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灵思生物金虫 (正式写手)
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TMT、DIA、LFQ定量蛋白质组学技术简介及应用对比分析
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蛋白质组学分析是基于LC-MS/MS的定量蛋白质组学检测平台。主要优势在于︰多层次的鉴定和定量数据、与疾病表型和机制的直接关联、根据基因比对获得的丰富的功能注释信息、结构本质的一致性降低检测难度和可基于各类型样品进行检测。TMT、DIA、LFQ技术简介 1、TMT（Tandem Mass Tag，串联质量标签）标记定量蛋白质组学分析： （1）技术简介 TMT/ITRAQ标记定量利用TMT/ITRAQ标记试剂对肽段进行标记，该类标记试剂结构，由标记基团，反应基团和平衡基团构成。不同的标记试剂具有相同的分子量，但其含有的标记基团分子量不同，因此以不同标记试剂标记不同样品后，混合肽段在进入二级质谱扫描前，会于碰撞室中释放标记基团，并在二级谱图中显示出不同的标记基团信号。根据不同标记基团的信号强度，可以获得样品间同一肽段的定量信息，可进一步转化为蛋白质的定量信息。 （2）技术优势： A.灵敏度高：标记肽段经HPLC分级分离后进行质谱检测，可检测更多蛋白；B.重复性好：样品标记混合后进行分级分离和质谱检测，减少操作和质谱状态带来的差异；C.通量高：TMTpro试剂盒可同时标记最多18例样本；D.定量准确：肽段在同一张二级质谱图中进行定量，准确性高；E.适用范围广：在肽段水平进行标记，适用于各种类型的生物样本。 2、DIA（Data-independent Acquisition，数据非依赖性采集）蛋白质组学相对定量分析 （1） 技术简介DIA定量策略是一种非数据依赖型的质谱数据采集方式，在目前常用的大部分质谱定量和鉴定方法均采用的是数据依赖的数据采集方式(DDA)，会选择一级谱图中信号较高的离子进行二级质谱扫描，因而可能损失大量低丰度肽段的信息扫描，随机性也较高。而DIA定量策略与之不同，会将一级质谱检测到的所有离子分段进行二级质谱扫描检测，并根据二级质谱中碎片离子的信号强度对其相应的肽段乃至蛋白进行定量 （2）技术优势： A.样本数量无限制； B.制样简单，样本保真度高； C.多重母子离子对定量，准确度高； D.样本蛋白全景信息电子化，数据可回溯； E.基于碎片离子（即母子离子时)定量，特异性好； F.采集所有离子即碎片谱图，不丢失任何信息，检测深度高且重复性好。 3、LFQ（Label Free Quantification，非标记定量）非标定量蛋白质组学分析 （1）技术简介基于质谱检测采集的一级谱图和二级谱图可分析提取离子色谱图(XIC)，(XIC)峰面积可用作反应样品中相对肽段乃至蛋白含量的定量信息进行归一化处理，即可对不同样本中检测到的同一肽段乃至蛋白进行相对定量，或者在根据蛋白序列及酶解情况进行分析后，通过计算iBAQ参数对样品中的不同蛋白进行粗略的绝对定量。 （2）技术优势 A.检测通量高，样本数目无限制； B.样品制备过程简单，保真度高； C.分析算法成熟，独特的MBR算法减少缺失值。   |
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