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用oligo6.0分析引物的问题
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用oligo6.0分析引物的问题 请大家帮帮忙：我下载了oligo6.0,打算用它来分析引物。但是当我操作起来的时候发现我的操作和说明书有些差别。说明书上是这样说的： 四.评估引物对： 1.在各种文献中查到的引物，如果直接进行PCR，往往很难重复别人的实验结果。 这时就想到，是不是引物的本身质量问题,就可以通过软件来分析。点击 File菜单中的 New命令； 2.在“Edit New Sequence”的窗口中用键盘输入上游引物； 3.如果该引物的首位置不是 1的话，可以在“Edit”窗口中输入新的5’端位置数字，如 20； 4.点击 Accept/Discard菜单的Accept命令； 5.如果引物序列长度不同于当前的引物的话，可以从“Change”菜单中改变当前的引物长度； 6.选取当前序列为上游引物（点击“upper”按钮）； 7.从 Edit菜单中选取“Lower Primer”命令，在Edit Lower窗口中输入下游引物的序列； 8.在 Edit窗口的上角处，输入相应的5’位9.选取“Accept and Quit”命令； 9.如果想让程序给出最佳退火温度，在此时的对话框中输入 PCR产物的长度以及GC 含量所占百分比，一般哺乳动物的cDNA序列中GC大约占44％。 10.点击 OK就可以在“Analyze”菜单中完成各种分析了。 当我做到第7个步骤以后，我的oligo6的Edit界面上角处就没有它说的输入5'位的位置，而是3'位，而且也没有“Accept and Quit”的命令。 引物的首位置是指引物在模板序列上结合的位置吗？例如我的引物在模板上结合是从42位开始，到62位，长20bp，那我的5'位置是不是就是42？ 总之我对oligo来分析引物有点迷茫，希望有用过的同学指点迷津。谢谢！ |
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5楼2009-11-05 11:44:56
是要把序列导进去，然后点击‘accept’,就会出现设计的主界面！然后点击“Edit”命令里的‘upper primer’，或者‘lower primer’，即可分别对上下游引物进行评价 6楼2009-11-05 15:17:14
7楼2009-11-05 20:18:02
