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oyljw至尊木虫 (职业作家)
格物致知Professional
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[求助]
用Autodock tools对蛋白质进行处理出错的解决方法求助
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想进行分子对接，蛋白是5npk，对蛋白用pymol去掉水和其他离子及配体之后，我用autodocktools进行加氢，打开autodocktools-导入处理后的蛋白，然后edit-hydrogen-added, 再点grid-macromolecule-choose选择5npk_pymol.pdb文件-selectmolecule后, autodocktools出现提示，请问需要怎样解决这个问题呢？ 提示如下对话框，框里内容为： warning! : non-integral charge on 5npk_pymol:-56.0782 (非整数电荷) correct 189 residues: (改正189个残基) (truncated at 15..) (在15..处截断了) lys417 0.0548 lys424 0.0315 ser425 0.2782 pro426 0.2784 glu427 0.0224 glu428 0.0085 gly441 0.0322 ser442 0.0234 thr443 0.0086 leu457 0.0312 arg458 0.023 gly459 0.0073 ala467 0.0315 arg468 0.0222 leu469 0.0086 ... charges should be corrected in written output file! (电荷应当在输出文件中改正过来) 请问怎样在输出文件里更改电荷呢？ 它还有好多省略号，省略掉是哪些原子呢? 我的输出文件是5npk_pymol.pbdqt 请问怎样改正电荷，用什么软件或者怎样手动改？ 有什么依据吗？ 处理后的5npk_pymol.pdb文件在网盘 链接: https://pan.baidu.com/s/1VeBFyZdYp4dSqRE3i1I8vA?pwd=5npk 提取码: 5npk |
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