24小时热门版块排行榜    

查看: 2447  |  回复: 1
【悬赏金币】回答本帖问题,作者sxsfdx将赠送您 20 个金币

sxsfdx

银虫 (小有名气)

[求助] [求助] 【gromacs】如何计算胶束质心和另外一个分子的RDF 已有1人参与

[求助] 【gromacs】如何计算胶束质心和另外一个分子的RDF
我有一个胶束(由40个分子A组成),还有一个药物分子B,请问如何计算胶束质心和药物分子质心之间的RDF?

gmx rdf -f trajout.xtc -s md1.tpr -n index.ndx -ref “com of group A” -sel “com of group B” -bin 0.03(这个命令得到的rdf和实际情况 不符合)


其中trajout.xtc 采用的下面的命令,已经让胶束和药物分子居中盒子了。

                              
gmx trjconv -f md1.xtc -pbc cluster -center -s md1.tpr -n index.ndx
谢谢大家!
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

visualization

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感觉你应该是要计算药物分子沿胶束径向的密度分布,而不是径向分布RDF。需要用RDF的值换算一下, g(r)*3*r*r/(rmax*rmax*rmax),rmax是RDF横轴最大值,算出来单位是nm -1
2楼2024-09-10 00:38:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 sxsfdx 的主题更新
不应助 确定回帖应助 (注意:应助才可能被奖励,但不允许灌水,必须填写15个字符以上)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 FChKX8meu1ds 2026-11-09 5/250 2026-11-11 04:40 by Z7qfCsdIiD1T
[考研] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 6/300 2026-11-11 04:12 by Z7qfCsdIiD1T
[硕博家园] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 0TEMgxdT1eIw 2026-11-09 6/300 2026-11-11 04:07 by Z7qfCsdIiD1T
[公派出国] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 5/250 2026-11-11 04:01 by Z7qfCsdIiD1T
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 6/300 2026-11-11 03:59 by Z7qfCsdIiD1T
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 5/250 2026-11-11 01:24 by Z7qfCsdIiD1T
[考研] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 0TEMgxdT1eIw 2026-11-09 6/300 2026-11-11 01:10 by Z7qfCsdIiD1T
[考研] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 5/250 2026-11-11 00:59 by Z7qfCsdIiD1T
[考研] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 FChKX8meu1ds 2026-11-09 4/200 2026-11-10 22:39 by Z7qfCsdIiD1T
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 5/250 2026-11-10 20:45 by Z7qfCsdIiD1T
[硕博家园] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 4/200 2026-11-10 20:07 by Z7qfCsdIiD1T
[考博] 申请环境,微生物方向博士 +3 浅笑09 2026-11-08 3/150 2026-11-10 12:44 by 可淡不可忘
[教师之家] 延安大学回应“副教授留绝笔信”:确已离世,正核实举报内容 +4 yexuqing 2026-11-04 6/300 2026-11-10 11:13 by susizheng
[考研] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 15/750 2026-11-09 13:19 by Equinoxhua
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +5 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 16/800 2026-11-09 11:47 by GwrQVVR6Oenx
[考博] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 15/750 2026-11-09 11:41 by GwrQVVR6Oenx
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 8/400 2026-11-08 23:01 by l48hFd8Nwae2
[公派出国] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +6 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 12/600 2026-11-06 16:10 by 5sJFDKp2kwuI
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 11/550 2026-11-06 16:10 by 5sJFDKp2kwuI
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +6 kvewwGtKktqB 2026-11-04 16/800 2026-11-06 05:00 by qL1cU46YIdK0
信息提示
请填处理意见