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[交流] 肿瘤前沿靶向药物炙手可热的明星蛋白:DDB1

在药物研发的漫长历史中,能够精准打击和消灭致病蛋白一直是科学家们的终极梦想。近年来,靶向蛋白降解(Targeted Protein Degradation, TPD)和分子胶(Molecular Glue)技术的兴起,让我们看到了前所未有的希望。而在这场技术革命中,一个名为DDB1的蛋白正逐渐从幕后走向台前,成为连接基础研究与新药开发的关键枢纽。

认识DDB1:E3泛素连接酶复合物中的“适配器”
DDB1全称是DNA损伤结合蛋白1(DNA damage-binding protein 1)。它并非孤军奋战,而是CUL4-RING E3泛素连接酶(CRL4)复合物中的核心“适配器”或“组装平台”。如果把CRL4比作一台精密的“蛋白质粉碎机”,那么它的工作流程大致如下:
CUL4是“骨架”,负责撑起整个机器;
RBX1是“引擎”,负责启动泛素传递;
底物受体(Substrate Receptor)是“识别器”,负责寻找并抓住要降解的靶蛋白;
DDB1则是关键“适配器”,它将“识别器”(底物受体)牢牢地固定在“骨架”(CUL4)上,确保整个机器能精准地抓住并处理目标。没有DDB1的精准衔接,细胞就无法完成对损伤蛋白质的定位和标记。

分子胶水与PROTAC的新靶点
在过去的药物研发中,很多导致癌症的蛋白因为没有合适的“口袋”让小分子结合,被归为“不可成药”靶点。但 PROTAC和分子胶技术的出现改变了这一切。分子胶和PROTAC,大多通过靶向CRBN、VHL等常见的“底物受体”来发挥作用。而DDB1作为连接“骨架”和“受体”的枢纽,为药物设计提供了一个全新的思路——直接靶向这个适配器本身。
1. 直接招募DDB1的降解剂
科学家们已经开始设计能直接结合DDB1的双功能分子。例如,一种名为SZ-2的分子,一头结合DDB1,另一头结合组蛋白去乙酰化酶(HDAC),从而有效地诱导了HDAC1和HDAC2的降解,为治疗多发性骨髓瘤提供了新策略。
2. DDB1介导的“非经典”分子胶
药物研发人员设计出一种双头分子(PROTAC)或分子胶,一头抓住目标致病蛋白(比如肿瘤驱动蛋白 BRD4),另一头抓住绑定在DDB1上的受体(如 CRBN)。DDB1凭借其极具柔性的三叶草(β - propeller)结构,能够拉近目标蛋白与E3酶的距离,迫使靶蛋白被贴上泛素标签并送进“蛋白酶体垃圾桶”降解。这一发现表明,药物可以不通过底物受体,而是直接“劫持”DDB1这个适配器来招募并降解全新的靶点,极大地拓展了可降解的蛋白范围。

基于DDB1的药物研发进展
目前,靶向DDB1的药物研发主要集中在分子胶水领域,多个有前景的管线正在推进:
· 第一代与第二代免疫调节药(IMiDs):
来那度胺(Lenalidomide / Revlimid)& 度伐度胺(Pomalidomide):广泛用于多发性骨髓瘤的治疗。它们作为分子胶,嵌入DDB1-CRBN 复合体中,降解 IKZF1/3等转录因子。其中一些候选分子(如B12)已展现出良好的口服生物利用度和体内药效。
· 新一代 CELMoD 分子胶(临床在研/推进中):
Iberdomide (CC-220) & Mezigdomide (CC-92480):这些“次世代”分子胶能大幅度偏向诱导复合体达到闭合构象,展现出比来那度胺强数百倍的降解活性和克服耐药的能力。
· 临床阶段的 PROTAC降解剂:
来自 Arvinas、C4 Therapeutics、BMS及Nurix等顶尖抗癌药企的诸多PROTAC分子,均选择用DDB1-CRBN复合体来降解传统抑制作用无效的致病蛋白。
· 非经典降解模式:
研究发现,CDK抑制剂CR8能改变CDK12的构象,使其意外获得与DDB1结合的能力,从而降解细胞周期蛋白K。这再次证实了直接靶向DDB1的可行性。

DDB1的优势与挑战
优势:
全新机制:绕过了CRBN等传统靶点,为解决耐药性问题提供了新路径。
拓展靶点空间:能靶向那些难以被传统抑制剂或CRBN降解的蛋白。
高特异性:通过精确诱导蛋白-蛋白相互作用,可实现高度选择性的降解。
挑战:
理性设计难度高:分子胶水的发现往往带有偶然性,如何系统性地设计和优化仍是一大挑战。
潜在的脱靶风险:DDB1是多个CRL4复合物的核心组分,干扰其功能可能影响多个生理过程,带来潜在毒性。
DDB1作为CRL4 E3泛素连接酶复合物的核心适配器,为靶向蛋白降解领域打开了一扇新的大门。从直接招募DDB1的PROTAC,到“非经典”的分子胶,针对DDB1的策略正展现出巨大的潜力,有望克服现有疗法的耐药性,并靶向更多“不可成药”的蛋白。
随着对DDB1作用机制的深入理解,以及AI辅助药物设计等新技术的应用,我们有理由相信,DDB1将成为下一代蛋白降解药物研发的重要战场,为癌症等重大疾病的治疗带来新的曙光。

参考文献:
[1] Liu, M., Wang, Y., Teng, F. et al. Structure of the DDB1-AMBRA1 E3 ligase receptor complex linked to cell cycle regulation. Nat Commun. 2023. 14: 7631.
[2] Fischer, E., Böhm, K., Lydeard, J. et al. Structure of the DDB1–CRBN E3 ubiquitin ligase in complex with thalidomide. Nature. 2014. 512: 49–53.
[3] Langousis, G., Gainza, P., Hunkeler, M. et al. A degron-mimicking molecular glue drives CRBN homo-dimerization and degradation. Nat Commun. 2025. 16: 10157.
[4] Suzanne, O’., Zoe, J., Angus, D., et al. Tuning the open-close equilibrium of Cereblon with small molecules influences protein degradation. BioRxiv. 2025.12, 19: 695617.
[5] Zhai S.Y., Willemsen D.N., Sun T., et al. Targeted histone deacetylase degradation via chemical induced proximity by direct recruitment of the CUL4 complex adaptor protein DDB1 . ChemRxiv. 2025.
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