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pl81475

新虫 (初入文坛)
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otu过滤方法
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大家好，我在做中华蜜蜂花粉花蜜ITS2 metabarcoding分析，目前在进行OTU过滤时，对低丰度阈值的设置有些困惑，想请教大家比较常见或合理的处理方式。
我的实验设计如下：
样本：花粉样本和花蜜样本，一共180份。
其中每个处理有3个生物学重复
后续需要比较不同月份/海拔的植物组成
数据为每个OTU在各重复中的reads数，注释得到的植物有1082种。
目前查到文献中有使用5、10、相对丰度0.01%或0.05%等不同阈值，因此想了解大家实际发表文章时更常用哪种方案。
目前我考虑的过滤流程是：
对每个单独重复中的OTU进行过滤：
若某OTU在某个重复中的reads <10，则该重复中置零;
然后再计算3个重复的平均值;
最后再计算总丰度和相对丰度;
过滤低于0.05％。
低丰度OTU过滤后，再对植物花期和采样点进行核对筛选，请问过滤完之后相对丰度和alpha diversity 是否需要重新计算？
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1楼 2026-05-28 10:55:03
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muchong8882楼
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麦兜121220楼
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