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泥牛渡海

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[交流] 中国科学院生物物理研究所方显杨研究组2027年普博生招生

中国科学院生物物理研究所方显杨研究组2026年计划招收普博生1-2名。研究所2027年普博招生报名尚未开始(预期2026年10月开始)，相关要求可参考2026年招生简章：
https://ibp.cas.cn/2020jyc/tzgg/202510/t20251022_7995013.html
欢迎对我们课题组感兴趣的应届或具有同等学力硕士研究生联系我们：fxy_ncrna@163.com, 邮件主题请注明：“姓名_普博生申请”。

招生要求: 具有生物大分子结构预测与计算模拟、AI与深度学习、生物信息学经验者优先；

导师和研究组简介
方显杨，中国科学院生物物理研究所研究员、研究组长、博士生导师。2002年于武汉大学获化学学士学位，2008年于中科院生物物理所获博士学位，随后在美国国立卫生研究院国立癌症研究所从事博士后研究。2015年至2023年，任清华大学生命学院教研系列助理教授、副教授；2023年8月起，任中国科学院生物物理研究所研究员、研究组长。曾入选国家引才计划青年项目，受基金委重点支持项目(联合基金、专项项目)、科技部重点研发计划项目以及中国科学院先导计划B等资助。近年来以通讯作者或第一作者在Cell, Nat. Biotechnol., Nat.Commun.(2020,2021,2023a,2023b,2024,2025),NAR,PNAS, EMBO J, Chem.Sci., EMBO Reports等学术刊物上发表SCI论文50余篇。现任中国生物信息学学会（筹）生物分子结构预测与模拟专委会常务委员、中国生物物理学会感染与免疫分会秘书长、中国生物物理学会生物磁共振分会理事、中国晶体学会生物大分子专业委员会委员，北京理化分析测试技术学会波谱专业委员会委员等。
方显杨研究组依托RNA化学生物学、生物物理学和计算生物学的深度交叉融合，聚焦RNA整合结构生物学研究，致力于开发RNA研究前沿技术，破解RNA结构解析的方法学难题。近年来，利用NaM-TPT3非天然碱基系统，基于化学酶法发展了长链RNA定点标记自旋探针、荧光探针和金颗粒的方法，发展了RNA长距离测量方法，以赋能多种分子标尺技术。在此基础上，通过干湿结合、多方法联用（包括X射线晶体学、冷冻电镜、核磁共振/电子顺磁共振、小角X射线/中子散射、单分子荧光共振能量转移、结构预测和计算模拟），发展了RNA高级结构解析整合技术。应用相关技术，解析了多种与人类疾病和重大生命过程密切相关的功能RNA的高级结构、构象动态和分子机制。未来拟进一步发展RNA高效合成与精准修饰技术、优化RNA高级结构解析整合技术并开展相关基础与应用基础研究。

近5年代表论著
1. Xiaolin Niu#, Shanshan Cai#, Junzheng Wang, Chunlai Chen*, Xianyang Fang*. tRNA-dependent conformational dynamics and folding coordinate translational regulation by a full-length T-box riboswitch. Nature Communications 2025, 16(1):10438.
2. Meishuo Liu#, Keyun Huang#, Jie Zhang#, Qingyang Li, Xinming Wang, Buming Gu, Hao Tang, Zhenhai Du, LiangJun Hu, Shutao Qi, Yu Ma, Hongtao Yu, Wei Xie*, Xianyang Fang*, Haifeng Wang*. CRISPR live-cell imaging reveals chromatin dynamics and enhancer interactions at multiple non-repetitive loci. Nature Biotechnology 2025, doi: 10.1038/s41587-025-02887-3.
3. Jie Zhang, Xianyang Fang*. Empowering the molecular ruler techniques with unnatural base pair system to explore conformational dynamics of flaviviral RNAs. Current Opinion in Structural Biology 2024, 89: 102944.
4. Yufan Zhang#, Zhonghe Xu#, Yu Xiao#, Haodong Jiang#, Xiaobing Zuo, Xing Li*, Xianyang Fang*. Structural mechanisms for binding and activation of a contact-quenched fluorophore by RhoBAST. Nature Communications 2024, 15(1):4206. (Featured article by Nat. Commun.)
5. Xiaolin Niu, Zhonghe Xu, Yufan Zhang, Xiaobing Zuo, Chunlai Chen*, Xianyang Fang*. Structural and dynamic mechanisms for coupled folding and tRNA recognition of a translational T-box riboswitch. Nature Communications 2023, 14(1):7394.
6. Jie Deng, Xianyang Fang*, Lin Huang*, Shanshan Li, Lilei Xu, Keqiong Ye*, Jinsong Zhang, Kaiming Zhang*, Qiangfeng Cliff Zhang*. RNA structure determination: From 2D to 3D. Fundamental Research 2023, 3 (5): 727-737
7. Keyun Huang, Xianyang Fang*. A review on recent advances in methods for site-directed spin labeling of long RNAs. International Journal of Biological Macromolecules 2023, 239:124244.
8. Xiang Chen#, Yan Wang#, Zhonghe Xu#, Meng-Li Cheng, Qing-Qing Ma, Rui-Ting Li, Zheng-Jian Wang, Hui Zhao, Xiaobing Zuo, Xiao-Feng Li, Xianyang Fang*, Cheng-Feng Qin*. Zika virus RNA structure controls its unique neurotropism by bipartite binding to Musashi-1. Nature Communications 2023, 14(1): 1134
9. Lilei Xu#, Yu Xiao#, Jie Zhang, Xianyang Fang*. Structural insights into translation regulation by THF-II riboswitch. Nucleic Acids Research 2023, 51(2):952-965.
10. Yanping Hu#, Yan Wang#, Jaideep Singh#，Ruirui Sun#, Lilei Xu, Xiaolin Niu, Keyun Huang, Guangcan Bai, Guoquan Liu, Xiaobing Zuo, Chunlai Chen, Peter Z. Qin, Xianyang Fang*. Phosphorothioate-based posttranscriptional site-specific labeling of large RNAs for structural and dynamic studies. ACS Chemical Biology 2022, 17(9):2448-2460
11. Bingbing Xu#, Changchang Cao#, Hao Chen#, Qiongli Jin#, Guangnan Li#, Junfeng Ma#, Jieyu Zhao#, Jianghui Zhu#, Yiliang Ding*, Xianyang Fang*, Yongfeng Jin*, Chun Kit Kwok*, Aiming Ren*, Yue Wan*, Zhiye Wang*, Yuanchao Xue*, Huakun Zhang*, Qiangfeng Cliff Zhang*, Yu Zhou. Recent advances in RNA structurome. Science China Life Sciences 2022，65(7):1285-1324
12. Burkhard Endeward#, Yanping Hu#, Guangcan Bai, Guoquan Liu, Thomas F. Prisner*, Xianyang Fang*. Long-range distance determination in fully deuterated RNA with pulsed EPR spectroscopy. Biophysical Journal 2022，121(1):37-43.
13. Xiaolin Niu#, Ruirui Sun#, Zhifeng Chen, Yirong Yao, Xiaobing Zuo, Chunlai Chen*, Xianyang Fang*. Pseudoknot length modulates the folding, conformational dynamics and robustness of Xrn1 resistance of flaviviral xrRNAs. Nature Communications 2021, 12(1): 6417
14. Junfeng Ma, Xiang Cheng, Zhonghe Xu, Yikan Zhang, Jaione Valle, Shilong Fan, Xiaobing Zuo, Iñigo Lasa, Xianyang Fang*. Structural mechanism for modulation of functional amyloid and biofilm formation by Staphylococcal Bap protein switch. The EMBO Journal 2021, 40(14): e107500. (Research Highlight on Nature Chemical Biology 2021, 17: 839)
15. Xiaolin Niu#, Qiuhan Liu#, Zhonghe Xu#, Zhifeng Chen, Linghui Xu, Lilei Xu, Jinghong Li*, Xianyang Fang*. Molecular mechanisms underlying the mechanical anisotropy of flaviviral exoribonuclease-resistant RNAs (xrRNAs). Nature Communications 2020, 11(1): 5496. (News and Views on Nature Chemical Biology 2021, 17: 933-934)

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