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云云寸明

新虫 (初入文坛)

[求助] 引物设计 已有1人参与

我想知道设计引物的时候引物如果包含同源臂 那么看GC含量的时候是需要看后面p的片段的引物?同源臂的引物整个的呢还是说只需要看要p的那个片段的20个nt的，不需要看同源臂的20个nt呢？

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1楼 2025-07-30 12:59:57
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隐约

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
主要看后面扩增基因对应的引物序列，如果GC含量太高，引物容易结合模板非特异片段，扩增出杂带，如果GC含量太低，结合力弱，容易扩增失败；前面同源片段的GC含量也比较重要，如果GC含量太高，也容易将引物结合到非特定位置，导致扩增失败；
正常实验不需要考虑这么多，如果扩增出现问题，就先用不带同源臂的扩增特定基因，然后以扩增出基因为模板，用加了同源臂的引物扩增，可以避免特异性差的问题。
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2楼2025-07-30 14:49:42
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