下文献，看他们是怎么有序还是无规律的。有序的好说，要是没有顾虑的，你就要先自己排一下这几个分子的空间排布，然后选择build-crystals-build crystai建一个大的晶胞能把这些分子都装进去就行了
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5楼2009-11-29 10:41:30
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xtdut

银虫 (小有名气)
我对MS不是很熟，能不能够介绍下选用那个模块计算比较合适，怎么算呀？用分子动力学方法吗？
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6楼2009-11-29 10:57:08
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zhangfan2192

金虫 (著名写手)
★
yjmaxpayne(金币+1,VIP+0):谢谢 12-3 12:08
貌似discover 模块是可以的
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相逢是缘！
7楼2009-11-29 21:32:17
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goodtimega

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
yjmaxpayne(金币+1,VIP+0):谢谢 12-3 12:08
xtdut(金币+1,VIP+0):谢谢，能不能具体点，不太会使！ 12-11 14:28
应该用Amorphous Cell
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8楼2009-11-30 03:09:25
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fu19871111

金虫 (正式写手)
★
xtdut(金币+1,VIP+0):谢谢回复，具体点好吗？ 12-11 14:28
Amorphous Cell  是算无规的吧
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9楼2009-12-02 23:58:16
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