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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】siesta3.0 算输运，怎么能像atk那样方便的加多个电压？
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redskywei

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by xhsh at 2009-11-5 09:01:
假设零偏压下你的输入文件为transport-0.0.fdf，里面与电压有关的那一行为：

TS.Voltage  0.0  eV

脚本文件可以这样写：


transiesta  < transport-0.0.fdf >transport-0.0.out
oldbias=0.0

...

太感谢了。不知道怎么追加金币，否则得多给点。

令外，请我这个脚本保存成啥格式，后缀是啥？
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坠入无边的网~~
11楼2009-11-05 12:52:21
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xhsh

木虫 (小有名气)
★ ★
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wuchenwf(金币+1,VIP+0):谢谢回帖交流 11-5 23:18
可以建立一个文件iv.sh，把脚本的内容放进去。然后给这个文件加上可执行属性就可以直接运行了： chmod +x iv.sh
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12楼2009-11-05 14:23:49
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redskywei

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by xhsh at 2009-11-5 14:23:
可以建立一个文件iv.sh，把脚本的内容放进去。然后给这个文件加上可执行属性就可以直接运行了： chmod +x iv.sh

多谢了。
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坠入无边的网~~
13楼2009-11-05 17:47:50
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★
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引用回帖:
Originally posted by xhsh at 2009-11-05 02:01:40:
假设零偏压下你的输入文件为transport-0.0.fdf，里面与电压有关的那一行为：

TS.Voltage  0.0  eV

脚本文件可以这样写：


transiesta  < transport-0.0.fdf >transport-0.0.out
oldbias=0.0

...

你的脚本好像在我的机器上不能用，可能操作系统的事吧，我的是SUSE操作系统，sed  "s/TS.Voltage  $oldbias  eV/TS.Voltage  $bias  eV/g" 格式才能认，必须加上双引号，单引号还不行！
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弘德明志博学笃行
14楼2010-04-11 07:09:27
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
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zxzj05(金币+3):谢谢你的参与 2010-04-11 21:08
引用回帖:
Originally posted by redskywei at 2009-11-05 05:52:21:

太感谢了。不知道怎么追加金币，否则得多给点。

令外，请我这个脚本保存成啥格式，后缀是啥？

我的操作系统是SUSE的，我把我的也贴在这个地方，以供大家参考！其中计算下步的时候都用的是上一步的.TSDE文件，因为这是transiesta的密度矩阵。由于我们计算的偏压范围不是很大，对.TSDE的影响不至于相差甚远。用前面的密度矩阵，做下一个计算的密度矩阵初始猜测，这样不但节省了siesta计计算.DM的时间，还同时加快了.TSDE的收敛时间（最好是再算电压的的循环里面偏压点要按照顺序排列，这样能更加有效的节省时间）
---------------------------------------
Filename="scat.fast"   #define the name of the inputfile

mpirun -np 8 transiesta  < $Filename-0.0.fdf > sr-0.0.log
mpirun -np 8 tbtrans < $Filename-0.0.fdf > tb-0.0.log
tail -n3 tb-0.0.log |head -n1|cat >>iv.log
oldbias=0.0

SystemLabel="SystemLabel scat.fast"   #define the name of the outputfile

for bias in -0.2 -0.1 0.1 0.2            #define the bias to be calculated one by one best in sequence
do
cp $Filename-$oldbias.TSDE $Filename-$bias.TSDE
sed -e "s/TS.Voltage  $oldbias  eV/TS.Voltage  $bias  eV/g"  -e "s/$SystemLabel-$oldbias/$SystemLabel-$bias/g"  $Filename-$oldbias.fdf > $Filename-$bias.fdf
mpirun -np 8 transiesta  < $Filename-$bias.fdf > sr-$bias.log
mpirun -np 8 tbtrans < $Filename-$bias.fdf > tb-$bias.log
tail -n3 tb-$bias.log |head -n1|cat >>iv.log

oldbias=$bias

done

---------------------------------------
最后把的到的电流电压点都给汇总到iv.log文件中，并且每个偏压点的信息都不会被下一步计算覆盖！Filename定义你的任务输入文件的名称，SystemLabel和你的FDF中的SystemLabel一致，并且在计算每个偏压的时候都会在这个标签的基础上加上一个偏压后缀，来却分不同偏压的输出结果！
希望对虫子们有用！
在此非常感谢xhsh的奉献！我是在xhsh的脚本基础上（发现在我的机器上没法执行，），自己修改了一下！

[ Last edited by zhangguangping on 2010-4-11 at 00:27 ]
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弘德明志博学笃行
15楼2010-04-11 07:23:04
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redskywei

木虫 (著名写手)
长兄好人啊~~
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坠入无边的网~~
16楼2010-04-13 10:26:25
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wei.ji

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
atk的gate voltage就是瞎搞呀
引用回帖:
Originally posted by redskywei at 2009-11-04 20:21:14:
我只用过atk的前身transiestac，感觉还是很好用，而且还可以加门压（虽然门压计算经常不收敛）

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http://sim.phys.ruc.edu.cn
17楼2010-04-30 20:59:09
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忽悠小皮

铜虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by wei.ji at 2010-04-30 20:59:09:
atk的gate voltage就是瞎搞呀

此话何解？
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18楼2010-05-19 21:06:36
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