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【求助】虚频的消除————无辙了。
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自己在做一个Y的配合物的结构优化计算，输入文件如下： %Chk=Y(ome)3tmc-2.chk %mem=100MB # opt b3lyp nosymm gen scf=tight pseudo=read Y(ome)3tmc 0 1 Y 0.07032 0.01789 0.24968 O 2.12116 0.0684 0.09866 C 3.49609 0.25209 0.02255 O -0.93023 1.21217 -1.13505 C -1.4574 2.1629 -1.94184 O -0.65026 0.15072 2.17809 C -1.02547 0.42098 3.48944 H 4.00867 -0.66448 -0.2855 H 3.78842 1.07611 -0.70242 H 3.90129 0.49916 0.98511 H -0.95134 2.45898 -1.99424 H -2.25173 2.09405 -3.12166 H -1.63715 2.7694 -1.43832 H -0.15163 0.81781 4.11045 H -1.86091 1.19471 3.53646 H -1.40022 -0.50887 3.97336 C -1.67167 -2.69882 -0.52067 C -3.08258 -4.61039 -1.03967 C -4.09732 -2.47446 -0.36556 H -3.28921 -5.10926 -0.08626 H -2.94474 -5.36846 -1.8119 H -4.41043 -2.83382 0.62718 H -4.69908 -1.60569 -0.63478 O -1.78734 -3.95567 -0.93352 O -0.55622 -2.2061 -0.40628 O -2.7441 -1.9619 -0.24655 C -4.1547 -3.58483 -1.39785 H -5.14203 -4.06874 -1.37773 H -3.98352 -3.18175 -2.40245 C H O 0 6-31g* **** Y 0 LANL2DZ **** Y 0 LANL2DZ 结构的优化过程中也比较顺利，最后想通过频率验证结构是否能量最低，第一个为虚频。 1 2 3 A A A Frequencies -- -22.1608 9.6040 16.2401 Red. masses -- 1.0202 1.1256 3.5687 Frc consts -- 0.0003 0.0001 0.0006 IR Inten -- 0.0418 0.3203 0.3123 Raman Activ -- 0.0059 0.1493 0.5558 Depolar (P) -- 0.6724 0.7451 0.7355 Depolar (U) -- 0.8041 0.8539 0.8476 于是，按照版上处理虚频的方法： 1）. 在优化时采用Scf(tight)的选项，增加收敛的标准。再去计算频率。如果还有虚频，参见下一步。 2）. 对称性的影响，很多情况下的虚频是由于分子本身的对称性造成的。这样，在优化时，如果必要，要将对称性降低，还有，输入文件有时是用内坐标。建议如果有虚频的话，将内坐标改成直角坐标优化。但是有时这一方法也并没有多大作用。 3）. 如果上述方法还有虚频，看一下虚频，找到强度较大的，将在频率中产生的原子的振动坐标加到相应的输入文件中。这样，重新计算。直到虚频没有。比较好的做法是分子结构输入用直角坐标，将这些产生虚频的振动坐标直接与原始坐标相加。加的时候不一定要将坐标直接相加，可以选择权重如1/3相加等。 4）. 实际上，如果分子柔性较大，很难找到最低点，这是电子结构计算的问题，这种情况下，需要动力学的东西，用构象搜寻的办法解决。如：模拟退火，最陡下降法，淬火法等。将得到的能量最低的构象做一般的电子结构计算，这样，应当没有问题。 对于上面的解决过程，1>,2>的情况对我来说不存在，因为我一开始就采用scf(tight) nosymm,而且一直用的是直角坐标。 于是，我后面采用的都是3>的方法，就是将最大虚频对应的振动坐标采用一个权重，再与原始坐标相加，发现虚频仍然存在，虽然有所减少。然后接着再继续采用这种方法时，虚频也就保持在那个水平波动了（先采用过1的权重，然后再有1/3，1/4等），现在就真的没辙了。不知道再怎么办了。 因此，向版上的高手求助怎么样解决如下两个问题: 1>在决定权重时，有没有什么指导原则？比如说我一开始权重为1，试用后发现虚拟值变小了（由原来的-22到-16），我是继续这个权重，还是说采用大点的权重，或者是小点的权重比较合理？个人看来这个似乎不可预测，是随机的，无法知道接着用什么权重能解决这个问题。是不是这样呢？ 2>在不断采用这个方法无效时，有两种可能，一种就是：我的起始结构错误。这种可能不是没有。但是与我这个结构类似的计算也有，假定我这个可能性不存在（就是说结构是合理的），似乎要求助于上面的解决方案4： ）. 实际上，如果分子柔性较大，很难找到最低点，这是电子结构计算的问题，这种情况下，需要动力学的东西，用构象搜寻的办法解决。如：模拟退火，最陡下降法，淬火法等。将得到的能量最低的构象做一般的电子结构计算，这样，应当没有问题。 对于这个操作，我一点概念都没有，该怎么来写输入文件呢？（大家BS我吧，菜鸟一个）虽然说手册中可以有一些命令之类，但是涉及到具体的东西时，就不知如何下手了。 谢谢回复！！解决问题者20个金币。给意见者视情况给金币。 谢谢！！这问题困扰我好久了！out文件： http://home.imhb.cn/indexCF/home ... spx?MSAutoID=221248 [ Last edited by gonemrc on 2009-11-12 at 10:59 ] |
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平衡结构直角坐标，分别加上和减去虚频模式的简正坐标*0.01 Ang.（平缓的势能面也可以用大一点的值，如0.02 Ang.），得到两个位移坐标。计算两个位移坐标的单点能（E+和E-），和平衡结构能量（E0）作比较。 如果E0最低，利用数值差分公式就能得到平衡位置的力常数，约化质量仍用程序所给的值（虽然不准确，但差不太多），进而得到这个模式的振动频率。肯定不会有虚频。 如果E0不是最低，假设E+ 极罕见的情况下，E0比E+和E-都大，也就是说，做频率计算的结构是个鞍点。这是由结构优化的算法导致的。处理方法和上面类似。 |
4楼2009-11-12 13:58:59
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看了一下你的结构，很简单的一个分子啊。 主要是你贴出来的初始结构太差了，比如：甲基C5上三个H的键长， 一个0.589，一个1.424，一个0.809，你是故意给gaussian找别扭是么？ 只好下载你提供的out文件，赫然发现，你竟然没有优化直接做的freq， 开国际玩笑啦。。四个判据只有一个YES，三个NO，你做freq有什么用？ 我从头开始替你优化，做频率分析，大概4个小时，全部搞定。没有虚频。 优化大概1个小时，频率分析半个小时。。。 |
5楼2009-11-12 14:32:11
zhangmt
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