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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】对“用Material Studio构建表面模型（zz）” 帖的疑问
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laohaoren2802

银虫 (正式写手)

[交流] 【求助】对“用Material Studio构建表面模型（zz）” 帖的疑问

首先感谢xinjiang  
在看了帖子“用Material Studio构建表面模型（zz）”
http://muchong.com/bbs/viewthread. ... ghlight=&page=1
后，在第三步中有个疑问
“第三, 选择layer 的厚度, 就在depth里选择 fraction,也就是重复的晶面数,注意这里不是周期数。如果是三层的 在depth里设定6就好了。没有把握的话,可以随便设定一定depth值,cleave之后还可以根据厚度来recleave.”  “如果是三层的 在depth里设定6就好了”我在depth----fractional中输入1时得到得模型如图1所示。在depth----fractional中输入6，得到的模型如图2所示。图3为fractional中输入3时的模型图。在图2中怎么看出是三层呢？照理来说应该是6层才对啊？是不是我数晶面数的方法不对？该怎样看？请给予指教。谢谢！！！

[ Last edited by laohaoren2802 on 2009-11-23 at 22:09 ]
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1楼 2009-11-23 22:07:42
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ice_rain

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
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zxzj05(金币+1,VIP+0):讨论奖励！ 11-25 11:22
depth你可以用微调按钮来调节（就是那个上下箭头），你可怎么合适怎么来。可以数原子层数。
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2楼2009-11-24 08:46:42
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zhangfan2192

金虫 (著名写手)
t同意楼上的
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相逢是缘！
3楼2009-11-24 09:07:12
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laohaoren2802

银虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by ice_rain at 2009-11-24 08:46:
depth你可以用微调按钮来调节（就是那个上下箭头），你可怎么合适怎么来。可以数原子层数。

谢谢！！！这个会调，想求证一下在前面附件中的Fig1，Fig2，Fig3中原子层数是否依次为1层，6层和3层？  如果不是的话，那原子层数该怎样数？
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4楼2009-11-24 09:18:08
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wuli8

荣誉版主 (知名作家)

…………

优秀版主优秀版主
★ ★
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zxzj05(金币+1,VIP+0):讨论奖励！ 11-25 11:22
引用回帖:
Originally posted by laohaoren2802 at 2009-11-24 09:18:

谢谢！！！这个会调，想求证一下在前面附件中的Fig1，Fig2，Fig3中原子层数是否依次为1层，6层和3层？  如果不是的话，那原子层数该怎样数？

个人认为
Fig1，2层
Fig2，12层
Fig3,6层
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…………
5楼2009-11-24 10:16:11
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wuli8

荣誉版主 (知名作家)

…………

优秀版主优秀版主
引用回帖:
Originally posted by laohaoren2802 at 2009-11-24 09:18:

谢谢！！！这个会调，想求证一下在前面附件中的Fig1，Fig2，Fig3中原子层数是否依次为1层，6层和3层？  如果不是的话，那原子层数该怎样数？

个人认为
Fig1，2层
Fig2，12层
Fig3,6层
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…………
6楼2009-11-24 10:16:49
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laohaoren2802

银虫 (正式写手)
再附上 fractional取0.5时的模型图Fig4.
下面是 fractional取6时的 PDB file，其中atom 从1---12，是不是就是12层了？
REMARK   Materials Studio PDB file
REMARK   Created:  Tue Nov 24 02:50:29 中国标准时间 2009
CRYST1    3.924    2.775   25.260  90.00  90.00  90.00 P1
ATOM      1 PT1  MOL     2      -7.848 -11.772   0.000  1.00  0.00   Pt   
ATOM      2 PT1  MOL     2      -7.848  -7.848   0.000  1.00  0.00     Pt   
ATOM      3 PT1  MOL     2      -3.924  -7.848   0.000  1.00  0.00    Pt   
ATOM      4 PT1  MOL     2      -3.924  -3.924   0.000  1.00  0.00    Pt   
ATOM      5 PT1  MOL     2      -0.000  -3.924   0.000  1.00  0.00   Pt   
ATOM      6 PT1  MOL     2      -0.000  -0.000   0.000  1.00  0.00    Pt   
ATOM      7 PT1  MOL     2      -7.848  -9.810   1.962  1.00  0.00      Pt   
ATOM      8 PT1  MOL     2      -3.924  -5.886   1.962  1.00  0.00    Pt   
ATOM      9 PT1  MOL     2      -0.000  -1.962   1.962  1.00  0.00      Pt   
ATOM     10 PT1  MOL     2      -9.810 -11.772   1.962  1.00  0.00    Pt   
ATOM     11 PT1  MOL     2      -5.886  -7.848   1.962  1.00  0.00    Pt   
ATOM     12 PT1  MOL     2      -1.962  -3.924   1.962  1.00  0.00     Pt   
TER
还有就是 fractional取3时的 PDB file，其中atom 从1---6，是不是就是6层了？
REMARK   Materials Studio PDB file
REMARK   Created:  Tue Nov 24 02:56:54 中国标准时间 2009
CRYST1    3.924    2.775   16.937  90.00  90.00  90.00 P1
ATOM      1 PT1  MOL     2      -3.924  -3.924   0.000  1.00  0.00        Pt   
ATOM      2 PT1  MOL     2       0.000  -3.924   0.000  1.00  0.00      Pt   
ATOM      3 PT1  MOL     2       0.000   0.000   0.000  1.00  0.00      Pt   
ATOM      4 PT1  MOL     2      -3.924  -5.886   1.962  1.00  0.00       Pt   
ATOM      5 PT1  MOL     2       0.000  -1.962   1.962  1.00  0.00      Pt   
ATOM      6 PT1  MOL     2      -1.962  -3.924   1.962  1.00  0.00      Pt   
TER
请高手给个准信。谢谢！！！
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7楼2009-11-24 11:03:54
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