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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】用Scan来做一个多原子的分子的势能面。输入文件怎么建。
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yuguotianqing

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】用Scan来做一个多原子的分子的势能面。输入文件怎么建。

我在算一个CH3Ti(O)Cl这个分子的势能面，改变下C-Ti的键长，其它参数都放开。在高斯03中，请问下输入文件怎么建。谢谢。
下面是这个分子的内坐标。

0 1
C
H                  1              B1
H                  1              B2    2              A1
H                  1              B3    3              A2    2              D1
Ti                 1              B4    4              A3    3              D2
Cl                 5              B5    1              A4    4              D3
O                  5              B6    1              A5    4              D4

   B1             1.09674443
   B2             1.09670621
   B3             1.09582506
   B4             2.08376622
   B5             2.25473385
   B6             1.60266480
   A1           109.87425335
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   D1          -117.89720170
   D2           120.47969812
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1楼2009-11-13 14:27:24
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT
★ ★ ★ ★ ★
yuguotianqing(金币+5,VIP+0):谢谢 ，但加opt后运行不了的 11-13 17:20
前面自己定义chk路径，内存大小，cpu个数，然后自己改算法和基组。
扫描的地方可以写成如下：
#p opt hf/sto-3g scan

Title

0 1
C
H                  1              B1
H                  1              B2    2              A1
H                  1              B3    3              A2    2              D1
Ti                 1              B4    4              A3    3              D2
Cl                 5              B5    1              A4    4              D3
O                  5              B6    1              A5    4              D4

   B1             1.09674443
   B2             1.09670621
   B3             1.09582506
   B5             2.25473385
   B6             1.60266480
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   B4             1.5  20  0.1

我没使用opt，直接扫了一个莫斯势的曲线，windows下40秒扫完，图形挺好看的。

[ Last edited by zhangmt on 2009-11-13 at 15:16 ]
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一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
2楼2009-11-13 15:12:29
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普通回帖

yuguotianqing

木虫 (正式写手)
我现在计算的时候需要优化的。你加了OPT后的输入文件在高斯中不能运行。
还请指点。

[ Last edited by yuguotianqing on 2009-11-13 at 17:19 ]
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开心工作,快乐生活
3楼2009-11-13 17:17:46
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forestwolf9291

木虫 (著名写手)
★
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 11-16 12:56
以前做过，好像可以这样。opt也可以，你试试。
#p hf/sto-3g popt

Title

0 1
C
H                  1              B1
H                  1              B2    2              A1
H                  1              B3    3              A2    2              D1
Ti                 1              B4    4              A3    3              D2
Cl                 5              B5    1              A4    4              D3
O                  5              B6    1              A5    4              D4

   B1             1.09674443
   B2             1.09670621
   B3             1.09582506
   B5             2.25473385
   B6             1.60266480
   A1           109.87425335
   A2           107.34028553
   A3           109.47198097
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   A5           107.70460198
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   D3            71.10197770
   D4           -62.17865020

   B4             1.5 S 20  0.1

[ Last edited by forestwolf9291 on 2009-11-13 at 22:17 ]
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4楼2009-11-13 17:27:09
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yuguotianqing

木虫 (正式写手)
这个文件在高斯中运行几步也出错了，还请你帮我看下
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开心工作,快乐生活
5楼2009-11-13 17:40:29
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT
★ ★ ★ ★ ★
yuguotianqing(金币+4,VIP+0): 11-13 20:54
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 11-13 21:00
抱歉，忘了一般版本在scan的时候不给优化的（内部版据说有哦）
可以用另一种方法实现，试试这个：

windows下跑了4分半，跑了18个点。图形就不贴了。

#p Opt(ModRedundant) hf/sto-3g

Title

0 1
C
H                  1              B1
H                  1              B2    2              A1
H                  1              B3    3              A2    2              D1
Ti                 1              B4    4              A3    3              D2
Cl                 5              B5    1              A4    4              D3
O                  5              B6    1              A5    4              D4

   B1             1.09674443
   B2             1.09670621
   B3             1.09582506
   B4             2.08376622
   B5             2.25473385
   B6             1.60266480
   A1           109.87425335
   A2           107.34028553
   A3           109.47198097
   A4           115.58707478
   A5           107.70460198
   D1          -117.89720170
   D2           120.47969812
   D3            71.10197770
   D4           -62.17865020

1 5 1.5 S 20 0.1

[ Last edited by zhangmt on 2009-11-13 at 17:57 ]
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一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
6楼2009-11-13 17:41:01
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wuy069

铁杆木虫 (正式写手)
★
yuguotianqing(金币+1,VIP+0):谢谢参与 11-13 20:55
引用回帖:
Originally posted by zhangmt at 2009-11-13 17:41:
抱歉，忘了一般版本在scan的时候不给优化的（内部版据说有哦）
可以用另一种方法实现，试试这个：

windows下跑了4分半，跑了18个点。图形就不贴了。

#p Opt(ModRedundant) hf/sto-3g

Title

0 1
C
...

照着你的试了下，不行啊 连L1都没过去，输入文件无法识别。兄弟，请教一下是怎么回事？
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7楼2009-11-13 18:16:16
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT
★
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 11-16 12:57
让我猜猜看，如果你是在windows下做的，你可能漏掉了文件结尾的空行。空两行更保险。如果你是在linux下做的，需要先执行dos2unix来转换成linux下的文本格式。
不然，难道你用的是g94的版本？
还有，下次说出错的时候，要把最后那几行出错信息贴出来。别让大家猜。。。
这个我已经跑过了的程序，不会有错啊。
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一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
8楼2009-11-13 20:25:54
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yuguotianqing

木虫 (正式写手)
下面的这个我试了下，是可以的。
但前面讲的scan 那个要是加上优化结构opt，在高斯03中还有方法运行么
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开心工作,快乐生活
9楼2009-11-13 20:53:43
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wuy069

铁杆木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by zhangmt at 2009-11-13 20:25:
让我猜猜看，如果你是在windows下做的，你可能漏掉了文件结尾的空行。空两行更保险。如果你是在linux下做的，需要先执行dos2unix来转换成linux下的文本格式。
不然，难道你用的是g94的版本？
还有，下次说出错的 ...

还是不行啊 下面出错
******************************************
Gaussian 03:  IA32W-G03RevC.02 12-Jun-2004
                13-Nov-2009
******************************************
%mem=512Mb
%nproc=1
Will use up to    1 processors via shared memory.
-----------------------------------
#p opt(ModRedundant) hf/sto-3g scan
-----------------------------------
CompJT:  unrecognized IType=10.
Error termination via Lnk1e in D:\G03W\l1.exe at Fri Nov 13 21:30:58 2009.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  2.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      7 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1
输入文件就用你最后一次给的
最后一行15什么意思啊  我把15改成B4也不行
Linux下G03 G09和G03w我都试了，都不行 在Linux下当然用了dos2unix，输入文件最后也空了两行
请指教下
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10楼2009-11-13 21:39:43
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