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biocontrol

金虫 (小有名气)

[交流] 询问系统树做法

最近做系统树的时候遇到一些问题。
比如 DNAstar, clust w, clust V, N-J.不知道这些方法有什么异同阿,那种方法是最可信的。
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裸奔进行时...
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gyesang

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

★ ★ ★ ★ ★
amisking(金币+3,VIP+0): 11-2 19:58
1949stone(金币+0,VIP+0):我也在做分子系统地理学 以后多多交流 11-2 20:16
biocontrol(金币+2,VIP+0): 11-2 20:22
前几种都是软件,最后的N-J是一种叫做neighboring joint算法的简写,基本做图过程先进性序列比对,clust W足够了,然后保存的有一个叫DND的问题,放到mega 的软件里面显示就可以了,我们一般作的都是N-J tree
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
2楼2009-11-02 19:24:08
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4748775485368

木虫 (小有名气)


biocontrol(金币+1,VIP+0): 11-2 20:23
这些软件都差不多
ゝ改不了的傲气
3楼2009-11-02 19:35:01
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yzhang1986

铁杆木虫 (文坛精英)

优秀版主


biocontrol(金币+1,VIP+0): 11-2 20:23
二楼正解
但一般都用mega建树
4楼2009-11-02 19:39:44
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wuyucool

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★
amisking(金币+1,VIP+0): 11-2 19:58
biocontrol(金币+1,VIP+0): 11-2 20:23
亲缘关系较近的话做NJ树容易出现长枝吸引,而且NJ树依赖模型
建议用mega做MP树
我生活在一个由封建阶级统治下用资本主义生产方式发展的被定义为社会主义国家的奴隶制国家里!
5楼2009-11-02 19:42:00
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whisht

银虫 (小有名气)

我也在用MEGA,但有人讲这是最简单的建树方法
6楼2009-11-02 21:28:49
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biocontrol

金虫 (小有名气)

what the different between N-J and other methods?
裸奔进行时...
7楼2009-11-02 22:14:13
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tsingtao2008

木虫 (著名写手)

地球村村民

★ ★
biocontrol(金币+1,VIP+0): 11-4 23:58
biocontrol(金币+1,VIP+0): 11-4 23:58
几个不同方法建树, 如果一致最好
Mega 是免费软件,常用、易用。
Paup*是商业软件,但似乎更专业。
钱要流动,人要走动
8楼2009-11-03 08:18:25
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