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lxyyzz

木虫 (小有名气)

[交流] 测序比对的问题,求助!

测序比对的结果,由于差两个碱基,要比对下氨基酸是不是一样。
我的序列是从小到大,与NCBI上序列比对是从大到小,
都说要把测序的结果反向互补下再比对,这个原理是什么呢?按照思维好像应该是只反向啊。
反向互补后和原来的序列完全不一样啊,为什么仍然可以比对呢?而只反向比对的结果却是不一样的。
另外反向互补到另外一条链,翻译的氨基酸也就不一样了啊,怎么能确定自己的序列是不是正确呢?

想不通啊……
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goodwish

木虫 (正式写手)

木虫书呆子

★ ★ ★ ★ ★
lxyyzz(金币+5,VIP+0):谢谢!我基本懂了~ 11-13 19:47
测序的原理其实还是基于合成,就是只能从5‘到3’。
转录只是利用双链中的一条单链,另一条是无意义的。
DNA是反向互补的双链,假设用a和b代表基因的两端,如果正向测的话没有问题,测的作为模版的单链,5'到3'的序列肯定就是a端到b端,这和NCBI上结果应是一致的。
反向测的话就要测定另一条单链,即非模板链。对于非模板链来说,根据反向平行的原则,a端是其3’端,而b端是其5‘端。测序只能从5’端到3‘端,也就是相当于从b到a,或者说是从右往左。因而与模板链反向并且互补。
关键是要理解3’与5‘。
生命的海洋里,我是蓝色的一滴
2楼2009-11-13 16:25:05
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