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huofuman

木虫 (小有名气)

[交流] 得到一段est序列,怎样寻找全长

我从cDNA文库中找到一段EST序列,在Genbank上搜索找到了含有该段序列的BAC克隆,但Genbank上没有该段EST的功能解释,因此可能是一个我感兴趣的新基因。
这个BAC克隆有30kb左右,我怎样利用这段BAC克隆序列得到该EST序列代表的基因的全长呢?怎样去寻找开放阅读框呢?
我用DNAMAN试着寻找过ORF,找到不少ORF,有几个ORF都包括了该EST序列,但不一样长。我现在不知道该选择哪个ORF了。
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gastrodia

金虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
将EST进行翻译,正向翻译,反向翻译,去除一个碱基再进行正向和反向翻译,去除2个碱基在进行翻译,然后把6种结果分别进行NCBI的蛋白质BLast,根据结果进行判断,
比如有的ORF很短,那肯定是有问题,或者中间出现多个终止子,那这个阅读框也肯定不对,
而且你也可以使用ESTscan判断该序列究竟是处在编码区的5‘,3’或者中间
2楼2009-10-14 18:34:52
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36678293

铜虫 (正式写手)

进来学习了
1
3楼2009-10-14 20:19:32
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