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piaoran168金虫 (正式写手)
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[交流]
【求助】关于斯图加特基组（the Stuttgart group）
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虫友们，谁比较了解the Stuttgart group 啊？这个基组是怎么定义啊？ 最近看了两篇文献，和我研究的课题很类似，想重复文献，但是看了它的输入文件，就是不懂哦！它的关键词怎么那么多呢，有没有什么特殊的要求呢。现在把它贴出来（它也考虑溶剂效应的），和大家讨论一下，希望大家有时间来看看啊，回帖即有奖！ %chk=Nidmpe.chk %mem=100mw #n becke3lyp/gen pseudo=cards scfcon=7 scfcyc=150 minpop optcyc=98 nosymm int=finegrid vshift=1000 gfinput opt freq SCRF=(PCM,solvent=THF) Nidmpe C1 0 1 [Z-Matrix] C 0 6-31G** **** P 0 SDDALL D 1 1. 0.387 1. **** H 0 6-31G** **** Ni 0 SDDALL **** P 0 SDDALL Ni 0 SDDALL |
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zhangmt
至尊木虫 (著名写手)
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becke3lyp：b3lyp，密度泛函的一种 /gen pseudo=cards ：这是使用赝势的标记，不过现在已经废弃这种写法，直接写/genecp就可以了 scfcon=7 ：这是修改收敛标准，估计对方做这个体系很难收敛（体系比较大，柔性分子，很难说哪个构型最稳定等等），所以降低了标准，修正到10^-7就认可收敛了，现在写法也改了，SCF(Conver=n) scfcyc=150 ：看出来不好收敛了，所以增加了sfc的循环次数，默认的64（我的机器上是128）难以收敛，就增加次数了。现在写法SCF(MaxCyc=n minpop ：使用基于最小基布居的局域化，没有用过 optcyc=98 ：优化的最大循环次数，也增加到98次（默认20） nosymm：不考虑对称性，这样取消了对称性限制，但也无法利用对称性来加速计算了，看来是想尽量搜索一个稳定构象的目的 int=finegrid：积分网格，这是默认的，没说的，而且DFT算分子，用UltraFine才更精确 vshift=1000 ：看出来这家伙为了收敛体系，不顾一切了。呵呵。这个是将轨道能量人为提高千分之一Hartree gfinput :因为后面手动修改了P的赝势（增加了一个d的极化函数），这是说明格式 opt freq ：优化+频率分析，这是必须的 SCRF=(PCM,solvent=THF)：说明溶剂化效应的，采用PCM（连续极化模型），四氢呋喃做溶剂 总结： 写法比较陈旧，应该是G98或以前的； 分子难以收敛，体系比较大、柔性比较大是可能之一，算法有限难以收敛是可能性之一，加上溶剂化更难收敛是最大可能，作者为了能得到收敛的结果，花了不少心思，但结果是否可靠，不好说； 机器不怎么牛啊，现在情况看，P和Ni如果不用赝势也可以算哦。当然sdd赝势也还不错； 用两颗*说明弱相互作用比如氢键的影响不可忽视哦。 P增加了一个极化函数，说明P和前面的H都是重要的影响因素。反而Ni本该是中心原子的，作用倒不怎么突出了。 能看出来的也就这些了。 |
2楼2009-11-11 13:58:45
piaoran168
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