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dcb005金虫 (著名写手)
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什么是HTC呢
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目前在网站上看到这样一个词HTC，有点CDNA全长的意思，但不明白是什么缩写，请虫友帮忙 http://www.pgb.kazusa.or.jp/kaftom/ #of HTC HTC acc. 另外，unigene 跟全长基因有什么区别呢？最好通俗的解释一下，谢谢了 [ Last edited by 司马诸葛 on 2009-10-12 at 20:14 ] |
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dcb005(金币+5,VIP+0):版主给的奖励，我的还没给呢哈哈 10-13 16:46
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HTC是high-throughput cDNA的缩写，也就是高通量cDNA。 unigene指的不是基因名称，而是NCBI的一个数据库，UniGene是从属于GeneBank的一部分，专门收集非冗余性的基因来源的clusters数据。每一个UniGene Cluster包含代表单一基因的序列和相关的信息，例如基因表达的组织类型和图谱定位信息。 除了这些具有具有特征的序列以外，成千上万的EST也被收录在内。因此，相应的，这些收集的资源可以作为基因发现的来源。现在，许多实验室研究人员已经利用UniGene进行大规模的基因表达图谱分析，并且所有这些序列并没有被用来尝试产生Contigs或Consensus。这里存在一些原因解释为什麽同属于某一基因的序列不用来产生一个单一的Contig. 1.所有属于同一基因的剪切变异被放在同一聚类中。 2.来自同一cDNA克隆的EST序列，通常都有5’和3’端的序列，但这些序列并不都具有重叠部分。 当前，Unigene已收录了Human 、Rat、Mouse和Cow、Zebrafish的序列。选择这些物种是因为它们有大量的EST可用数据，其它物种的序列将在今后陆续被加入。（来源：http://www.biosino.org/pages/ncbi-6.htm） 另外：人类基因组计划的首要任务是对人类基因组进行全序列测定，整个基因组估计有30亿个碱基对，其中大约3%可以编码蛋白质，其余部分的生物学功能还不清楚。转录图谱可以把基因组中能够编码蛋白质的部分集中起来，因此是一种重要的数据资源。UniGene试图通过计算机程序对GeneBank中的序列数据进行适当处理，剔除冗余部分，将同一基因的序列，包括EST序列片段搜集到一起，以便研究基因的转录图谱。UniGene除了包括人的基因外，也包括小鼠、大鼠等其它模式生物的基因，而下一章将要介绍的HGI数据库只包括人的基因。该数据库的标题行（TITLE）给出基因的名称和简单说明，表达部位行（EXPRESS）指出该基因在什么组织中表达以及在基因图谱中的位置等。此外，列出该基因在核酸序列数据库GenBank或EMBL和蛋白质序列数据库SWISS-PROT中的编号的超文本链接。UniGene中部分条目包括已知基因序列，而有些条目则仅有新测得的EST序列片段。这就意味着，这些EST序列所对应的基因尚未搞清，可以用来发现新基因。在描绘基因图谱及大规模基因表达分析等研究中，UniGene也可以帮助实验设计者选择试剂。UniGene可以通过NCBI或SRS系统访问。（来源：http://www.hudong.com/wiki/UniGene%E6%95%B0%E6%8D%AE%E5%BA%93） |
2楼2009-10-13 10:27:28
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这个我也是从文献中看到的，我给你发个链接吧，你搜索一下就能搜索到HTC的，http://www.ddbj.nig.ac.jp/breakd ... t_seqlen_htc-j.html |
6楼2009-10-13 19:03:02
