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[求助]
有偿求助如何通过Gaussian软件计算筛选与多肽最匹配的单体
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有偿求助 待解决问题：利用计算机分子模拟软件Gaussian，基于B3LYP-D3 (BJ)/6-31G+(d, p)方法，快速筛选出与多肽（九个氨基酸序列，自主合成的）相互作用最佳的单体 参考文献：https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU5OTI0MjI0MQ==&mid=2247518943&idx=1&sn=3295bdb736b0051019aa0c388fe2871c&chksm=feb529b1c9c2a0a7a0432645c88d8605a377a4eb17f7d1be0908c37ab77824d9517ef6ef5b94&scene=27. 可留言可联系邮箱316671036@qq.com |
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使用Gaussian软件基于B3LYP-D3 (BJ)/6-31G+(d, p)方法进行分子模拟，以筛选出与多肽（九个氨基酸序列）相互作用最佳的单体，可以按照以下步骤操作，送外检询绿泡泡软件bhlw999： 1. 准备工作 确定多肽结构：首先需要获得或构建你自主合成的九个氨基酸序列的多肽结构。这可以通过从头构建或者从蛋白质数据库中下载相似结构并进行必要的修改来实现。 选择单体库：根据你的研究目的和领域，选择一个合适的单体库。这些单体可以是潜在的药物分子、配体或其他感兴趣的化合物。 2. 构建模型 复合物生成：对于每个单体，创建它与多肽的复合物模型。可以考虑不同可能的结合模式，并确保每个模型都合理地反映了生物体系中的相互作用。 优化几何构型：使用Gaussian软件对所有生成的复合物进行几何优化。设置理论级别为B3LYP-D3(BJ)/6-31G(d,p)，这是考虑到色散校正的杂化密度泛函理论方法，适用于描述非共价相互作用。 3. 计算相互作用能 计算能量差异：通过计算优化后的复合物总能量以及分离状态下单体和多肽的能量差值，得到结合自由能或相互作用能。较低的能量差通常意味着更强的相互作用。 分析结果：评估不同单体与多肽之间的相互作用强度，找出那些表现出最强吸引力的单体。 4. 进一步验证 溶剂效应考虑：如果实际应用环境中有溶剂存在，则可以在Gaussian中加入溶剂模型（如PCM或CPCM），重新计算相互作用能，以更接近实际情况。 动力学模拟：为了更好地理解动态过程中的相互作用特性，还可以利用分子动力学模拟补充静态结构的信息。 5. 数据处理与筛选 统计分析：整理所有计算得到的数据，进行统计学上的比较和排序，挑选出前几名具有最佳相互作用的单体作为候选对象。 可视化展示：使用相关软件（如ChemDraw, PyMOL等）将最优单体与多肽结合的状态直观地展示出来，便于后续实验设计。 发自小木虫手机客户端 |
3楼2025-01-20 12:30:24