24小时热门版块排行榜    

查看: 914  |  回复: 5
当前主题已经存档。

jglee646

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】mpich2如何使用openpbs进行多节点并行计算?

#!/bin/bash

# example for 1 nodes
#PBS -N test
#PBS -l nodes=1:ppn=8
#PBS -j oe
#PBS -q qvasp

# change into your working directory
cd $PBS_O_WORKDIR

# setting up local SCRATCH
export SCRATCH=/tmp/$PBS_JOBID

cat $PBS_NODEFILE > nodelist
export num=`wc -l < nodelist`


/hptc_cluster/software/mpich2-1.2/bin/mpiexec -n $num -machinefile nodelist /hptc_cluster/software/vaspmpi/vasp.4.6/vasp

rm nodelist

结果还没开始计算就关闭了。mpdtrace显示正常,求助!

[ Last edited by wuli8 on 2009-11-28 at 09:52 ]
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

y1ding

铁杆木虫 (著名写手)


mingdong(金币+1,VIP+0):感谢交流! 11-26 16:43
-machinefile $PBS_NODEFILE
2楼2009-11-25 18:38:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangwc5020

银虫 (小有名气)

讨论

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
mingdong(金币+1,VIP+0):感谢交流! 11-26 16:43
我也遇到过类似的问题:mpi有问题

不过只能给你点提示:需要指定编译器位置,如intel forton c这三个编译器,我现在还没搞定
3楼2009-11-26 09:55:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jglee646

金虫 (小有名气)

这个脚本我以前用mpich-1.2.7就可以很好的运行,到了mpich2就不行了,奇怪
引用回帖:
Originally posted by y1ding at 2009-11-25 18:38:
-machinefile $PBS_NODEFILE

4楼2009-11-26 10:06:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jglee646

金虫 (小有名气)

怎么指定编译器?vasp编译都通过了,mpi是不会有问题的
引用回帖:
Originally posted by zhangwc5020 at 2009-11-26 09:55:
我也遇到过类似的问题:mpi有问题

不过只能给你点提示:需要指定编译器位置,如intel forton c这三个编译器,我现在还没搞定

5楼2009-11-26 10:10:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)

好资源啊
6楼2009-11-26 23:02:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 jglee646 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 基金中了 +15 laoda193707 2026-08-06 15/750 2026-08-11 00:11 by jiafei2190
[基金申请] FileCode能看出啥? +7 要乐观耀哥 2026-08-10 15/750 2026-08-10 19:29 by 要乐观耀哥
[基金申请] 确定了,国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分? +10 yufeiwaner 2026-08-09 11/550 2026-08-10 18:47 by yufeiwaner
[基金申请] 我的国基提前知道中了,可是同事的操作让我实在接受不了,怎么会有这样的人 +8 家与远方 2026-08-10 11/550 2026-08-10 17:09 by 六两废铜
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +3 majunge000 2026-08-10 3/150 2026-08-10 15:46 by lch2012
[基金申请] 8月时间戳变的,举个手。玩一下,释放压力 +11 archvillain 2026-08-04 13/650 2026-08-10 14:41 by seekfind
[基金申请] 好奇怪的filecode +4 布布和一二 2026-08-08 5/250 2026-08-10 14:20 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
[基金申请] 2026国自然放榜时间 +9 布布和一二 2026-08-08 9/450 2026-08-10 11:22 by xxxx2020
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +11 布布和一二 2026-08-08 22/1100 2026-08-10 11:10 by wmfsnow
[基金申请] filecode与中标关系的预测 +5 布布和一二 2026-08-07 5/250 2026-08-09 16:15 by 袁向阳007
[基金申请] 国基金的申报应该改成非等额制,评价高的钱多评价低的钱少,但是增加资助率 +7 a089 2026-08-07 7/350 2026-08-08 18:05 by gltch
[基金申请] 关于filecode +4 布布和一二 2026-08-07 7/350 2026-08-07 22:55 by zhanghaozhu
[基金申请] 化学口download_prp&amp;fileCode的固定段好像这几天一直没变,有变的大神么? +3 Tide man 2026-08-07 4/200 2026-08-07 22:39 by Tide man
[基金申请] 听说今天filecode变了 +24 布布和一二 2026-08-06 47/2350 2026-08-07 16:02 by zhiyanjiang
[基金申请] filecode +14 等待解的谜 2026-08-06 19/950 2026-08-07 12:20 by wlwhappy
[基金申请] filecode +8 布布和一二 2026-08-06 11/550 2026-08-06 20:41 by tangpu318
[基金申请] 好消息?这个有何含义??? +8 Tide man 2026-08-05 10/500 2026-08-05 16:14 by xmuxiaoyu
[基金申请] 纯娱乐,不喜欢勿喷 +7 Tide man 2026-08-04 10/500 2026-08-04 15:10 by loufangrui
信息提示
请填处理意见