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[交流]
【求助】如何优化
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| 我用discover模块做MD，比如我用NPT系综，当逐渐升温从50K升到100K，50K得出的结果是不是要优化下再继续跑100K的呢，那么这个优化是指discover下的minimize还是NVE或NVT呢（有人说NVE也是优化，可我不明白），希望大家不吝赐教 |
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qiangwxr
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2楼2009-11-06 22:08:30
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aylayl08(金币+5,VIP+0):感谢参与讨论 11-8 11:51
aylayl08(金币+5,VIP+0):感谢参与讨论 11-8 11:51
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我的理解是这样： minimize属于结构优化，寻找0K下能量最低的构象。当然，找到的是局部最低能量构象还是全局能量最低构象，要看你的初始结构（主要影响因素），还有就是最小化的方法（次要影响因素）。 MD是动力学，考虑温度对体系的影响，也就是按照分子力学的模型，在特定力场下，让每个原子都根据所受到的外部作用力，按照牛顿定理运动起来。具体可以选择不同的系综，如NVT、NVE。 前面提到结构优化搜寻能量最低构象与初始结构有关，通过MD让分子动起来，可以跳出局部最低，有可能找到全局能量最低构象。模拟退火、模拟淬火，详细的你可以搜一下相关帖子。 你说的“当逐渐升温从50K升到100K”，目的是什么？ |
4楼2009-11-08 11:40:31