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sheath

至尊木虫 (知名作家)

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[交流] 【讨论】自编程序中正则系综的体系温度为什么不能保持恒定？

在自编的分子动力学程序中，计算原胞的原子体系为正则系综。原子位置在三维方向应用周期性边界条件，恒温采用Nose-Hoover算法。
   但是，程序执行后，出现了体系数目减少，体系温度不断升高，甚至到达上万度的错误结果。

   经过仔细检查程序结构和每个子程序，初步分析认为：在每个时间步，周期性边界条件使跑出计算原胞范围的原子重新回到原胞内的相应位置。而这可能使部分原子重叠，尽管这种情况的几率很小。随后进行“更新原子存在与对应数据”操作，这将可能造成部分重叠原子数据的丢失，当然，原子数目也可能减小。
   也就是说，周期性边界条件造成原子重叠，而原子重叠是导致原子数目减少的关键原因。如果这个分析对的话，如何解决？若不是，那么原因又在哪里？

敬请各位同行不吝赐教！！！

[ Last edited by cadick on 2009-12-14 at 02:30 ]

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1楼2009-11-08 16:46:45

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sheath

至尊木虫 (知名作家)

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★
zeoliters(金币+1,VIP+0):Thanks for reply! 11-11 15:50

引用回帖:

Originally posted by dellus at 2009-11-10 13:13:

计算能量和相互作用力都要用周期性边界条件
我是说在使用周期性边界条件时，只调用而不改变粒子的原坐标

第一句没有问题，第二句值得商榷
１、在周期性边界条件下，同在原胞下的两个粒子是不能通过直 ...

可能是我没有说清楚。
实际上，周期性边界条件有两个表现：
1. 对于粒子位置，若跑出计算原胞，用周期性边界条件使粒子重新回到原胞内，即位置坐标值被改变。
2. 计算粒子体系势能和粒子互作用力时，应用所谓的“最小影像约定”，即你说的“只调用而不改变粒子的原坐标”。
我的程序是按照上面的进行的。

另外，你提到的Computer simulation of liquid中的几页，我正在看，期望能得到新的思路。
感谢你，dellus。

[ Last edited by sheath on 2009-11-11 at 14:54 ]