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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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xtdut

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】MS能够模拟3~6个相同有机小分子的空间聚积状态吗?

以五联苯(单个分子的构型已经用gaussian优化完毕)为例,MS能不能够模拟出三到六个五联苯分子在空间的聚集情况(最简单的无规堆积也行,要是能够大致模拟出部分聚集就更好了),具体如何在MS4.4中操作?由于本人是菜鸟,希望高手能够耐心点指导,不要说说原理了事,谢谢!
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mengfc

金虫 (正式写手)


xtdut(金币+1,VIP+0):我都不知道它是晶体还是无规聚集,这不是要模拟吗? 11-29 09:43
放在一个大晶胞里?呵呵
2楼2009-11-29 09:40:58
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mengfc

金虫 (正式写手)

★ ★
yjmaxpayne(金币+2,VIP+0):谢谢交流 12-3 12:08
无规聚集也需要放在一个大的晶胞里,晶胞要足够大使外界对这些五联苯分子没有影响
3楼2009-11-29 09:48:07
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xtdut

银虫 (小有名气)

具体怎么做呀?麻烦能不能耐心指点下,谢谢!
4楼2009-11-29 10:00:56
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mengfc

金虫 (正式写手)

★ ★
yjmaxpayne(金币+2,VIP+0):谢谢交流 12-3 12:08
引用回帖:
Originally posted by xtdut at 2009-11-29 10:00:
具体怎么做呀?麻烦能不能耐心指点下,谢谢!

你先查一下文献,看他们是怎么有序还是无规律的。有序的好说,要是没有顾虑的,你就要先自己排一下这几个分子的空间排布,然后选择build-crystals-build crystai建一个大的晶胞能把这些分子都装进去就行了
5楼2009-11-29 10:41:30
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xtdut

银虫 (小有名气)

我对MS不是很熟,能不能够介绍下选用那个模块计算比较合适,怎么算呀?用分子动力学方法吗?
6楼2009-11-29 10:57:08
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zhangfan2192

金虫 (著名写手)


yjmaxpayne(金币+1,VIP+0):谢谢 12-3 12:08
貌似discover 模块是可以的
相逢是缘!
7楼2009-11-29 21:32:17
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goodtimega

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★
yjmaxpayne(金币+1,VIP+0):谢谢 12-3 12:08
xtdut(金币+1,VIP+0):谢谢,能不能具体点,不太会使! 12-11 14:28
应该用Amorphous Cell
8楼2009-11-30 03:09:25
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fu19871111

金虫 (正式写手)


xtdut(金币+1,VIP+0):谢谢回复,具体点好吗? 12-11 14:28
Amorphous Cell  是算无规的吧
9楼2009-12-02 23:58:16
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