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redskywei

木虫 (著名写手)

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[交流] 【求助】siesta3.0 算输运，怎么能像atk那样方便的加多个电压？已有4人参与

今天看了一下sieata3.0的手册，对于加偏压的说明很少，就一个TS.Voltage 的参数说明。但是如果要算iv曲线，肯定要很多的偏压点才行，怎么才能让他像transieta-c那样，可以用一个循环不停的计算各个设定好的偏压下的输运特性呢？？？？

请高手不吝指教。呵呵

[ Last edited by redskywei on 2009-11-2 at 21:49 ]

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坠入无边的网~~

1楼2009-11-02 15:49:40

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zhangguangping

木虫 (著名写手)

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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zxzj05(金币+3):谢谢你的参与 2010-04-11 21:08

引用回帖:

Originally posted by redskywei at 2009-11-05 05:52:21:

太感谢了。不知道怎么追加金币，否则得多给点。

令外，请我这个脚本保存成啥格式，后缀是啥？

我的操作系统是SUSE的，我把我的也贴在这个地方，以供大家参考！其中计算下步的时候都用的是上一步的.TSDE文件，因为这是transiesta的密度矩阵。由于我们计算的偏压范围不是很大，对.TSDE的影响不至于相差甚远。用前面的密度矩阵，做下一个计算的密度矩阵初始猜测，这样不但节省了siesta计计算.DM的时间，还同时加快了.TSDE的收敛时间（最好是再算电压的的循环里面偏压点要按照顺序排列，这样能更加有效的节省时间）
---------------------------------------
Filename="scat.fast" #define the name of the inputfile

mpirun -np 8 transiesta  < $Filename-0.0.fdf > sr-0.0.log
mpirun -np 8 tbtrans < $Filename-0.0.fdf > tb-0.0.log
tail -n3 tb-0.0.log |head -n1|cat >>iv.log
oldbias=0.0

SystemLabel="SystemLabel scat.fast" #define the name of the outputfile

for bias in -0.2 -0.1 0.1 0.2          #define the bias to be calculated one by one best in sequence
do
cp $Filename-$oldbias.TSDE $Filename-$bias.TSDE
sed -e "s/TS.Voltage  $oldbias  eV/TS.Voltage  $bias  eV/g"  -e "s/$SystemLabel-$oldbias/$SystemLabel-$bias/g"  $Filename-$oldbias.fdf > $Filename-$bias.fdf
mpirun -np 8 transiesta  < $Filename-$bias.fdf > sr-$bias.log
mpirun -np 8 tbtrans < $Filename-$bias.fdf > tb-$bias.log
tail -n3 tb-$bias.log |head -n1|cat >>iv.log

oldbias=$bias

done

---------------------------------------
最后把的到的电流电压点都给汇总到iv.log文件中，并且每个偏压点的信息都不会被下一步计算覆盖！Filename定义你的任务输入文件的名称，SystemLabel和你的FDF中的SystemLabel一致，并且在计算每个偏压的时候都会在这个标签的基础上加上一个偏压后缀，来却分不同偏压的输出结果！
希望对虫子们有用！
在此非常感谢xhsh的奉献！我是在xhsh的脚本基础上（发现在我的机器上没法执行，），自己修改了一下！

[ Last edited by zhangguangping on 2010-4-11 at 00:27 ]