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大肠杆菌底盘细胞已有1人参与
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请问有没有小伙伴做过大肠杆菌底盘细胞呀，要从头开始做那种。 发自小木虫手机客户端 |
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【答案】应助回帖
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1. 实验设计与工具准备 明确目标：确定需要表达的产物（如重组蛋白、代谢产物等）。 选择宿主菌株：根据需求选择工程菌株（如BL21用于蛋白表达，MG1655用于基础研究）。 获取基因元件： 目标基因：从数据库（NCBI、Addgene）获取或人工合成。 质粒或整合载体：选择适合的质粒（如pET、pBAD系列）或基因组整合工具（如CRISPR-Cas9）。 调控元件：启动子（T7、lac、araBAD）、RBS（核糖体结合位点）、终止子等。 2. 基因编辑与载体构建 方法一：质粒表达（适用于短期表达） 克隆目标基因： 设计引物，PCR扩增目标基因。 用限制性内切酶或Gibson Assembly将基因插入质粒载体。 转化至克隆菌株（如DH5α）并测序验证。 转化至表达菌株： 将验证后的质粒转入表达菌株（如BL21(DE3)）。 使用抗生素（如氨苄青霉素）筛选阳性克隆。 方法二：基因组整合（适用于稳定表达） 设计同源重组片段： 使用CRISPR-Cas9或λ-Red重组系统。 构建含目标基因和筛选标记（如抗生素抗性基因）的线性DNA片段。 电穿孔转化： 将线性DNA片段电转入感受态细胞。 通过抗性筛选和PCR验证整合位点。 3. 代谢工程优化 敲除竞争途径： 使用CRISPR-Cas9敲除副产物生成基因（如乳酸脱氢酶基因 ldhA）。 引入外源途径： 将异源代谢途径基因（如青蒿酸合成基因簇）组装至质粒或基因组。 动态调控： 使用诱导型启动子（如IPTG诱导的T7启动子）分阶段调控基因表达。 4. 蛋白表达与优化 小试表达： 接种单菌落至液体培养基（如LB）。 加入诱导剂（如IPTG）诱导蛋白表达。 优化条件： 调整诱导时机（OD600=0.6-0.8）、温度（16-37℃）、诱导剂浓度。 使用分子伴侣（如共表达GroEL/GroES）辅助蛋白折叠。 检测与纯化： SDS-PAGE或Western Blot验证表达。 通过His标签或GST标签进行亲和层析纯化。 5. 产物筛选与菌株验证 表型筛选： 抗生素抗性、显色反应（如蓝白斑筛选）。 产物定量： HPLC/MS检测代谢产物（如丁醇）。 酶活测定或荧光报告系统（如GFP）验证基因线路功能。 基因组稳定性测试： 连续传代后检测质粒保留率或基因组整合稳定性。 6. 放大生产（工业应用） 发酵工艺优化： 调整培养基（如M9培养基替代LB以降低成本）。 控制溶氧量、pH、补料策略（分批/连续发酵）。 产物回收： 离心收集菌体或分泌产物。 破菌（超声、高压均质）提取胞内产物。 7. 常见问题与解决方案 问题 可能原因 解决方案 质粒丢失 抗生素压力不足/代谢负荷高 提高抗生素浓度/使用基因组整合替代质粒 蛋白不表达 密码子偏好/蛋白毒性 优化密码子/使用低拷贝质粒或诱导后低温培养 代谢产物积累不足 途径效率低/竞争消耗 动态调控途径/敲除竞争基因 细胞生长缓慢 外源途径负担过重 分阶段诱导/使用基因组精简菌株（如MDS42） 关键工具与资源 常用数据库： BioCyc（代谢通路分析） iGEM Registry（标准化生物元件库） 基因编辑工具： CRISPR-Cas9系统（质粒：pCas9/pTargetF） λ-Red重组系统（质粒：pKD46） 总结 操作流程的核心是“设计-构建-测试-优化”（DBTL循环）。需结合分子生物学技术（如PCR、电转化）、代谢模型（如COBRA）和实验验证逐步优化。对于复杂系统，建议从小规模实验开始，逐步放大并实时监控数据。若涉及工业应用，需进一步与发酵工程结合。 |
2楼2025-05-26 14:32:37