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一步一步

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】急!Gold 对接问题

各位高手:
我用同源建模得到的蛋白质模型做分子对接。在相关文献中我已经找到关键的活性位点,但是不知道怎么才能让Gold识别这些活性位点。看了Gold的使用说明,上面说需要在gold.conf文件中添加命令
floodfill_center = list_of_residues
cavity_file =
然后再建一个text file:
GOLD will then read in the specified text file e.g. list_of_residues.txt, and extract the
residues listed.

问题是我直接在已有的gold.conf文件中添加上述命令,再次运行时会被新的gold.conf替代,而且在运行时到识别活性位点那一块就进行不下去了。

请各位高手帮忙看看,谢谢!
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