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sheath至尊木虫 (知名作家)
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[交流]
【讨论】自编程序中正则系综的体系温度为什么不能保持恒定？
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在自编的分子动力学程序中，计算原胞的原子体系为正则系综。原子位置在三维方向应用周期性边界条件，恒温采用Nose-Hoover算法。 但是，程序执行后，出现了体系数目减少，体系温度不断升高，甚至到达上万度的错误结果。 经过仔细检查程序结构和每个子程序，初步分析认为：在每个时间步，周期性边界条件使跑出计算原胞范围的原子重新回到原胞内的相应位置。而这可能使部分原子重叠，尽管这种情况的几率很小。随后进行“更新原子存在与对应数据”操作，这将可能造成部分重叠原子数据的丢失，当然，原子数目也可能减小。 也就是说，周期性边界条件造成原子重叠，而原子重叠是导致原子数目减少的关键原因。如果这个分析对的话，如何解决？若不是，那么原因又在哪里？ 敬请各位同行不吝赐教！！！ [ Last edited by cadick on 2009-12-14 at 02:30 ] |
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