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不做蛋白定量,凭感觉上样=搞玄学 已有1人参与
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为什么定量不能省 同一个实验,三组不同的处理,各组细胞量完全一样,裂解液体积也一样,但细胞状态、处理效果、裂解效率不同,每管裂解物中的真实蛋白浓度可能会相差很大。 如果不做定量,直接按体积等量上样,相当于拿三个起点不同的样本去做对比。 WB的定量分析,无论是内参归一化还是总蛋白归一化,都建立在"上样总蛋白量一致"这个前提上。跳过定量直接上样,后期数据分析时就算有差异,也无法确认是实验造成的差异,说不定本来没差异,你上样量不同才造成差异的。 而且,实验数据不是只做出一次就OK了,还需要实验重复,有的同学重复数据做来做去都不好,也需要考虑一下是不是没做定量的原因。 蛋白定量用什么方法 目前最常用的两种蛋白定量方法是BCA法和Bradford法,各有各的适用场景。 BCA法 BCA(二喹啉甲酸)法的原理是:在碱性条件下,蛋白质将Cu²⁺还原为Cu⁺,BCA 试剂与Cu⁺结合形成紫色复合物,在562nm处有强吸收。颜色深浅与蛋白浓度成正比。 这种方法目前在实验室使用的是比较多的。但如果你提蛋白时,用的裂解液或试剂盒或提取方法需要加入DTT 、β-巯基乙醇来辅助提取的话,就可能不适合用BCA,因为这些还原剂会被当成蛋白,将Cu²⁺还原为Cu⁺,最后显色时让读数偏高。 Bradford法 Bradford法的原理是:考马斯亮蓝G-250在酸性条件下与蛋白质结合,染料的最大吸收峰从465nm移至595nm,通过测定595nm的吸光度来计算蛋白浓度。 如果目标蛋白(如脂蛋白、某些坚韧性蛋白)富含甘氨酸、丙氨酸、脯氨酸而几乎不含碱性/芳香残基,则蛋白与考马斯亮蓝G-250染料的结合效率远低于BSA,导致严重低估实际量。 BCA和Bradford两种方法本身没有绝对的好坏,关键是适配自己的样品体系。选择一种方法后,尽量在整批实验中使用同一种方法,避免交叉带来额外误差。 4 上样量怎么定 蛋白定量完成后,等量上样的计算结果很简单:用测得的蛋白浓度算出每孔需要吸取的体积。 例如:测得某样本蛋白浓度为2μg/μL,计划每孔上样10μg,则每孔需要5μL蛋白液。如果每孔上样体积为10μL,就可以按照5μL的蛋白液+3μL的RIPA+2μL的5× Loading Buffer混合(使 Loading Buffer 总浓度为 1×),煮沸变性后上样。 关于上样量的参考值,这里有一份简单的范围建议: 常规细胞裂解物,每孔20μg总蛋白通常足够 蛋白丰度较低的目标,可适当提高到40-60μg 组织样本通常需要更多,40-80μg是常见范围 如果目标蛋白丰度很高,可以先从10μg开始尝试 初次做某个蛋白的WB时,建议做一个上样量梯度测试。从10μg到60μg设置几个梯度的上样量,观察目标蛋白的信号强度和线性关系,找到最适合的上样量。 其他注意事项 稀释标准品或样品 如果样品是RIPA裂解的,标准品和样品也应该用同样的RIPA来稀释——不同的缓冲液体系会影响显色反应。 上样体积一致 不同泳道的上样体积相差过大会影响电泳效果。如果各样本浓度差异较大,可用裂解液将各组样品稀释至相近浓度,使上样体积尽量一致(通常控制在10-20μL/孔)。 点样孔不要留空 上样布局中,如果有空余的泳道,需要用1×Loading Buffer补齐至与样本孔相同的体积,防止边缘效应导致的条带变形。 上样量一致了,但内参条带还是不齐 在排除定量、个人操作方面、样本来源一致等问题后,这个现象说明蛋白可能降解了。 毕合生物提供服务内容:分子生物学、免疫, 重组蛋白及ELISA相关、活性小分子化合物、高端化学、材料化学、细胞资源库与培养相关、生命科学、天然产物 |
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