应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物化学 » otu过滤方法
561/1返回列表
查看: 5729  |  回复: 55
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

pl81475

新虫 (初入文坛)
9金币
otu过滤方法
领取红包 (小木虫手机app专属红包)

扫一扫，下载小木虫客户端

大家好，我在做中华蜜蜂花粉花蜜ITS2 metabarcoding分析，目前在进行OTU过滤时，对低丰度阈值的设置有些困惑，想请教大家比较常见或合理的处理方式。
我的实验设计如下：
样本：花粉样本和花蜜样本，一共180份。
其中每个处理有3个生物学重复
后续需要比较不同月份/海拔的植物组成
数据为每个OTU在各重复中的reads数，注释得到的植物有1082种。
目前查到文献中有使用5、10、相对丰度0.01%或0.05%等不同阈值，因此想了解大家实际发表文章时更常用哪种方案。
目前我考虑的过滤流程是：
对每个单独重复中的OTU进行过滤：
若某OTU在某个重复中的reads <10，则该重复中置零;
然后再计算3个重复的平均值;
最后再计算总丰度和相对丰度;
过滤低于0.05％。
低丰度OTU过滤后，再对植物花期和采样点进行核对筛选，请问过滤完之后相对丰度和alpha diversity 是否需要重新计算？
发自小木虫手机客户端
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2026-05-28 10:55:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
muchong8882楼
2026-05-28 10:55   回复  
pl81475(金币+1): 谢谢参与
已获得1个金币 发自小木虫IOS客户端
wyj9703楼
2026-05-28 10:56   回复  
pl81475(金币+1): 谢谢参与
已获得1个金币 发自小木虫手机客户端
cupbzhuwei4楼
2026-05-28 12:57   回复  
pl81475(金币+2): 谢谢参与
已获得2个金币 发自小木虫手机客户端
gordon3995楼
2026-05-28 13:32   回复  
pl81475(金币+2): 谢谢参与
已获得2个金币 发自小木虫手机客户端
leocaozy6楼
2026-05-28 13:58   回复  
pl81475(金币+1): 谢谢参与
已获得1个金币 发自小木虫IOS客户端
a_soon7楼
2026-05-28 14:52   回复  
pl81475(金币+1): 谢谢参与
已获得1个金币 发自小木虫IOS客户端
yetaiheil8楼
2026-05-28 15:37   回复  
pl81475(金币+2): 谢谢参与
已获得2个金币 发自小木虫手机客户端
wzh-20109楼
2026-05-28 15:57   回复  
pl81475(金币+1): 谢谢参与
已获得1个金币 发自小木虫手机客户端
学员j30oDr10楼
2026-05-28 18:12   回复  
pl81475(金币+1): 谢谢参与
已获得1个金币 发自小木虫手机客户端
bjdxyxy11楼
2026-05-28 19:06   回复  
pl81475(金币+2): 谢谢参与
已获得2个金币 发自小木虫手机客户端
micro_lsp12楼
2026-05-28 19:25   回复  
pl81475(金币+1): 谢谢参与
已获得1个金币 发自小木虫手机客户端
恕在下直言13楼
2026-05-28 20:35   回复  
pl81475(金币+1): 谢谢参与
已获得1个金币 发自小木虫IOS客户端
erjianxin14楼
2026-05-28 21:38   回复  
pl81475(金币+1): 谢谢参与
已获得1个金币 发自小木虫IOS客户端
XG-WUST15楼
2026-05-28 21:53   回复  
pl81475(金币+2): 谢谢参与
已获得2个金币 发自小木虫IOS客户端
toppaper16楼
2026-05-28 22:10   回复  
pl81475(金币+1): 谢谢参与
已获得1个金币 发自小木虫手机客户端
yudaoqian8817楼
2026-05-29 02:25   回复  
pl81475(金币+1): 谢谢参与
已获得1个金币 发自小木虫手机客户端
tfang18楼
2026-05-29 04:58   回复  
pl81475(金币+2): 谢谢参与
已获得2个金币 发自小木虫手机客户端
浮云16619楼
2026-05-29 06:50   回复  
pl81475(金币+2): 谢谢参与
已获得2个金币 发自小木虫手机客户端
麦兜121220楼
2026-05-29 08:21   回复  
pl81475(金币+2): 谢谢参与
已获得2个金币 发自小木虫手机客户端
三分之二12321楼
2026-05-30 08:36   回复  
pl81475(金币+2): 谢谢参与
已获得2个金币 发自小木虫手机客户端
三分之二12322楼
2026-05-30 08:36   回复  
pl81475(金币+2): 谢谢参与
已获得2个金币 发自小木虫手机客户端
DF1123楼
2026-05-30 08:50   回复  
pl81475(金币+2): 谢谢参与
已获得2个金币 发自小木虫手机客户端
三磷酸-腺苷24楼
2026-05-30 09:33   回复  
pl81475(金币+1): 谢谢参与
已获得1个金币 发自小木虫手机客户端
T0719202225楼
2026-06-08 08:33   回复  
pl81475(金币+1): 谢谢参与
已获得1个金币 发自小木虫手机客户端
未来的研究生！26楼
2026-06-08 09:02   回复  
pl81475(金币+1): 谢谢参与
已获得1个金币 发自小木虫手机客户端
qxln168527楼
2026-08-17 22:20   回复  
已获得1个金币 发自小木虫手机客户端
hfec716228楼
2026-08-17 22:20   回复  
已获得2个金币 发自小木虫手机客户端
zyht154729楼
2026-08-17 22:20   回复  
已获得1个金币 发自小木虫手机客户端
duxw863430楼
2026-08-17 22:20   回复  
已获得1个金币 发自小木虫手机客户端
2yeQ6Y4jb9ca31楼
2026-08-17 22:20   回复  
已获得2个金币 发自小木虫手机客户端
rlfx541132楼
2026-08-17 22:20   回复  
已获得1个金币 发自小木虫手机客户端
ekxn572633楼
2026-08-17 22:20   回复  
已获得1个金币 发自小木虫手机客户端
uphe559534楼
2026-08-17 22:20   回复  
已获得2个金币 发自小木虫手机客户端
GeBpxnxs9emg35楼
2026-08-17 22:20   回复  
已获得2个金币 发自小木虫手机客户端
935096210636楼
2026-08-17 22:20   回复  
已获得1个金币 发自小木虫手机客户端
iueu574637楼
2026-08-17 22:20   回复  
已获得1个金币 发自小木虫手机客户端
ghHpDtQ3Rqjl38楼
2026-08-17 22:20   回复  
已获得2个金币 发自小木虫手机客户端
hs18166zd3639楼
2026-08-17 22:20   回复  
已获得1个金币 发自小木虫手机客户端
end156440楼
2026-08-17 22:20   回复  
已获得2个金币 发自小木虫手机客户端
81527262041楼
2026-08-17 22:20   回复  
已获得1个金币 发自小木虫手机客户端
mzjb849442楼
2026-08-17 22:20   回复  
已获得2个金币 发自小木虫手机客户端
hs18166zd4643楼
2026-08-17 22:20   回复  
已获得2个金币 发自小木虫手机客户端
33125382044楼
2026-08-17 22:20   回复  
已获得1个金币 发自小木虫手机客户端
opno244345楼
2026-08-17 22:20   回复  
已获得1个金币 发自小木虫手机客户端
955354536446楼
2026-08-17 22:20   回复  
已获得1个金币 发自小木虫手机客户端
O1i5EoYsplVZ47楼
2026-08-17 22:20   回复  
已获得1个金币 发自小木虫手机客户端
hs18166zd13248楼
2026-08-17 22:20   回复  
已获得2个金币 发自小木虫手机客户端
70988088949楼
2026-08-17 22:20   回复  
已获得1个金币 发自小木虫手机客户端
956234749250楼
2026-08-17 22:20   回复  
已获得2个金币 发自小木虫手机客户端
ettk326551楼
2026-08-17 22:20   回复  
已获得1个金币 发自小木虫手机客户端
975775076952楼
2026-08-17 22:20   回复  
已获得1个金币 发自小木虫手机客户端
BCOBFAUezGFj53楼
2026-08-17 22:20   回复  
已获得1个金币 发自小木虫手机客户端
90263187454楼
2026-08-17 22:20   回复  
已获得1个金币 发自小木虫手机客户端
926021240855楼
2026-08-17 22:20   回复  
已获得2个金币 发自小木虫手机客户端
hs18166zd3556楼
2026-08-17 22:20   回复  
已获得1个金币 发自小木虫手机客户端
相关版块跳转 我要订阅楼主 pl81475 的主题更新
561/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[有机交流] OpenAI又攻克数学难题了，离AI做有机合成还有多远？ +8 wangyl_123 2026-10-10 12/600 2026-10-13 20:40 by Merryya
[硕博家园] 极限拉扯，如何抉择 +9 Isak0320 2026-10-12 13/650 2026-10-13 11:57 by Isak0320
[教师之家] 课题组会帮你通过考核么？ +4 好运来～9527 2026-10-10 7/350 2026-10-13 08:41 by xli1984
[基金申请] 入职后第一次管课题组的专利缴费，对账才发现官费比别人多掏了一倍 +6 13108017953 2026-10-08 6/300 2026-10-12 20:07 by w3w3y3
[公派出国] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:34 by XQNyDCa1Tk5n
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:15 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 22:11 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:06 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 14:25 by VOMexwnDzOFZ
[教师之家] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 (EPI+-1)(金币-50) +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 14:05 by VOMexwnDzOFZ
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:51 by VOMexwnDzOFZ
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:45 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:54 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:34 by VOMexwnDzOFZ
[考博] 招收博士生一名 +3 mandolin 2026-10-10 3/150 2026-10-11 10:21 by 不是山谷！
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 4/200 2026-10-11 03:14 by M0zrYVSAnxpE
[有机交流] 各位大佬，路线设计求助 +6 zapen 2026-10-08 8/400 2026-10-10 15:59 by zapen
[有机交流] 我应该选哪条合成路线让实验成功率高一些？ +5 jing816y 2026-10-08 9/450 2026-10-10 09:05 by zapen
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭