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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 如何提取siesta输出的hamiltonian和overlap
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@七安

新虫 (小有名气)

[求助] 如何提取siesta输出的hamiltonian和overlap

在输入文件中已设置Save HS  True并且计算已输出label.HSX文件，现需要查看其中计算的哈密顿量，如何才能从该文件中提取哈密顿量？
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1楼 2025-07-06 11:53:30
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@七安

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2025-08-04 06:26:17
虽然我没具体研究和折腾过，可行的方式有如下几种：
1、直接读取HSX。但HSX是Fortran写入的二进制文件，可能需要去了解HSX读取或者写入逻辑。例如SIESTA程序提供的Utils当中有hsx2hs.f90，其中有读取HSX文件的逻辑 ...

siesta编译已具有netcdf4模块，只是在siesta生成的TSHS或HSX文件中读取哈密顿量时有些困难，即使用Python语言提取的哈密顿量也是错误提取
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3楼2025-08-18 17:55:52
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
虽然我没具体研究和折腾过，可行的方式有如下几种：
1、直接读取HSX。但HSX是Fortran写入的二进制文件，可能需要去了解HSX读取或者写入逻辑。例如SIESTA程序提供的Utils当中有hsx2hs.f90，其中有读取HSX文件的逻辑，或者你可以参考DeepH程序，当中preprocess/siesta_get_data.py提供了python语言处理HSX的功能。
2、对SIESTA源码部分进行修改，将HSX的写入格式从unformatted改成formatted后重新编译，这样你能得到一份“人类可读”的HSX，然后写程序读取之，只不过可能其他模块并不兼容。
3、在SIESTA编译时挂上NetCDF4，然后计算时使用Write.DMHS.History.NetCDF，然后HS可以按照NetCDF4进行存储，使用相应语言的NetCDF4的库并写程序读取之。
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不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
2楼2025-08-04 06:26:17
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
3楼: Originally posted by @七安 at 2025-08-18 17:55:52
siesta编译已具有netcdf4模块，只是在siesta生成的TSHS或HSX文件中读取哈密顿量时有些困难，即使用Python语言提取的哈密顿量也是错误提取
...

那你看看方案1或2呢？不过2的方法可能比较土也比较折腾。
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不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
4楼2025-08-20 10:15:33
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