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文章解读丨Cell：SPAC-seq，CRISPR 筛选测序解锁空间分辨功能基因组学
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空间转录组技术能够直观呈现组织内细胞空间排布与基因表达关联，清晰刻画细胞互作、肿瘤微环境、组织发育等空间特征，将 CRISPR 功能筛选与单细胞分辨率空间转录组测序深度融合，在完整组织切片上开展原位功能基因组筛选，是当前空间多组学领域亟待突破的核心前沿。 2026 年 5 月，国际顶刊 Cell 发表重磅论文，文章标题为“Uncovering Spatially Resolved Functional Genomics with CRISPR Screen Sequencing”。 图片 研究团队开发了空间 CRISPR 筛选技术 SPAC-seq（Spatial CRISPR Screen Sequencing），配套推出全球首个适配高维空间扰动大数据的统计分析工具包 TARDIS。SPAC-seq 首次在商用单细胞分辨率空间转录组芯片平台实现稳定、高效的高通量原位 CRISPR 遗传筛选；二者联用可在完整组织切片、单细胞精度下同步捕获三重核心信息：sgRNA 基因扰动标记、全基因组转录表达谱、细胞精准空间坐标，直接把功能基因组的因果筛选能力落地到原生组织空间微环境图谱，为肿瘤免疫逃逸、免疫细胞空间浸润、细胞迁移等复杂空间生物学机制挖掘搭建颠覆性技术平台。 图片 关键生物学发现 1. 肿瘤细胞Icam1 缺失，通过抑制免疫、重编程巨噬细胞极化，促进肿瘤转移，这一空间微环境机制是普通单细胞筛选看不到的。 2. CD8⁺T 细胞上Cd44，通过和巨噬细胞 Spp1 互作，调控 T 细胞在肿瘤组织内的空间分布表型。 3. 解析转录因子-趋化因子受体轴，解释细胞状态如何决定体内趋化迁移行为。 图片 领域意义 - 把功能基因组学正式推进到空间维度，诞生「空间功能基因组学」范式。 - 不再只看 “扰动之后细胞发生什么”，还能回答：这些变化发生在组织哪个位置？会不会影响周边细胞？ - 非常适合肿瘤免疫、发育生物学，用于原位解析基因、微环境、细胞互作的因果关系，为靶点挖掘提供全新手段    |
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