| 查看: 1112 | 回复: 3 | ||||
| 【悬赏金币】回答本帖问题，作者@七安将赠送您 10 个金币 | ||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||||
[求助]
如何提取siesta输出的hamiltonian和overlap
|
||||
|
在输入文件中已设置Save HS True并且计算已输出label.HSX文件，现需要查看其中计算的哈密顿量，如何才能从该文件中提取哈密顿量？ 发自小木虫手机客户端 |
回复此楼» 猜你喜欢
考研复试调剂，过国家线的同学都可报名
已经有7人回复
-
0854复试调剂 276
已经有7人回复
-
【2026 硕士调剂】课题组 招收调剂生
已经有5人回复
-
298求调剂
已经有7人回复
-
085600 英一数二272求调剂
已经有19人回复
-
接收调剂
已经有17人回复
-
0857调剂
已经有6人回复
-
高分子化学与物理调剂
已经有16人回复
-
085602化学工程350，调剂，有没有211的
已经有8人回复
-
求调剂院校
已经有7人回复
|
siesta编译已具有netcdf4模块，只是在siesta生成的TSHS或HSX文件中读取哈密顿量时有些困难，即使用Python语言提取的哈密顿量也是错误提取 发自小木虫手机客户端 |
3楼2025-08-18 17:55:52
卡开发发
专家顾问 (著名写手)
Ab Initio Amateur
-
专家经验: +224 - 1ST强帖: 2
- 应助: 47 (小学生)
- 金币: 3500.8
- 散金: 14
- 红花: 223
- 帖子: 2477
- 在线: 1254小时
- 虫号: 1369423
- 注册: 2011-08-16
- 性别: GG
- 专业: 金属材料的磨损与磨蚀
- 管辖: 第一性原理
|
虽然我没具体研究和折腾过，可行的方式有如下几种： 1、直接读取HSX。但HSX是Fortran写入的二进制文件，可能需要去了解HSX读取或者写入逻辑。例如SIESTA程序提供的Utils当中有hsx2hs.f90，其中有读取HSX文件的逻辑，或者你可以参考DeepH程序，当中preprocess/siesta_get_data.py提供了python语言处理HSX的功能。 2、对SIESTA源码部分进行修改，将HSX的写入格式从unformatted改成formatted后重新编译，这样你能得到一份“人类可读”的HSX，然后写程序读取之，只不过可能其他模块并不兼容。 3、在SIESTA编译时挂上NetCDF4，然后计算时使用Write.DMHS.History.NetCDF，然后HS可以按照NetCDF4进行存储，使用相应语言的NetCDF4的库并写程序读取之。 |
2楼2025-08-04 06:26:17
卡开发发
专家顾问 (著名写手)
Ab Initio Amateur
-
专家经验: +224 - 1ST强帖: 2
- 应助: 47 (小学生)
- 金币: 3500.8
- 散金: 14
- 红花: 223
- 帖子: 2477
- 在线: 1254小时
- 虫号: 1369423
- 注册: 2011-08-16
- 性别: GG
- 专业: 金属材料的磨损与磨蚀
- 管辖: 第一性原理
4楼2025-08-20 10:15:33
