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新虫 (初入文坛)

[交流] 蛋白质N-端/C-端测序:基于de novo sequencing,准确、快速、高效!

蛋白质N-端/C-端测序:基于de novo sequencing,准确、快速、高效!

       蛋白质N-端/C-端序列组成影响蛋白质生物学功能,比如蛋白质的半衰期、蛋白亚细胞器定位等。对蛋白N-端/C-端测序的分析,有助于分析蛋白质的结构,了解蛋白质的生物学功能。
       在分析表达纯化后的蛋白产物(特别是蛋白品)的过程中,需要对蛋白的末端进行验证,以保证表达纯化产物的N-端和C-端序列的准确性。蛋白翻译后在细胞内会发生剪切和修饰,通常不能简单地依据基因序列对蛋白质N-端/C-端序列进行预测,因此需要对蛋白质的氨基酸序列直接测序。
       Edman降解法(Edman degradation)是蛋白的N-端序列分析中一种常见的方法,由埃德曼(P.Edman)在上世纪50年代所创立,是一种测定蛋白质一级结构的方法,主要是从蛋白质或多肽氨基末端进行分析。
       基本原理是包括通过异硫氰酸苯脂与蛋白质或多肽的N-端残基的偶联、苯氨基硫甲酰酞(PTC-肽)环化裂解以及噻唑呤酮苯氨(ATZ)转化为苯异硫尿氨基酸(PTH-氨基酸)三个主要的化学步骤,每个循环从蛋白质或多肽裂解一个氨基酸残基,同时暴露出新的游离氨基酸进行下一个Edman降解,然后通过HPLC对转化的PTH-氨基酸进行种类鉴定,最终实现蛋白质N-端序列的测定。
       蛋白质C-端序列测定方法中,羧肽酶水解法应用最为广泛。羧肽酶是一类肽链外切酶,能够专一地从肽链的C-端逐个水解氨基酸基团,从而释放出游离的氨基酸。被释放的氨基酸数目与种类随反应时间而变化,根据释放的氨基酸量(摩尔数)与反应时间的关系,鉴定出氨基酸种类,从而得知C-端氨基酸序列。
       Edman降解法蛋白质N-端测序和羧肽酶水解法蛋白质C-端测序虽然被广泛应用,但是它们存在一些局限性:无法解决N-端封闭的测序问题(环化、封闭);被修饰的蛋白不能给出确切的信号;序列中含有太多非标准氨基酸,由于没有相应的标准品,无法鉴定氨基酸种类。

• 质谱法测定蛋白序列 
       •随着质谱技术的发展,质谱法被应用于蛋白质氨基酸序列的测定。
        百蓁生物基于de novo sequencing(蛋白质从头测序),从蛋白质谱图中直接解析出N-端/C-端氨基酸序列。de novo sequencing技术优势:
(1)不依赖于已知肽段序列数据库,从头测定未知肽段的氨基酸序列;
(2)不受N-端封闭的限制,能对侧链基团翻译后加工或化学修饰进行定位;
(3)可以对非标准氨基酸进行鉴定;
(4)提高了检测灵敏度。

       • 蛋白质N-端/C-端测序服务

       •百蓁生物提供de novo sequencing蛋白质N-端/C-端测序服务:
       ·样品要求:蛋白质/多肽,纯度90%以上,20ug,液态/干粉;
       ·报告内容:提供全面、专业的英文测序报告,保证序列100%准确;
       ·服务周期:7个工作日出具交流版报告,根据客户的反馈时间出具正式报告;
       ·加急服务周期:5个工作日,费用+20%;
       ·特急服务周期:3个工作日,费用+100%。



        百蓁生物 蛋白质N-端/C-端测序结果示例

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