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Longlight

铁虫 (初入文坛)

[交流] SDS-PAGE在化学交联质谱中的重要性

1、SDS-PAGE 质控重要性
使用 SDS-PAGE 在交联质谱的质控中十分重要。通过对交联和未交联产物条带检测,来评估交联效率和确认蛋白复合物的形成状态。通过观察交联后高分子量条带与未交联单体条带的比例,可以避免过度交联(即形成大量难以消化的聚集物,导致质谱数据质量下降),从而指导后续酶切消化和最大化交联肽段的得率,确保最终质谱分析的成功。

2、SDS-PAGE 质控的具体原则
实验组设置
对照组(Control):蛋白样品+ 缓冲液(不含交联剂)。
实验组(Test):蛋白样品+ 交联剂(不同浓度的交联剂)。
观察结果与判断原则
在 SDS-PAGE 凝胶上,将实验组与对照组进行对比,判断交联效果是否理想:
理想交联效果:约有一半的单体(Monomer)蛋白仍然保留。凝胶上出现清晰的高分子量条带或阶梯状条带(代表二聚体、三聚体或更高阶复合物)。
交联过度(Over-crosslinking):单体条带几乎消失,所有蛋白都聚集在胶的顶部或形成大量涂抹状的高分子量产物。
交联不足(Under-crosslinking):高分子量条带不明显或缺失,蛋白几乎全部以单体形式存在。

3、根据 SDS-PAGE 质控结果进行后续实验(以某次实验为例)
选择了经深圳达远辰光科技有限公司优化的交联剂进行了交联测定。从 SDS-PAGE 的结果中无法找到很明显的各个亚基的条带。蛋白丰度过低,存在杂蛋白影响,很难确定最佳的交联剂浓度,后续质谱测定也有可能因为丰度过低而导致无法检测到信号。故需再次富集蛋白,提高蛋白浓度和纯度,避免因样本环节而影响到实验结果的检测。
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