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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 关于ms中forcite板块的RDF的相关问题
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RubyWow

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于ms中forcite板块的RDF的相关问题 已有1人参与

大家好，我最近找了别人做计算，但别人拿钱跑路了，留下了半成品，因为我当时不是要求她做的这个，所以自己也不是很了解，他到底算的是啥想麻烦大家帮我解答一下。
1.我是计算pva和nacl溶液的相互作用，想要的结果是，不同nacl浓度对pva分子链上氢键（o-h）的键长大小的影响
2.她留下的图是长这样，我看到有的人说第一个峰代表键长，但是我就只有这一个峰，如果是键长我也不知道代表的是哪里o-h键的键长，因为体系中有水分子和pva。而且所有浓度的峰都在同一位置
3. 所以我打算，看不同浓度的峰高是否相同，发现是不一样的，但是不确定峰值到底能说明什么
4.还有峰位置的左右偏移也不清楚是代表什么，只知道峰面积代表了配位数,但是配位数对我的体系没有作用。


所以，恳请大家帮忙解答下我通过这张图能得到什么信息?
感谢大家
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1楼 2024-08-19 17:15:06
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Andsharia

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
RubyWow: 金币+5, ★★★很有帮助 2024-08-21 10:55:44
1. 钠离子有可能和PVA氧原子发生相互作用，影响氢键数量，但可能对键长影响不大，只是猜测。
2. 代表的是哪里o-h键的键长只能问计算RDF的人，因为在计算RDF的时候得选定两种原子。
3. RDF峰对应的X轴代表两个原子之间的相互作用距离，Y轴（峰高度）代表概率，也可以简单理解为相互作用强度吧。X轴距离的意义大于Y轴峰高。如果峰左右偏移，说明相互作用距离发生了改变，可以理解为键长发生了改变。
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4楼2024-08-21 09:05:52
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RubyWow

新虫 (初入文坛)
不好意思不知道为什么上传不了图片，在解决
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2楼2024-08-19 17:25:40
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RubyWow

新虫 (初入文坛)
关于ms中forcite板块的RDF的相关问题

发自小木虫IOS客户端
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3楼2024-08-20 09:39:25
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RubyWow

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 赵红霞 at 2024-08-21 09:05:52
1. 钠离子有可能和PVA氧原子发生相互作用，影响氢键数量，但可能对键长影响不大，只是猜测。
2. 代表的是哪里o-h键的键长只能问计算RDF的人，因为在计算RDF的时候得选定两种原子。
3. RDF峰对应的X轴代表两个原子 ...

感谢你！因为他跑路了，所以我也无法验证，应该是按照我当时的要求做的。如果他们最高点都在同一个位置，但是面积不同，只能说明的是配位数嘛？还有就是，我最高点在同一位置但是峰高不一样，是不是也可以说明他们的作用效果不一样呢？
峰高的，代表nacl对氢键的作用强，峰低的，代表作用减弱。
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5楼2024-08-21 10:54:49
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