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求助,二代测序中出现的二聚体,有什么方法可以比较快捷方便的去除
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18910556635
新虫
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帖子: 9
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虫号: 37023532
注册: 2026-04-01
专业: 临床分子生物学检验
[
求助
]
求助,二代测序中出现的二聚体,有什么方法可以比较快捷方便的去除
新人求助,二代测序中出现的dimer,也就是二聚体,有什么方法可以比较快捷方便的去除,现有的方法包括重新设计引物、延长变性时间、提高退火温度等都不适用我现在的情况,各位大神还有没有其他更简便的方法可以降低或去除引物二聚体及接头二聚体
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1楼
2026-04-10 10:33:17
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新虫
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2楼
2026-04-14 09:14:15
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holyala
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虫号: 457557
注册: 2007-11-12
性别: GG
专业: 基因组学
需要你先明确几个问题,最好能提供比较详细的下机数据质控和分析结果:
1. 你的二代测序建库是什么方式?是酶切/机械打断建库,还是扩增子(多重PCR)建库,还是转座酶建库?
2. 文库上机前做过质控吗?比如用Agilent TapStation或者Qsep之类的仪器做过片段大小分析,或者至少跑了个电泳检测?
3. 通过何种方式判断数据中的dimer?dimer占比是多少?有效reads占比是多少?希望把dimer的比例降低至多少?
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3楼
2026-04-23 09:31:11
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