24小时热门版块排行榜    

查看: 678  |  回复: 7
当前主题已经存档。

biocontrol

金虫 (小有名气)

[交流] 询问系统树做法

最近做系统树的时候遇到一些问题。
比如 DNAstar, clust w, clust V, N-J.不知道这些方法有什么异同阿,那种方法是最可信的。
回复此楼
裸奔进行时...
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gyesang

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

★ ★ ★ ★ ★
amisking(金币+3,VIP+0): 11-2 19:58
1949stone(金币+0,VIP+0):我也在做分子系统地理学 以后多多交流 11-2 20:16
biocontrol(金币+2,VIP+0): 11-2 20:22
前几种都是软件,最后的N-J是一种叫做neighboring joint算法的简写,基本做图过程先进性序列比对,clust W足够了,然后保存的有一个叫DND的问题,放到mega 的软件里面显示就可以了,我们一般作的都是N-J tree
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
2楼2009-11-02 19:24:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

4748775485368

木虫 (小有名气)


biocontrol(金币+1,VIP+0): 11-2 20:23
这些软件都差不多
ゝ改不了的傲气
3楼2009-11-02 19:35:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yzhang1986

铁杆木虫 (文坛精英)

优秀版主


biocontrol(金币+1,VIP+0): 11-2 20:23
二楼正解
但一般都用mega建树
4楼2009-11-02 19:39:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wuyucool

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★
amisking(金币+1,VIP+0): 11-2 19:58
biocontrol(金币+1,VIP+0): 11-2 20:23
亲缘关系较近的话做NJ树容易出现长枝吸引,而且NJ树依赖模型
建议用mega做MP树
我生活在一个由封建阶级统治下用资本主义生产方式发展的被定义为社会主义国家的奴隶制国家里!
5楼2009-11-02 19:42:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

whisht

银虫 (小有名气)

我也在用MEGA,但有人讲这是最简单的建树方法
6楼2009-11-02 21:28:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

biocontrol

金虫 (小有名气)

what the different between N-J and other methods?
裸奔进行时...
7楼2009-11-02 22:14:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tsingtao2008

木虫 (著名写手)

地球村村民

★ ★
biocontrol(金币+1,VIP+0): 11-4 23:58
biocontrol(金币+1,VIP+0): 11-4 23:58
几个不同方法建树, 如果一致最好
Mega 是免费软件,常用、易用。
Paup*是商业软件,但似乎更专业。
钱要流动,人要走动
8楼2009-11-03 08:18:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 biocontrol 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 澳大利亚 Murdoch University 全奖博士招生(3个名额)地质化工冶金领域 +44 AI8RaGaPaSCR 2026-08-07 46/2300 2026-08-14 01:15 by oXaCpVTh6uOA
[基金申请] 有时候,自然基金真的不能太认真 (我的申报经验) +4 majunge000 2026-08-11 6/300 2026-08-13 16:50 by 四季常青藤
[基金申请] filecode +14 documentary 2026-08-10 16/800 2026-08-13 16:39 by 润生71
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] Filecode 又变了,巨变 +3 WH3796 2026-08-12 4/200 2026-08-13 14:13 by 小木虫6752397
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +4 布布和一二 2026-08-11 5/250 2026-08-13 12:56 by cratir
[基金申请] 应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键 +22 Lanmanbaby 2026-08-09 36/1800 2026-08-12 22:50 by sdfapple719
[论文投稿] 职称评审,求友友推荐见刊最快的期刊 +4 工厂打螺丝 2026-08-08 4/200 2026-08-12 09:18 by hansi2025
[基金申请] 奇怪,两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +7 布布和一二 2026-08-10 10/500 2026-08-12 09:12 by 布布和一二
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分? +11 yufeiwaner 2026-08-09 13/650 2026-08-12 08:17 by yufeiwaner
[硕博家园] 读博的好处 +3 lnee 2026-08-11 3/150 2026-08-11 18:10 by 希望我好好的
[基金申请] 什么时候出结果,有咨询渠道??? +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[基金申请] 确定了,国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
[基金申请] 关于代码变化问题,想知道的进来 +17 且听虎啸 2026-08-07 24/1200 2026-08-10 18:35 by zhangduo2008
[基金申请] 国自然结果 +4 Vierhys 2026-08-10 8/400 2026-08-10 15:06 by Vierhys
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +11 布布和一二 2026-08-08 22/1100 2026-08-10 11:10 by wmfsnow
[基金申请] 面上项目filecode邪修 +5 西山十月 2026-08-09 7/350 2026-08-10 07:32 by 仁砚薪传
[基金申请] 国基金的申报应该改成非等额制,评价高的钱多评价低的钱少,但是增加资助率 +7 a089 2026-08-07 7/350 2026-08-08 18:05 by gltch
[基金申请] 关于filecode +4 布布和一二 2026-08-07 7/350 2026-08-07 22:55 by zhanghaozhu
信息提示
请填处理意见