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灵思生物金虫 (正式写手)
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[交流]
降解组测序
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在植物中，通常mirna与靶标序列结合紧密，在结合位点的第10/11位碱基处直接剪切mrna从而调控下游的mrna表达。被剪切后的mrna变为两段，其中之一是含有3‘-polya尾巴且5’不含cap的片段。在测序过程中，针对这种断片特异捕获，就是降解组测序。降解组测序的原理：mirna剪切靶基因产生二个片段，5’剪切片段和3’ 剪切片段。其中3’剪切片段，包含有自由的5’ 单磷酸和3‘ polya尾巴，可被rna连接酶，连接产物可用于下游高通量测序；而含有帽子结构的5‘ 剪切片段或是其他缺少5’ 单磷酸基团的rna是无法被rna酶连接，因而无法进入下游的测序实验；对测序数据进行深入地比对分析，可以直观地发现在mrna序列的某个位点会出现一个波峰，而该处正是候选的mirna剪切位点。 实验流程： 样品rna提取→rna检测→连接5’adapter→page纯化mirna 切割产物→构建文库→se50测序 分析流程： 数据质控→参考基因组比对（mapping）→靶基因预测→差异降解片段→靶基因功能富集性分析 结果展示：  |
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