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泥牛渡海

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[交流] 中国科学院生物物理研究所方显杨研究组2025年普博招生

中国科学院生物物理研究所方显杨研究组2025年计划招收普博生1-2名。研究所2025年普博招生报名尚未开始(预期2024年10月开始)，相关要求可参考2024年招生简章：
https://ibp.cas.cn/2020jyc/zs/bszs/202310/t20231018_6895092.html
欢迎对我们课题组感兴趣的应届或具有同等学力硕士研究生联系我们：fxy_ncrna@163.com, 邮件主题请注明：“姓名_普博生申请”。
招生要求
（1）具有生物学、化学、药学、基础医学、物理学、计算机科学等相关专业硕士研究生同等学力；
（2）具有生物大分子结构预测与计算模拟、生物大分子核磁共振研究经验者优先；

导师简介
方显杨：中国科学院生物物理研究所研究员，课题组长，博士生导师。2002年本科毕业于武汉大学化学学院，2009年获中国科学院生物物理研究所博士学位；2009-2015年于美国国立卫生研究院国立癌症研究所从事博士后研究工作，2015年起历任清华大学生命学院助理教授、副教授，2023年8月起任中科院生物物理所研究员，课题组长，博士生导师。其课题组主要开展RNA整合结构生物学的研究，应用多种方法包括小角X射线/中子散射、核磁共振/电子顺磁共振、X射线晶体学、单分子荧光共振能量转移、结构预测和计算模拟开展与人类疾病和重大生命过程密切相关的非编码RNA及其蛋白质复合物的结构与功能研究。曾入选国家引才计划青年项目，受基金委重点支持项目(联合基金、专项项目)、科技部重点研发计划项目等资助，近年来以通讯作者或第一作者在Cell, Nat.Commun.(2020,2021,2023a,2023b,2024),NAR, PNAS,EMBO J, Chem.Sci., EMBO Reports等学术刊物上发表SCI论文40余篇。

研究组方向
本研究组聚焦于RNA整合结构生物学研究。我们一方面致力于RNA高级结构解析整合技术的开发，并据此开展与人类疾病或重大生命过程密切相关RNA的高级结构、构象动态、相互作用与功能关系的研究，另一方面致力于基于结构的理性靶向RNA与基于RNA的新疗法的开发。课题组目前的主要研究方向为：
1. RNA结构解析整合技术的开发。将不同来源、不同类型和不同分辨率的实验与理论数据，通过计算模拟整合起来，以获取RNA及其复合物高级结构信息。
2. RNA高级结构与功能研究。应用传统研究方法(X射线晶体学、冷冻电镜和NMR)解析100核苷酸以下RNA的高分辨率结构，应用整合技术解析100-1000核苷酸RNA的整合结构。
3. RNA构象动态与功能研究。在结构基础上，结合单分子技术(包括smFRET、单分子纳米孔等)与系综技术(包括小角射线、电子顺磁共振、X射线散射干涉等)，揭示RNA功能的构象动态基础。
4. 靶向RNA与基于RNA的新疗法开发。基于结构-动态-功能关系，发展基于RNA和靶向RNA的新疗法。

代表论著
1. Yufan Zhang#, Zhonghe Xu#, Yu Xiao#, Haodong Jiang#, Xiaobing Zuo, Xing Li*, Xianyang Fang*. Structural mechanisms for binding and activation of a contact-quenched fluorophore by RhoBAST. Nature Communications 2024, 15(1):4206. (Featured article by Nat. Commun.)
2. Xiaolin Niu, Zhonghe Xu, Yufan Zhang, Xiaobing Zuo, Chunlai Chen*, Xianyang Fang*. Structural and dynamic mechanisms for coupled folding and tRNA recognition of a translational T-box riboswitch. Nature Communications 2023, 14(1):7394.
3. Jie Deng, Xianyang Fang*, Lin Huang*, Shanshan Li, Lilei Xu, Keqiong Ye*, Jinsong Zhang, Kaiming Zhang*, Qiangfeng Cliff Zhang*. RNA structure determination: From 2D to 3D. Fundamental Research 2023, 3 (5): 727-737
4. Keyun Huang, Xianyang Fang*. A review on recent advances in methods for site-directed spin labeling of long RNAs. International Journal of Biological Macromolecules 2023, 239:124244.
5. Xiang Chen#, Yan Wang#, Zhonghe Xu#, Meng-Li Cheng, Qing-Qing Ma, Rui-Ting Li, Zheng-Jian Wang, Hui Zhao, Xiaobing Zuo, Xiao-Feng Li, Xianyang Fang*, Cheng-Feng Qin*. Zika virus RNA structure controls its unique neurotropism by bipartite binding to Musashi-1. Nature Communications 2023, 14(1): 1134
6. Lilei Xu#, Yu Xiao#, Jie Zhang, Xianyang Fang*. Structural insights into translation regulation by THF-II riboswitch. Nucleic Acids Research 2023, 51(2):952-965.
7. Yanping Hu#, Yan Wang#, Jaideep Singh#，Ruirui Sun#, Lilei Xu, Xiaolin Niu, Keyun Huang, Guangcan Bai, Guoquan Liu, Xiaobing Zuo, Chunlai Chen, Peter Z. Qin, Xianyang Fang*. Phosphorothioate-based posttranscriptional site-specific labeling of large RNAs for structural and dynamic studies. ACS Chemical Biology 2022, 17(9):2448-2460
8. Bingbing Xu#, Changchang Cao#, Hao Chen#, Qiongli Jin#, Guangnan Li#, Junfeng Ma#, Jieyu Zhao#, Jianghui Zhu#, Yiliang Ding*, Xianyang Fang*, Yongfeng Jin*, Chun Kit Kwok*, Aiming Ren*, Yue Wan*, Zhiye Wang*, Yuanchao Xue*, Huakun Zhang*, Qiangfeng Cliff Zhang*, Yu Zhou. Recent advances in RNA structurome. Science China Life Sciences 2022，65(7):1285-1324
9. Burkhard Endeward#, Yanping Hu#, Guangcan Bai, Guoquan Liu, Thomas F. Prisner*, Xianyang Fang*. Long-range distance determination in fully deuterated RNA with pulsed EPR spectroscopy. Biophysical Journal 2022，121(1):37-43.
10. Xiaolin Niu#, Ruirui Sun#, Zhifeng Chen, Yirong Yao, Xiaobing Zuo, Chunlai Chen*, Xianyang Fang*. Pseudoknot length modulates the folding, conformational dynamics and robustness of Xrn1 resistance of flaviviral xrRNAs. Nature Communications 2021, 12(1): 6417
11. Junfeng Ma, Xiang Cheng, Zhonghe Xu, Yikan Zhang, Jaione Valle, Shilong Fan, Xiaobing Zuo, Iñigo Lasa, Xianyang Fang*. Structural mechanism for modulation of functional amyloid and biofilm formation by Staphylococcal Bap protein switch. The EMBO Journal 2021, 40(14): e107500. (Research Highlight on Nature Chemical Biology 2021, 17: 839)
12. Xiaolin Niu#, Qiuhan Liu#, Zhonghe Xu#, Zhifeng Chen, Linghui Xu, Lilei Xu, Jinghong Li*, Xianyang Fang*. Molecular mechanisms underlying the mechanical anisotropy of flaviviral exoribonuclease-resistant RNAs (xrRNAs). Nature Communications 2020, 11(1): 5496. (News and Views on Nature Chemical Biology 2021, 17: 933-934)
13. Yan Wang, Venkatesan Kathiresan, Yaoyi Chen, Yanping Hu, Wei Jiang, Guangcan Bai, Guoquan Liu, Peter Z. Qin*, Xianyang Fang*. Posttranscriptional site-directed spin labeling of large RNAs with an unnatural base pair system under non-denaturing conditions. Chemical Science 2020, 11: 9655-9664.
14. Yan Wang, Yaoyi Chen, Yanping Hu, Xianyang Fang*. Site-specific covalent labeling of large RNAs with nanoparticles empowered by expanded genetic alphabet transcription. Proceedings of the National Academy of Sciences 2020, 117(37): 22823-22832.
15. Yupeng Zhang#, Yikan Zhang#, Zhong-Yu Liu#，Meng-Li Cheng#, Junfeng Ma, Yan Wang, Cheng-Feng Qin*, Xianyang Fang*. Long non-coding subgenomic flavivirus RNAs have extended 3D structures and are flexible in solution. EMBO Reports 2019, 20(11): e47016.

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