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灵思生物金虫 (正式写手)
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[交流]
组学相关---宏基因组
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何为“宏”？宏基因组 ( Metagenome)是由 Handelsman 等在1998年提出的概念， 其定义为“the genomes of the total microbiota found in nature” ,即环境中所有微生物基因组的总和。和16S或ITS测序不同的是，宏基因组不包含对某个特定微生物种群的靶向，即不会对微生物特定种群进行单一性测序（真菌、细菌或者病毒），而是所有微生物基因组的总和。 宏基因组学研究的对象是特定环境中的总DNA，不是某特定的微生物或其细胞中的总DNA，不需要对微生物进行分离培养和纯化，这对我们认识和利用95%以上的未培养微生物提供了一条新的途径。已有研究表明，利用宏基因组学对人体口腔微生物区系进行研究，发现了50多种新的细菌，这些未培养细菌很可能与口腔疾病有关。此外，在土壤、海洋和一些极端环境中也发现了许多新的微生物种群和新的基因或基因簇，通过克隆和筛选，获得了新的生理活性物质，包括抗生素、酶以及新的药物等。宏基因组测序是一种利用高通量测序技术完成微生物群落所有物种基因组的检测和功能分析的测序方法。宏基因组测序技术无需进行微生物的分离纯化培养，就能够快速有效地获得整个微生物群落的基因信息，可以更加深入地对群落结构、物种分类、系统进化、基因功能及代谢网络等方面进行研究。样品制备：样品制备一般由两步组成，分别为样品收集和DNA提取，这一步骤需要极力避免污染，尽量确保使用的所有试剂的“无菌”状态。由于二代测序的高敏感性，在DNA文库中即便极低的DNA含量也会被扩增并测序，一旦引入污染菌群，就会对样品中真实的信号产生覆盖。 实验流程：环境样品总DNA提取→DNA片段化→连接接头序列→文库制备→文库定量→上机测序  |
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