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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】结构优化报错L202
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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ljfyf

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】结构优化报错L202

最近给同学优化一个比较大的分子，总是不能优化好，报错L202，却不知道怎么调整初始结构。
Small interatomic distances encountered:
     2    1      NaN
Atoms too close.
Error termination via Lnk1e in /home/gauss/g09/l202.exe at Sat Nov  7 00:33:56 2009.
Job cpu time:  0 days  5 hours 44 minutes 28.2 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    398 Int=      0 D2E=      0 Chk=     44 Scr=      1
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1楼 2009-11-07 08:46:30
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ljfyf

铜虫 (小有名气)
自己顶，希望高人们，帮助一下
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2楼2009-11-07 08:47:17
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)
★ ★
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 11-7 09:32
ljfyf(金币+1,VIP+0): 11-8 09:28
“Atoms too close.”
结构不合理，某些原子间距离太近。如果分子较大，先用如CHEM3D中的分子力学、半经验法预先优化一下初始结构，根据化学常识判断一下优化得到的结构是否合理，然后再用高斯进行所需的计算，这样操作，优化可能会成功率高些。
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3楼2009-11-07 09:15:16
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
★ ★
erylingjet(金币+1,VIP+0):感谢交流 11-7 15:52
ljfyf(金币+1,VIP+0): 11-8 09:28
有两个原子距离太近了
或者干脆重叠了
你自己好好检查下

错误信息是
     2    1      NaN
Atoms too close.
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4楼2009-11-07 09:31:56
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467266420

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 11-13 19:45
ljfyf(金币+1,VIP+0): 11-14 14:07
202行都通不过肯定是初始结构查的太远了，可以在兰氏化学中找到常见化学键的键长，活化的部位键长拉长15%-30%
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5楼2009-11-12 19:03:22
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT
★ ★
ljfyf(金币+2,VIP+0):金币都给你了，换流量去吧！ 11-14 14:08
直接贴你的输入文件。。
看你的附件竟然还要扣我流量。。555555.。。。刚注册没几天，还没有流量啊。
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一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
6楼2009-11-12 20:27:45
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 11-15 17:07
下载了你的文件，初始结构看不出问题。
虽然原子都不大，显然数目比较多，柔性不小，收敛有一定难度。
手边机器不方便，简单改了hf/sto-3g，跑了20多步，确实C原子1-2之间距离在逐步缩短，从1.355逐渐缩到1.321，还没跑完，看不出太多问题。如果还是出现问题，
那就是初始结构的问题了，你确认这三个分子是通过两个H键连接起来的么？
实在不成就扭转一下方向——这个我给不出什么答案了，要根据你的课题、文献
根据经验来推定了。
BTW,好佩服你的机器，单机12个cpu？厉害啊。
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一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
7楼2009-11-15 12:00:20
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ljfyf

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zhangmt at 2009-11-15 12:00:
下载了你的文件，初始结构看不出问题。
虽然原子都不大，显然数目比较多，柔性不小，收敛有一定难度。
手边机器不方便，简单改了hf/sto-3g，跑了20多步，确实C原子1-2之间距离在逐步缩短，从1.355逐渐缩到1.321 ...

没有12个那么猛，只是一个8核的而已。
谢谢你了，我现在算完了。我想要中间的氢键，把靠边的原子固定算好了！
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8楼2009-11-16 09:51:08
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我看到过中间成氢键的那一步，好像10几步就跑到了。但是能量好像很高啊。
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9楼2009-11-16 12:38:45
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ljfyf

铜虫 (小有名气)
后来我给同学算好只后氢键的能量大概是11Kcal左右，应该还可以吧！
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10楼2009-11-17 10:54:28
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