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SCI论文投稿趣事二则 一则 我们团队一直从事计算生物化学领域的科研工作，依靠专业软件构建生物分子模型探索生化现象背后的规律。并且始终坚持着自己的研究特色：从进化的角度研究酶催化功能，探究酶家族成员之间的进化关系。说白了就是注重事物的普遍联系性，而不局限于事物的个性。 大约三年前我们完成了一篇关于脱卤素酶家族的研究工作，题为：“Insights into the functional divergence of the haloacid dehalogenase superfamily from phosphomonoesterase to inorganic pyrophosphatase”，文章于2020年10月8日投稿期刊Archives of Biochemistry and Biophysics。2020年10月31日收到第一轮审稿意见，有三位审稿人，其中第二位审稿人质疑我们计算模型的尺寸太小，其他两位意见相对温和。由于我们的研究工作自成一派，经常看到审稿人先入为主的将我们的研究内容和方法归类为传统研究，提出类似的质疑，所以一开始我们只是按照以往的经验做答。 2021年1月25日第二次审稿意见返回：两位审稿人通过，但是第二位审稿人对我们的回复很不满意。具体体现在两方面：一是坚持认为我们计算模型的尺寸太小，建议我们扩大模型；二是认为我们在回信中辩解过多，实质改动太少，连带着提出来了一些新的质疑。如他所言：“In most cases, the explanation in the response letter was much longer and more in depth than the changes made in the manuscript. While I don't fully understand some explanations in the response letter, the limited changes in the manuscript are not sufficient to clarify my original or new questions.”言语中，严厉的态度以及一系列苛责的修改意见，可以看出审稿人真的生气了。反复的研读了审稿意见后，我们认为根本原因还是在于审稿人没有理解这篇文章的主旨。 所谓“多则惑，少则得”，这次我们转变了回复思路，力求抓住重点以免陷入审稿人的情绪中。于是在回信的开篇就将《孙子兵法》的一句名言“上兵伐谋 其次伐交 其次伐兵”翻译给他，此处省略了“其下攻城”是因为词不达意：“In The Art of War, it is said that the highest form of generalship is to use the thought and stratagem, the second best is to use the diplomacy and cooperation, and the third is to use the force and arms.” 紧跟其后，我们将这一认识引伸到科学研究上：“So is the case in the scientific research: the problems of the method selection and model design lie in the cognition (thought) of the scientific problem (the method and model are our force and arms).”继而提出：“To abstract the scientific problem from the research background and describe it with clear wording is a good beginning for the authors.”通过这么几句话在回信中开篇明义，委婉的引 导审稿人深入了解在文章中我们所要解决的科学问题，从而避免其先入为主的误解。 自然而然的顺着这个思路，我们用常规的科学语言解释了文章的主旨。阐明模型的设计完全是针对于特定的科学问题，由于和传统研究目的不同，自然模型设计也会随之有些不同。对于其他附带问题，我们尽量以简洁的措辞予以回复，以免喧宾夺主。尽管我们之前有多次和审稿人辩论的经验，但大多都采取科学论文常规的讨论方式，这还是第一次用东方哲学智慧去主导科学辩论，回信于2021年3月26日投出后多少有些忐忑不安。 2021年4月16日，收到了第三轮审稿意见，欣喜的发现审稿人的转变。首先审稿人明确表明认可了我们的解释方式：“In their response to the second review, the authors explained the model in a way that I can understand.”同时，审稿人提到“I understand the paper pretty well after 3 reads”表明我们之前的判断是正确的，审稿人一开始并没有理解我们的文章主旨。另外，值得一提的是审稿人一改之前的苛责，不但为我们做了一些英语语法上的修改，而且言辞中表现出充分的尊重：“The authors would be welcome to use any of the paragraph above, if they find it useful.”文章最终在简单的修改后，于2021年4月底接收并顺利发表。 二则 延续前一篇工作，我们继续完成了关于脱卤素酶家族的系列研究工作，题为：“The His23 and Lys79 pair determines the high catalytic efficiency of the inorganic pyrophosphatase of the haloacid dehalogenase superfamily”，文章于2021年9月25日投稿期刊BBA-General Subjects。 2021年10月30日收到第一轮审稿意见。共有两位审稿人，第一位审稿人明确质疑了我们计算方法的选择，建议我们选择另外一种计算方法；第二位审稿人基本满意我们的工作，提了一些小的修改建议。我们照旧做答。 2021年12月30日第二次审稿意见返回。第二位审稿人通过，第一位审稿人依然纠缠于计算方法的选择。他对我们具体要解决的科学问题闭口不谈，而是泛泛而谈的说我们采用的计算方法的缺点，言语中带有明显的个人倾向。这次我们并没有急于回应，而是搁置了一段时间让事情先冷却下来。大约两个月后，我们重新拾起问题，认为继续回应审稿人只会陷入无休的争执，于是决定不再回复审稿意见，而是直接将想法陈述给编辑。 在给编辑的回信中，我们首先说明自己是保守派的科研工作者：“We are the old-school scientists. We observe and think about the biology object, abstract the ideas into scientific language and problem, then design the experiment and models to the scientific problem.”继而表明技术流是目前的主流：“In recent decades, technology application dominates the science research. In such background, emphasis on technology and methods is more popular and the new-school style.”潜台词就是我们不是平庸随大流的“nobody”，而是有自己独立思想的科研工作者。 接着，我们从专业的角度阐述目前科学研究所面临的挑战：“In the post-genomic era, the life science on the complex and massive bio-information demands systematic cognition and method.”继而提出目前常规的技术方法在面对复杂生物系统和大数据问题时的局限性：“When we extremely pursue the details of the biology object by these modeling methods, we are going away from the complexity and dynamics of the biology object.”这恐怕就是秀一秀所谓的科研格局吧。 最后，我们明确指出拒绝接受审稿人带有明显个人倾向的技术推销：“We can’t accept that Reviewer #1 tried to impose his methodology on us in both rounds of his comments.”同时引用了《孟子》中“五十步笑百步”的典故予以说明审稿人所推崇的技术方法与我们目前采用的方法在应对复杂系统问题时所面临的共同困境：“It reminds us of a fable of 《Mencius》(a book of two thousand years ago): “There are two deserters. The one who escape fifty paces laughs at the other who escape a hundred paces.” Didn’t they run away all the same?” 2022年2月18日提交申诉，过了两天时间（2月20日）我们就收到了编辑的反馈，编辑完全认可我们的申诉：“I accept the rigor of your studies and I acknowledge your concerns with reviewer #1’s potential bias towards alternative methods.”文章也得以顺利发表。 感想 这两次特殊而有趣的交流经历，令人感慨万千。遥想十年前，作为科研白丁的我也逢迎过审稿人的意见，在审稿人曲解文章本意时，为了文章的顺利发表不敢过分坚持己见。直到今天，我们不但敢于坚持自己的见解，并且非常自信的借用古老的东方文明来陈述自己的科学见解。这背后，是我们坚持自己的学术方向十数年，逐渐形成了一定的学术积累，同时也积攒了学术自信。 自古就有“大道虽夷，而人好径”，曲意逢迎只是权宜之计，坚守独立的科学思想才是做学问的沧桑正道。且大雅君子恶速成，让科研工作的节奏慢一点，产出少一点，腾出更多的精力和时间多读书、多观察、多思考、多感悟，不断积累认知深度，才是厚积薄发的做学问之道。 致谢：感谢亦师亦友的北京师范大学化学学院丁万见老师、同门师姐国科温州研究院杨玲老师共同走过的科研路程；感谢好友西北师范大学文学院康孝云老师给予本文的语言和修辞上的指导。 |
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