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jglee646

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】mpich2如何使用openpbs进行多节点并行计算?

#!/bin/bash

# example for 1 nodes
#PBS -N test
#PBS -l nodes=1:ppn=8
#PBS -j oe
#PBS -q qvasp

# change into your working directory
cd $PBS_O_WORKDIR

# setting up local SCRATCH
export SCRATCH=/tmp/$PBS_JOBID

cat $PBS_NODEFILE > nodelist
export num=`wc -l < nodelist`


/hptc_cluster/software/mpich2-1.2/bin/mpiexec -n $num -machinefile nodelist /hptc_cluster/software/vaspmpi/vasp.4.6/vasp

rm nodelist

结果还没开始计算就关闭了。mpdtrace显示正常,求助!

[ Last edited by wuli8 on 2009-11-28 at 09:52 ]
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y1ding

铁杆木虫 (著名写手)


mingdong(金币+1,VIP+0):感谢交流! 11-26 16:43
-machinefile $PBS_NODEFILE
2楼2009-11-25 18:38:37
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zhangwc5020

银虫 (小有名气)

讨论

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
mingdong(金币+1,VIP+0):感谢交流! 11-26 16:43
我也遇到过类似的问题:mpi有问题

不过只能给你点提示:需要指定编译器位置,如intel forton c这三个编译器,我现在还没搞定
3楼2009-11-26 09:55:43
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jglee646

金虫 (小有名气)

这个脚本我以前用mpich-1.2.7就可以很好的运行,到了mpich2就不行了,奇怪
引用回帖:
Originally posted by y1ding at 2009-11-25 18:38:
-machinefile $PBS_NODEFILE

4楼2009-11-26 10:06:40
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jglee646

金虫 (小有名气)

怎么指定编译器?vasp编译都通过了,mpi是不会有问题的
引用回帖:
Originally posted by zhangwc5020 at 2009-11-26 09:55:
我也遇到过类似的问题:mpi有问题

不过只能给你点提示:需要指定编译器位置,如intel forton c这三个编译器,我现在还没搞定

5楼2009-11-26 10:10:42
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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)

好资源啊
6楼2009-11-26 23:02:32
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