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新虫 (小有名气)

[交流] 寡核苷酸合成仪“抽风”,结果出来一串乱码

上周做一条25bp的引物,设定好了序列,寡核苷酸合成仪哐当哐当跑了一下午。收样送去质谱,结果出来我傻了——分子量对不上,差了整整300多。

一开始怀疑是单体加错了,翻记录,没毛病。又怀疑是试剂过期,查批号,还有半年效期。折腾两天找不到原因,气得把合成日志翻出来一条条对。

结果发现一个诡异的地方:程序记录显示第12个循环的“脱保护”步骤多停了5分钟。就这5分钟,导致那个位置的碱基脱落了一部分,后面的延伸全乱套了。

打电话问工程师,人家说可能是氮气压力波动导致阀门延迟。这玩意儿平时根本注意不到,谁能想到气源还能影响合成序列。

后来学乖了,每次启动寡核苷酸合成仪前先看气源压力,跑的过程中隔几个小时瞄一眼实时日志。还有寡核苷酸合成用的乙腈,以前觉得差不多就行,现在老老实实加分子筛脱水,稍微有点水分就换新的。

搞寡核苷酸合成这活儿,仪器再智能,该盯的细节一个都不能少。有时候出问题不是大事,就是那些没人提醒过的小地方在作妖。

有人遇到过类似的“莫名其妙”的合成失败吗?最后怎么找到原因的?
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