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[交流]
小分子修饰与分子对接
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新手在学习docking刚开始有好多不懂的[哭惹R]目前在学的是autodock vina。 想要求助大家几个问题： 1??大家在对先导化合物或者活性小分子修饰改造的时候会提前进行对接吗 2??如果靶点变了怎么办呀 3??还有就是如何才能知道靶蛋白的活性口袋呀，是不是针对活性口袋对小分子进行修饰更高效呀 4??对于未知靶点的小分子怎么才能知道它的靶蛋白呀 发自小木虫IOS客户端 |
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3楼2024-05-11 21:29:27
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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1.会提前进行对接 2.靶点变了?是脱靶还是变成了同源家族蛋白的选择性抑制剂/激动剂。新靶点和旧靶点可以都对一下 3.靶蛋白的活性口袋可以查文献在软件内自定义（我没用过autodock vina但是用过一些其他的对接软件），如果没有相关报道可以利用软件的功能自动搜寻潜在结合口袋。一般只有进行过初步的构效关系讨论（指合成过十个以上类似物并测过活性）之后验证得到的对接才是可靠的，所以一上来就参照对接进行化合物改造并不靠谱，甚至会走弯路。 4.未知靶点的小分子emmmm，如果做的是激酶靶点的话可以去做个激酶谱筛选，但是我们一般都是先确定靶点再筛选小分子的。知道小分子再去识别靶点这种一般是研究天然产物的会比较多。 发自小木虫Android客户端 |
4楼2024-08-13 10:30:28
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