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mmffdd26

金虫 (著名写手)

[交流] DNA琼脂糖电泳中DNA和聚合物吸附效率的问题

将一种聚合物以不同的浓度和DNA结合后进行电泳,通过得到的电泳数据(电泳图和对应的数据值),怎样分析不同浓度的聚合物和DNA的结合效率。

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gyesang

荣誉版主 (著名写手)

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mmffdd26(金币+20,VIP+0):谢谢~ 10-21 10:32
原理有点像EMSA,做过EMSA,不过跑的是PAGE胶,没有这么结合过跑琼脂糖胶。不过,你这种聚合物不同浓度是什么意思啊,是不同分子量的聚合物,还是同一分子量不同梯度浓度的聚合物,如果是同一分子量的话,与DNA结合跑电泳,根据你的聚合物和DNA片段的大小,选择适当浓度的琼脂胶跑电泳,可以根据电泳条带来判断你的聚合物跟DNA的结合情况,不知道你的聚合物的分子量范围,不知道能不能在琼脂糖凝胶上产生gel shift,反正基本原理就是你的聚合物跟DNA结合后,泳动速度下降,根据泳动的滞后情况做出判断,如果琼脂糖凝胶不明显的话,建议你跑聚丙烯酰胺凝胶
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2楼2009-10-21 14:19:20
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j2

木虫 (正式写手)

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mmffdd26(金币+20,VIP+0):谢谢~ 10-21 10:33
接合的量不一样,聚合物大小就不一样,跑胶后位置就不一样,如果琼脂糖电泳有结果的话,就是3条带,DNA,聚合物,DNA+聚合物,根据量的多少计算效率
不知道行得通不~
修炼ing,当虫仙……
3楼2009-10-21 15:25:53
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爱拼才会赢

木虫 (正式写手)

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mmffdd26(金币+20,VIP+0):谢谢~ 10-21 10:33
通过电泳定量测定结合率需要能定量的荧光显微镜及计算机成像系统,或者通过切割条带,提取游离DNA并测定相应含量,比较麻烦,建议:通过凝胶成像定性测定结合情况,如没有游离DNA条带,结合率应该是在80%以上的,通过高速离心聚合物DNA使之沉淀,取游离DNA,用荧光分光光度法定量测定,得到游离DNA量,结合率就很容易了。
4楼2009-10-21 16:09:00
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爱拼才会赢

木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★
mmffdd26(金币+5,VIP+0): 10-21 10:40
如果还有什么不明白的,可以继续问我啊
5楼2009-10-21 16:11:11
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gyesang

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★ ★ ★ ★ ★
mmffdd26(金币+5,VIP+0): 10-21 11:40
做EMSA吧,就是electrophoresis mobility shift assay,跑聚丙烯酰胺凝胶电泳看band shift比较直观,不知道你DNA多长,需要预先进行标记
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6楼2009-10-21 17:00:20
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yzhang1986

铁杆木虫 (文坛精英)

优秀版主

跑的慢的应该效率就高
7楼2009-10-21 18:27:22
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