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pl81475

新虫 (初入文坛)


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otu过滤方法
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大家好,我在做中华蜜蜂花粉花蜜ITS2 metabarcoding分析,目前在进行OTU过滤时,对低丰度阈值的设置有些困惑,想请教大家比较常见或合理的处理方式。
我的实验设计如下:
样本:花粉样本和花蜜样本,一共180份。
其中每个处理有3个生物学重复
后续需要比较不同月份/海拔的植物组成
数据为每个OTU在各重复中的reads数,注释得到的植物有1082种。
目前查到文献中有使用5、10、相对丰度0.01%或0.05%等不同阈值,因此想了解大家实际发表文章时更常用哪种方案。
目前我考虑的过滤流程是:
对每个单独重复中的OTU进行过滤:
若某OTU在某个重复中的reads <10,则该重复中置零;
然后再计算3个重复的平均值;
最后再计算总丰度和相对丰度;
过滤低于0.05%。
低丰度OTU过滤后,再对植物花期和采样点进行核对筛选,请问过滤完之后相对丰度和alpha diversity 是否需要重新计算?
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wyj9703楼
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