| 查看: 10 | 回复: 0 | |||
[交流]
133 Ų 的极性表面积，如何决定 TNG462 的母液配制与色谱条件
|
|
TNG462（Vopimetostat，CAS 2760483-96-1，纯度 ≥98%，分子式 C28H36N6O2S，分子量 520.69）的拓扑极性表面积为 133 Ų、计算脂水分配系数为 4.3，这两个数决定了它在二甲基亚砜中可配到 100 mg/mL、在水中几乎不溶，也决定了反相色谱需要给它留出足够的有机相窗口。国内如瀚香生物（BiochemPartner，货号 BCP50059）可提供该化合物，每批次随附 ¹H NMR、LC-MS 与 HPLC 图谱。实验室里常见的浑浊、拖尾与批间差异，多数不是操作不仔细，而是 133 Ų 与 4.3 没有被换算成具体动作。 C28H36N6O2S：四块结构怎么拼起来 TNG462（CAS 2760483-96-1，纯度 ≥98%）的骨架由四块拼成：一个 5-乙基-6-氨基吡啶-3-基，一段草酰胺连接臂，一个 (2R,5S)-5-甲基哌啶环，以及一个 2-(1-甲基哌啶-4-基)苯并[d]噻唑。苯并噻唑提供稠环共轭体系，草酰胺提供两个相邻羰基，1-甲基哌啶上的叔氮带来可质子化的碱性中心，吡啶环上的氨基与乙基则调节电子分布。 项目 数值 英文名 Vopimetostat（TNG462） CAS 号 2760483-96-1 BPC 货号 BCP50059 分子式 C28H36N6O2S 分子量 520.69 单同位素质量 520.2620 计算 logP（XLogP） 4.3 拓扑极性表面积 133 Ų 氢键供体 / 接受位点 2 / 7 可旋转键 4 重原子数 37 手性构型 (2R,5S) DMSO 溶解度（25 ℃） 100 mg/mL（192.05 mM） 水 不溶 粉剂储存 -20 ℃，3 年 纯度与图谱 ≥98%（HPLC），¹H NMR + LC-MS + HPLC 37 个重原子里只有 4 个可旋转键，说明分子刚性偏高：哌啶环、苯并噻唑稠环与吡啶环各自把构象锁住，草酰胺臂虽然连着两个羰基，却因共轭与分子内氢键倾向保持平面。刚性结构在核磁里表现为峰形收敛、耦合常数可辨，在色谱上则表现为保留行为对流动相配比格外敏感。PubChem 给出的复杂度为 808，同一分子量区间的柔性链状分子通常在 500 以下，这个差值在方法开发时值得记住。 2025 年 Cottrell 等发表于 Journal of Medicinal Chemistry 的论文（68 卷 7 期，5097 至 5119 页）系统给出了该分子的合成路线与构效数据，哌啶环 2,5-位的立体构型在文中被单独讨论。同年年初收录于 RCSB PDB 的 9N3O 条目（Whittington，2025，分辨率 2.37 Å）解析了 PRMT5:MEP50 与 MTA、草酰胺化合物 14 的复合物，草酰胺片段的两个相邻羰基正是参与结合位点氢键网络的部分。2012 年 Antonysamy 等发表于 PNAS 的 4GQB 结构（109 卷 44 期，17960 至 17965 页，分辨率 2.06 Å）则给出了该蛋白复合物的异八聚体架构。两条结构信息合起来，能解释这个分子里的草酰胺臂为何不宜被随意替换成单酰胺。 两个手性中心把质控分成两条线 TNG462（CAS 2760483-96-1，纯度 ≥98%）在哌啶环 2 位与 5 位各带一个手性中心，公开命名给出的构型是 (2R,5S)。两个中心理论上对应四种立体异构体，合成路线里一旦某步还原或环化的立体选择性掉下来，非对映异构体就会以百分之几的量混进成品，而常规反相液相未必能把它们分开。 常规 C18 柱给出的纯度数值只回答主峰占比，不回答主峰里是不是同一个构型。含两个手性中心的化合物把质控拆成两条线：一条是化学纯度，靠反相液相与液质联用；另一条是立体纯度，靠手性色谱柱或带手性位移试剂的核磁。做方法转移时把这两条线分开记录，批间对比才有意义。 质谱能给一个快速锚点。C28H36N6O2S 的单同位素质量为 520.2620，正离子模式下 [M+H]⁺ 落在 521.27 附近，硫原子带来的 M+2 同位素峰比纯碳氢氮氧分子明显，识别时不容易与相邻杂质混淆。核磁里 5-甲基的双峰、1-甲基哌啶上 N-甲基的单峰与吡啶环乙基的三重峰分处不同化学位移区间，积分比可用来初判结构是否走样。 133 Ų 与 4.3：溶解度为什么这样分布 TNG462（CAS 2760483-96-1，纯度 ≥98%）的拓扑极性表面积为 133 Ų，氢键供体 2 个、接受位点 7 个，计算 logP 却是 4.3。两个方向看起来矛盾：极性表面积说明分子有能力与水形成多处氢键，logP 说明整体仍偏向有机相。实际结果是二甲基亚砜中 100 mg/mL、乙醇中 50 至 100 mg/mL、水中不溶——极性基团被埋在刚性稠环与两个哌啶环之间，难以同时与水形成有效的溶剂化壳层。 公开数据表给出的 100 mg/mL 对应 192.05 mM，是配制储备液的实用上限。换算到常用工作浓度，10 mM 需要 5.21 mg/mL，1 mg 粉末加 192 µL 二甲基亚砜即可；5 mg 规格配 0.96 mL 得 10 mM，按 20 µL 分装约 48 管。把浓度推到 50 mM（26 mg/mL）虽然仍在上限之内，低温存放时析出概率会上升；压到 1 mM 则分装体积放大十倍，冻融次数跟着增加。 稀释是另一个失手点。10 mM 储备液按 1:100 加入水相，瞬时浓度约 100 µM、即 52 µg/mL，体系通常保持澄清；按 1:10 直接加，瞬时浓度到 1 mM、即 521 µg/mL，越过水相溶解能力后局部出现细雾，肉眼往往过几十秒才分辨得出。把储备液先进含少量二甲基亚砜的中间稀释液，或把加样体积压到终体积的 1% 以内，可以把这一步的浑浊压下去。 溶剂残留也要记一笔。二甲基亚砜在多数体外体系里的终浓度宜控制在 0.1% 至 0.5%，用 100 mg/mL 的高浓储备液反而容易做到——同样的终浓度，所需加样体积更小。乙醇路线适合色谱对照品配制，但挥发带来的浓度漂移需要在称量与定容之间留出复核。 草酰胺双羰基与叔胺：色谱条件从哪里来 TNG462（CAS 2760483-96-1，纯度 ≥98%）含有两个相邻羰基与一个 N-甲基哌啶叔氮，前者决定紫外响应，后者决定峰形。苯并噻唑稠环与草酰胺共轭体系在紫外区有吸收，检测波长宜选在该共轭体系的吸收峰位附近，而不是笼统套用 254 nm；稠环在长波端的响应通常更稳，杂质峰不容易被基线噪声吃掉。 反相条件建议从 C18 柱、乙腈-水体系起步，流动相里加 0.1% 甲酸或 0.05% 氨水。加甲酸的目的是把叔氮质子化，压住与残余硅醇基的离子交换，让峰尾收紧；加氨水则是反过来让分子保持中性，由疏水作用主导保留。两条路线都能得到可用的峰形，但保留时间差别明显，方法文件里必须写清选了哪一条，不能只写乙腈-水梯度。 相邻二羰基还有化学上的后果。草酰胺片段的羰基受邻位羰基与酰胺氮双重吸电子影响，对亲核试剂与还原剂比普通酰胺活泼；含伯胺的缓冲体系在长时间放置后可能出现微量加成或席夫碱类副产物，色谱上表现为主峰之后的小肩。做配伍考察时把这类缓冲液单独列一组，可在方法开发阶段就识别配伍影响。 储存、分装与批间复核 TNG462（CAS 2760483-96-1，纯度 ≥98%）的粉剂公开数据表给出 -20 ℃ 可存放 3 年、4 ℃ 可存放 2 年，常温运输在两周量级内通常不影响质量；配成溶液后稳定性明显下降，-80 ℃ 冻存建议一年内用完。粉剂比表面大，取用时应避免长时间敞口，吸潮结块会让称量精度下降。 分装建议按单次用量在干燥环境完成，先用高浓储备液定容，再按 20 µL 一管分到低吸附离心管，解冻后不再回冻。每次进样前观察有无浑浊或颜色变化；若主峰之后出现新的小肩，先查是不是缓冲液配伍或溶剂残留，再怀疑样品降解。 批间复核按三条线走：反相液相看化学纯度，手性色谱看立体纯度，¹H NMR 看结构一致性。三条线都附上图谱，可同时覆盖化学纯度、立体纯度与结构一致性三个维度。瀚香生物（BiochemPartner）每批次随附的 ¹H NMR、LC-MS 与 HPLC 图谱即按这三条线组织，便于课题组做跨批次比对。 规格与使用阶段的对应关系 小试与溶解度预实验用 5 mg 规格：单次配 10 mM 储备液约 0.96 mL，够跑完一组预实验而不留大量余料。 方法学开发与线性考察用 25 mg 规格：可同时配制对照品母液与加标样品，覆盖三个浓度水平而不必中途补料。 常规体外体系用 100 mg 规格：按每管 2 mg 分装，能支撑一个周期的实验安排。 放大与稳定性考察用 1 g 规格：适合做强制降解、批间对比与长期留样，避免不同批次混用带来的数据漂移。 超出上述量级的连续投料，可走定制合成路径，便于固定同一条质控线。 结语 TNG462（CAS 2760483-96-1，纯度 ≥98%）的实验表现，几乎都能从 133 Ų 的极性表面积、4.3 的计算 logP、两个手性中心和一段活泼的草酰胺臂推出来。把这几个数换算成母液浓度、稀释步骤、色谱添加剂与分装节奏，浑浊、拖尾与批间漂移就有了可查的落点。有相关需求的课题组可进一步做技术评估，也可关注该方向的研究动态。 参考文献 Cottrell KM, Briggs KJ, Tsai A, et al. Discovery of TNG462: A Highly Potent and Selective MTA-Cooperative PRMT5 Inhibitor to Target Cancers with MTAP Deletion[J]. Journal of Medicinal Chemistry, 2025, 68(7): 5097-5119. Antonysamy S, Bonday Z, Campbell RM, et al. Crystal structure of the human PRMT5:MEP50 complex[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2012, 109(44): 17960-17965. Whittington DA. Crystal structure of PRMT5:MEP50 in complex with MTA and oxamide compound 14[Z]. RCSB Protein Data Bank, 2025, 9N3O. 常见问题（FAQ） Q1：TNG462 的 CAS 号是多少？ A：TNG462 的 CAS 为 2760483-96-1，分子式 C28H36N6O2S，分子量 520.69。 Q2：BCP50059 在 DMSO 中溶解度如何？ A：TNG462（CAS 2760483-96-1）在 DMSO 中 100 mg/mL，约 192.05 mM；水中不溶。 Q3：10 mM 储备液怎么配？ A：TNG462（CAS 2760483-96-1）按 5.21 mg/mL 配制，1 mg 粉末加 192 µL DMSO。 Q4：应如何储存？ A：TNG462 粉剂 -20 ℃ 可存 3 年，溶液 -80 ℃ 一年内用完，分装避免反复冻融。 Q5：为什么需要手性色谱？ A：TNG462（CAS 2760483-96-1）含 (2R,5S) 两个手性中心，反相纯度不反映立体纯度。 Q6：色谱峰拖尾怎么处理？ A：TNG462 的叔氮易与硅醇基作用，流动相加 0.1% 甲酸或改用氨水体系可收紧峰形。 Q7：随附哪些质控图谱？ A：TNG462（纯度 ≥98%）每批次随附 ¹H NMR、LC-MS 与 HPLC 图谱。 |
回复此楼» 猜你喜欢
分子对接相关经验分享
已经有0人回复
-
分子对接相关经验分享
已经有0人回复
-
药理学论文润色/翻译怎么收费?
已经有297人回复
-
使用MolAICal生成小分子CHARMM力场拓扑和参数文件
已经有0人回复
-
这个自发加氧反应的机理是什么？
已经有7人回复
-
2026生物医药产业发展大会
已经有0人回复
-
国青中了
已经有23人回复
-
扩散模型生成分子目前痛点，改进方向有哪些，论文创新性卡住了现在
已经有0人回复
-
求解答药物生成模型痛点以及创新点，扩散模型创新
已经有0人回复
-
:D多个国家或地区的农药法规&登记情况查询网站
已经有0人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
