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qiangwxr木虫 (小有名气)
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[交流]
【求助】一个简单有机分子的结构优化
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我做模拟有一段时间了，大部分工作就是优化结构，计算吸附能。一直有个困惑：对于含有大量可旋转的C-C键的有机分子，如何确定初始分子结构，以便得到全局最低能量构象。 大多数模拟软件和模拟方法，应该都只能搜索到局部的能量最低值结构。因此，初始的分子结构的选择非常重要。输入不同的结构，优化后得到的结构可能不同。 如果键不多，可以手动输入一些可能的结构，如顺式、反式、旁式等；如果有6个以上的可旋转键，可能的结构就太多了，这种情况下如何在尽可能短的时间里得到可靠的全局最低能量构象？ 这里以1,3-二甲氧基丙烷为例，分子结构式为：CH3-O-CH2-CH2-CH2-O-CH3。每个可旋转的C-C键都可能是顺式、反式或旁式，扭转角也有多种可能。如何选择恰当的构象作为输入文件？有一篇文献中比较了四种可能的构象：TT,TG-,GG,GG-。下面的坐标是我自己画的，不是很可靠，不知道作为输入文件是否恰当。 dietherA C -4.159046 -0.537718 -0.054324 O -3.156149 0.376189 0.608119 C -1.797975 -0.283290 0.603280 C -0.775034 0.642012 1.288037 C 0.608127 -0.034897 1.286977 O 1.611507 0.868385 1.963266 C 2.964295 0.197698 1.970454 H -4.211346 -1.522561 0.517399 H -3.837814 -0.739129 -1.129467 H -5.185117 -0.040970 -0.050353 H -1.474165 -0.479021 -0.472093 H -1.854462 -1.271396 1.169015 H -1.100372 0.838433 2.362784 H -0.716324 1.629777 0.721900 H 0.935450 -0.230925 0.212652 H 0.546695 -1.023105 1.851913 H 3.294261 -0.002681 0.897775 H 2.895803 -0.788912 2.537426 H 3.723301 0.877940 2.481078 dietherB C -4.411357 -0.587378 0.094184 O -3.358522 0.465265 0.348539 C -2.047468 -0.202665 0.692075 C -0.968269 0.873855 0.917992 C 0.385496 0.227913 1.265020 O 0.213388 -0.569920 2.533235 C 1.278662 -0.148471 3.515593 H -4.536046 -1.231929 1.025768 H -4.088742 -1.241927 -0.780166 H -5.401852 -0.082289 -0.153340 H -1.731917 -0.880447 -0.168583 H -2.172380 -0.825093 1.639342 H -1.287357 1.545601 1.780614 H -0.853235 1.499122 -0.026061 H 1.157156 1.050033 1.438056 H 0.735044 -0.452346 0.418298 H 2.307467 -0.315592 3.056728 H 1.180764 -0.763872 4.469448 H 1.148005 0.956149 3.760710 dietherC C -3.133373 -1.131130 -0.704138 O -1.972036 -0.209334 -0.418841 C -2.003021 0.204831 1.032814 C -0.823834 1.153463 1.314416 C 0.494979 0.419736 1.011933 O 0.587822 -0.793248 1.904995 C 0.513583 -0.337680 3.342397 H -3.055678 -2.056541 -0.042915 H -3.110236 -1.443685 -1.800264 H -4.111253 -0.587909 -0.484269 H -1.911586 -0.719244 1.694230 H -2.985083 0.738808 1.256618 H -0.839882 1.465211 2.410983 H -0.909453 2.077605 0.652381 H 1.373597 1.115243 1.221079 H 0.514020 0.096356 -0.081066 H 1.382461 0.366728 3.562660 H 0.571595 -1.242490 4.033478 H -0.471666 0.210606 3.511917 dietherD C -3.010139 -1.191438 -0.806069 O -1.988112 -0.149390 -0.419767 C -1.977723 0.009124 1.081724 C -0.942148 1.070291 1.501326 C 0.475321 0.640379 1.076508 O 0.554859 0.504500 -0.425182 C 1.951279 0.084488 -0.816558 H -2.740697 -2.186465 -0.319295 H -3.019747 -1.312879 -1.939563 H -4.041611 -0.861313 -0.450081 H -1.715332 -0.988559 1.566860 H -3.012921 0.337289 1.428511 H -0.969198 1.185787 2.635151 H -1.200134 2.067972 1.013760 H 0.728552 -0.359428 1.562098 H 1.225182 1.427619 1.419426 H 2.013760 -0.018663 -1.950156 H 2.196973 -0.916445 -0.329408 H 2.696974 0.871644 -0.464581 [ Last edited by qiangwxr on 2009-10-14 at 18:15 ] |
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