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新虫 (初入文坛)

[交流] 干货分享 | 无缝克隆常见问题解答 已有1人参与

分子克隆实验——无缝克隆
今天和大家讲讲无缝克隆常见的问题以及解决方法。


1.平板上很少或者没有克隆菌落


建议使用试剂盒附带的阳性对照,可排除试剂盒本身的影响。进一步判定,主要有以下可能的情况和建议:01载体制备线性化载体和插入片段的纯度不够,抑制反应。02插入片段制备1、引物设计不正确:同源臂15~25nt(不计算酶切位点),CG含量40~60%。
2、线性化载体和插入片段的纯度不够,抑制反应。若线性化载体与插入片段已经过纯化,且经电泳检测条带单一或无 Smear 残留时,可使用超微量核酸蛋白检测仪进行浓度测定,当 A260/A280 在 1.8~2.0 之间时,浓度值可信,未纯化的DNA使用体积不能超过反应体积的1/5。03无缝克隆线性化载体和插入片段的投入量不足或过量,比例不佳:按照明书推荐的最适用量和比例配制反应体系。04转化感受态效率低:感受态转化效率大于108 cfu/ug,重组产物的体积不能超过感受态的1/10。


2.多数克隆不含插入片段(假阳性)


主要有以下可能的情况和建议:01载体制备:✿载体线性化不彻底:设置阴性对照检测载体是否线性化完全。✿相同抗性的质粒污染:以质粒为模板进行插入片段 PCR 扩增时,使用预线性化质粒作为扩增模板,使用 DpnI 等甲基化敏感型内切酶对扩增产物进行处理,或对产物进行胶回收纯化。02插入片段制备:插入片段的制备产物不特异:优化PCR体系(Tm,模板投入量,循环数等),提高特异性;胶回收PCR产物。03克隆筛选:平板抗性不足:确保使用正确的抗生素,并使用新鲜制备的抗生素平板。


3.菌落PCR无条带


主要有以下可能的情况和建议:01载体制备:重组失败:若只有空质粒条带,表明重组失败,载体线性化不彻底,优化酶切体系或PCR体系。02插入片段制备:引物不正确,使用通用引物或者至少一条通用引物进行菌检。03克隆筛选:PCR体系或者程序不合适:没有目的条带也没有空质粒条带,优化PCR体系和程序(Tm,模板投入量,循环数等);进行提质粒做模板,进行PCR验证或者酶切验证。
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strongFv

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
看完,很全,分享给实验室啦!补充下最近发现的一个点,菌落PCR相对难扩,可能还因为细菌样本中扩增抑制物的影响。改善方法1.预变性时间适当延长,比如95℃处理到3-5 min,不过注意酶能不能支持哈;2.模板尽量少加,单克隆的话稀释到10μL取1μL做模板就行了;3.用专门菌P的改造酶,擎科有一款是TSE005这个货号的,成功率很高。
2楼2024-09-06 10:23:28
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