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laohaoren2802银虫 (正式写手)
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【求助】对“用Material Studio构建表面模型（zz）” 帖的疑问
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首先感谢xinjiang 在看了帖子“用Material Studio构建表面模型（zz）” http://muchong.com/bbs/viewthread. ... ghlight=&page=1 后，在第三步中有个疑问 “第三, 选择layer 的厚度, 就在depth里选择 fraction,也就是重复的晶面数,注意这里不是周期数。如果是三层的 在depth里设定6就好了。没有把握的话,可以随便设定一定depth值,cleave之后还可以根据厚度来recleave.” “如果是三层的 在depth里设定6就好了”我在depth----fractional中输入1时得到得模型如图1所示。在depth----fractional中输入6，得到的模型如图2所示。图3为fractional中输入3时的模型图。在图2中怎么看出是三层呢？照理来说应该是6层才对啊？是不是我数晶面数的方法不对？该怎样看？请给予指教。谢谢！！！ [ Last edited by laohaoren2802 on 2009-11-23 at 22:09 ] |
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ice_rain
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2楼2009-11-24 08:46:42
zhangfan2192
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laohaoren2802
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6楼2009-11-24 10:16:49
laohaoren2802
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再附上 fractional取0.5时的模型图Fig4. 下面是 fractional取6时的 PDB file，其中atom 从1---12，是不是就是12层了？ REMARK Materials Studio PDB file REMARK Created: Tue Nov 24 02:50:29 中国标准时间 2009 CRYST1 3.924 2.775 25.260 90.00 90.00 90.00 P1 ATOM 1 PT1 MOL 2 -7.848 -11.772 0.000 1.00 0.00 Pt ATOM 2 PT1 MOL 2 -7.848 -7.848 0.000 1.00 0.00 Pt ATOM 3 PT1 MOL 2 -3.924 -7.848 0.000 1.00 0.00 Pt ATOM 4 PT1 MOL 2 -3.924 -3.924 0.000 1.00 0.00 Pt ATOM 5 PT1 MOL 2 -0.000 -3.924 0.000 1.00 0.00 Pt ATOM 6 PT1 MOL 2 -0.000 -0.000 0.000 1.00 0.00 Pt ATOM 7 PT1 MOL 2 -7.848 -9.810 1.962 1.00 0.00 Pt ATOM 8 PT1 MOL 2 -3.924 -5.886 1.962 1.00 0.00 Pt ATOM 9 PT1 MOL 2 -0.000 -1.962 1.962 1.00 0.00 Pt ATOM 10 PT1 MOL 2 -9.810 -11.772 1.962 1.00 0.00 Pt ATOM 11 PT1 MOL 2 -5.886 -7.848 1.962 1.00 0.00 Pt ATOM 12 PT1 MOL 2 -1.962 -3.924 1.962 1.00 0.00 Pt TER 还有就是 fractional取3时的 PDB file，其中atom 从1---6，是不是就是6层了？ REMARK Materials Studio PDB file REMARK Created: Tue Nov 24 02:56:54 中国标准时间 2009 CRYST1 3.924 2.775 16.937 90.00 90.00 90.00 P1 ATOM 1 PT1 MOL 2 -3.924 -3.924 0.000 1.00 0.00 Pt ATOM 2 PT1 MOL 2 0.000 -3.924 0.000 1.00 0.00 Pt ATOM 3 PT1 MOL 2 0.000 0.000 0.000 1.00 0.00 Pt ATOM 4 PT1 MOL 2 -3.924 -5.886 1.962 1.00 0.00 Pt ATOM 5 PT1 MOL 2 0.000 -1.962 1.962 1.00 0.00 Pt ATOM 6 PT1 MOL 2 -1.962 -3.924 1.962 1.00 0.00 Pt TER 请高手给个准信。谢谢！！！ |
7楼2009-11-24 11:03:54
