应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】siesta3.0 算输运，怎么能像atk那样方便的加多个电压？
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
182/2返回列表上一页12
查看: 2569  |  回复: 17
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

redskywei

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by xhsh at 2009-11-5 09:01:
假设零偏压下你的输入文件为transport-0.0.fdf，里面与电压有关的那一行为：

TS.Voltage  0.0  eV

脚本文件可以这样写：


transiesta  < transport-0.0.fdf >transport-0.0.out
oldbias=0.0

...

太感谢了。不知道怎么追加金币，否则得多给点。

令外，请我这个脚本保存成啥格式，后缀是啥？
赞一下 回复此楼
坠入无边的网~~
11楼2009-11-05 12:52:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xhsh

木虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
wuchenwf(金币+1,VIP+0):谢谢回帖交流 11-5 23:18
可以建立一个文件iv.sh，把脚本的内容放进去。然后给这个文件加上可执行属性就可以直接运行了： chmod +x iv.sh
赞一下(11人) 回复此楼
12楼2009-11-05 14:23:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

redskywei

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by xhsh at 2009-11-5 14:23:
可以建立一个文件iv.sh，把脚本的内容放进去。然后给这个文件加上可执行属性就可以直接运行了： chmod +x iv.sh

多谢了。
回复此楼
坠入无边的网~~
13楼2009-11-05 17:47:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangguangping

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by xhsh at 2009-11-05 02:01:40:
假设零偏压下你的输入文件为transport-0.0.fdf，里面与电压有关的那一行为：

TS.Voltage  0.0  eV

脚本文件可以这样写：


transiesta  < transport-0.0.fdf >transport-0.0.out
oldbias=0.0

...

你的脚本好像在我的机器上不能用，可能操作系统的事吧，我的是SUSE操作系统，sed  "s/TS.Voltage  $oldbias  eV/TS.Voltage  $bias  eV/g" 格式才能认，必须加上双引号，单引号还不行！
赞一下(1人) 回复此楼
弘德明志博学笃行
14楼2010-04-11 07:09:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangguangping

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zxzj05(金币+3):谢谢你的参与 2010-04-11 21:08
引用回帖:
Originally posted by redskywei at 2009-11-05 05:52:21:

太感谢了。不知道怎么追加金币，否则得多给点。

令外，请我这个脚本保存成啥格式，后缀是啥？

我的操作系统是SUSE的，我把我的也贴在这个地方，以供大家参考！其中计算下步的时候都用的是上一步的.TSDE文件，因为这是transiesta的密度矩阵。由于我们计算的偏压范围不是很大，对.TSDE的影响不至于相差甚远。用前面的密度矩阵，做下一个计算的密度矩阵初始猜测，这样不但节省了siesta计计算.DM的时间，还同时加快了.TSDE的收敛时间（最好是再算电压的的循环里面偏压点要按照顺序排列，这样能更加有效的节省时间）
---------------------------------------
Filename="scat.fast"   #define the name of the inputfile

mpirun -np 8 transiesta  < $Filename-0.0.fdf > sr-0.0.log
mpirun -np 8 tbtrans < $Filename-0.0.fdf > tb-0.0.log
tail -n3 tb-0.0.log |head -n1|cat >>iv.log
oldbias=0.0

SystemLabel="SystemLabel scat.fast"   #define the name of the outputfile

for bias in -0.2 -0.1 0.1 0.2            #define the bias to be calculated one by one best in sequence
do
cp $Filename-$oldbias.TSDE $Filename-$bias.TSDE
sed -e "s/TS.Voltage  $oldbias  eV/TS.Voltage  $bias  eV/g"  -e "s/$SystemLabel-$oldbias/$SystemLabel-$bias/g"  $Filename-$oldbias.fdf > $Filename-$bias.fdf
mpirun -np 8 transiesta  < $Filename-$bias.fdf > sr-$bias.log
mpirun -np 8 tbtrans < $Filename-$bias.fdf > tb-$bias.log
tail -n3 tb-$bias.log |head -n1|cat >>iv.log

oldbias=$bias

done

---------------------------------------
最后把的到的电流电压点都给汇总到iv.log文件中，并且每个偏压点的信息都不会被下一步计算覆盖！Filename定义你的任务输入文件的名称，SystemLabel和你的FDF中的SystemLabel一致，并且在计算每个偏压的时候都会在这个标签的基础上加上一个偏压后缀，来却分不同偏压的输出结果！
希望对虫子们有用！
在此非常感谢xhsh的奉献！我是在xhsh的脚本基础上（发现在我的机器上没法执行，），自己修改了一下！

[ Last edited by zhangguangping on 2010-4-11 at 00:27 ]
赞一下(2人) 回复此楼
弘德明志博学笃行
15楼2010-04-11 07:23:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

redskywei

木虫 (著名写手)
长兄好人啊~~
回复此楼
坠入无边的网~~
16楼2010-04-13 10:26:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wei.ji

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
atk的gate voltage就是瞎搞呀
引用回帖:
Originally posted by redskywei at 2009-11-04 20:21:14:
我只用过atk的前身transiestac，感觉还是很好用，而且还可以加门压（虽然门压计算经常不收敛）

赞一下(1人) 回复此楼
http://sim.phys.ruc.edu.cn
17楼2010-04-30 20:59:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

忽悠小皮

铜虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by wei.ji at 2010-04-30 20:59:09:
atk的gate voltage就是瞎搞呀

此话何解？
回复此楼
18楼2010-05-19 21:06:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 redskywei 的主题更新
182/2返回列表上一页12
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 308求调剂 +11 倘若起风了呢 2026-04-05 11/550 2026-04-05 23:21 by 来看流星雨10
[考研] 工科08-机械专硕-求调剂 +3 雷欧飞踢 2026-04-02 3/150 2026-04-05 18:49 by 蓝云思雨
[考研] 求调剂 +4 wos666 2026-04-03 4/200 2026-04-05 11:48 by arrow8852
[考研] 344材料与化工调剂 +9 调剂上岸玘 2026-04-03 9/450 2026-04-04 23:10 by happyddm
[考研] 材料调剂 +15 一样YWY 2026-04-01 15/750 2026-04-04 22:23 by hemengdong
[考研] 材料专硕306英一数二 +8 z1z2z3879 2026-03-31 8/400 2026-04-04 22:08 by hemengdong
[考研] 278求调剂 +6 Yy7400 2026-04-03 6/300 2026-04-04 09:53 by zhangdingwa
[考研] 400分求调剂 +3 尴尬且挠头 2026-04-04 3/150 2026-04-04 08:41 by jp9609
[考研] 考研求调剂 +3 木心想继续深造 2026-04-03 3/150 2026-04-03 21:56 by 啵啵啵0119
[考研] 兽医调剂 +3 wh119216 2026-04-02 3/150 2026-04-03 19:34 by zrongyan
[考研] 320求调剂 +5 振—TZ 2026-04-02 5/250 2026-04-03 14:42 by fxue1114
[硕博家园] 求老师收留 +9 lllq123 2026-04-03 9/450 2026-04-03 13:48 by 呼吸都是减肥
[考研] 求调剂推荐 +3 南山南@ 2026-04-01 3/150 2026-04-02 12:09 by xiaoranmu
[考研] 279求调剂 +6 学而思兮知 2026-04-01 6/300 2026-04-02 09:16 by vgtyfty
[考研] 一志愿北京科技，085601总分305求调剂 +9 半生瓜！ 2026-04-01 11/550 2026-04-02 08:28 by Wang200018
[考研] 302求调剂一志愿北航070300，本科郑大化学 +8 圣日耳曼条 2026-04-01 11/550 2026-04-02 07:40 by chemdavid
[考研] 求调剂 +4 DADA怪 2026-03-31 4/200 2026-04-01 14:30 by ZXlzxl0425
[考研] 环境工程调剂 +9 hyzzzzzzz. 2026-04-01 9/450 2026-04-01 14:20 by salamander`
[考研] 083000环境科学与工程调剂，总分281 +4 橙子（胜意） 2026-03-30 4/200 2026-03-31 00:44 by Linzejun
[考研] 哈尔滨工业大学材料与化工专硕378求调剂 +3 塔比乌斯 2026-03-30 3/150 2026-03-30 22:55 by 无际的草原
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭