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lidigencai

新虫 (初入文坛)

[求助] 如何检测引物和目的序列的特异性(或则说是否存在多结合点)?

构建好的质粒转入大肠杆菌,长出菌落后挑点送测序,测序引物用的不是通用引物而是需要合成的引物,结果测序结果有双峰现象,和测序公司沟通后最大的可能就是引物有多个结合点。我想求助各位大佬,我从目的序列中选择一段序列作为测序引物的话,使用什么方法/软件可以检测我选择的引物和构建的目的质粒序列(包含目的序列)是否存在多个结合位点?
注:我在网上寻找过答案,网上关于检测引物特异性的信息和我的预期不符:他们是将序列放到软件中,然后设置引物参数,然后软件就能在序列上找到符合参数设置的引物,但是实际过程中引物的设计很多时候没得选,只能在某个位置的。
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