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jiangliqun

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[交流] 常用的在线毒理数据库---1

对于任何新的化学实体(NCE)，特别是潜在的新药，进行安全性评估第一步是首先检索相关线毒理数据库已知的分子、其结构和治疗方法或功能类类似物的毒性资料。
这就需要我们充分地检索文献或者相关毒性数据库。本文就简要介绍一下常用的在线毒理数据库。
Pubmed
该数据库是一个摘要数据库，囊括了全球范围内发表的医学和生命科学相关的学术期刊文章、综述、会议论文和其他文献。网上相关教学视频很多，大家可以自行学习。(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/)

FDA数据库

PubChem
即有机小分子生物活性数据，是一种化学模组的数据库，目前由美国国家生物技术信息中心维护。主要包含小分子，但也包含较大的分子，例如核苷酸，碳水化合物，脂质，肽和化学修饰的大分子。该数据库收集有关化学结构，标识符，化学和物理性质，生物活性，专利，健康，安全，毒性数据等许多信息。
(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov)

INCHEM
INCHEM数据库平台隶属于世界卫生组织，平台可以提供快速、便捷地查询获取数千份关于化学品风险和化学品健全管理的完整文本文件。
截至2023年8月15日，IPCS INCHEM数据库平台系统收录了8544种化学品相关信息数据。使用者可以通过化学品和CAS登记号进行检索查询。
(https://inchem.org/#/)

RTECS
化学物质毒性数据库（RTECS，Registry of Toxic Effects of Chemical Substances）是一个记录化学物质毒性资料的数据库，隶属于美国国家职业安全卫生研究所（NIOSH）。主要包括以下六大类化学物质的毒性数据：直接刺激性（Primary irritation）、致突变性（Mutagenic effects）、对生殖的影响（Reproductive effects，即致畸性）、致肿瘤性（Tumorigenic effects）、急性毒性（Acute toxicity）和其他多剂量毒性。
https://www.cdc.gov/niosh/npg/npgdrtec.html

IRIS
综合风险信息系统(IRIS,Integrated Risk Information System)隶属于美国环境保护署(EPA)，是一个专门收集化学物质在长期暴露下对人体健康产生慢性影响的基础毒性数据库。IRIS数据库可以上网查询，其收录了550多种化学物质的相关信息。（https://www.epa.gov/iris/）

ATSDR
ATSDR(Agency for Toxic Substances and Disease Registry )是美国卫生与公众服务部下属的一个联邦公共卫生机构。其受国会授权的指示，履行有关环境中有害物质对公众健康影响的具体职能。该数据库提供详细的Tox profiles，该数据收载了较多的ICH Q3D 未收载的元素杂质的毒性报告。
（https://atsdr.cdc.gov/az/a.html）

化学物质毒性数据库
数据库为化学品毒性数据库，收载约15万个化合物的有关毒理方面的数据。（https://www.drugfuture.com/toxic/）

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jiangliqun

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毒理学的相关数据,如急性毒性试验、长期毒性试验、遗传毒性试验、生殖毒性试验、致癌毒性试验、过敏性试验等的相关研究数据
1、化学物质毒性数据库
https://www.drugfuture.com/toxic/
数据库说明:本数据库为化学品毒性数据库，收载约15万个化合物的有关毒理方面的数据。

2、急性毒性数据库
https://www.cerc.usgs.gov/data/acute/acute.html
数据库说明：本数据库为哥伦比亚环境研究中心对 410 种化学物质和 66 种水域动物所进行的 4,901 项急性毒性测试结果。

3、化合物毒性相关数据库 Toxnet
https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/
数据库说明：美国国家医学图书馆的化合物毒性相关数据库，包括药品毒理学、危险化学品和其它相关领域的信息。

4、NTP
https://manticore.niehs.nih.gov/cebssearch
数据库说明：美国国家毒理部网站。

5、厚生劳动省
https://anzeninfo.mhlw.go.jp/user/anzen/kag/sokatutbl.htm
网站说明:该网站为日本网站,具体操作示例如下。

6、Toxinfo
https://www.toxinfo.io
数据库说明:搜索毒理、危险化学品和环境健康信息的免费数据库。

7、ChemBlink
https://www.chemblink.com/indexC.htm#opennewwindow
数据库说明:提供化合物的安全技术说明书,说明书中毒性一栏(Toxicological Information)会提供化合物的一些毒性数据。

8、Summary of Product Characteristics (SmPC)
https://www.medicines.org.uk/emc/
网站说明:拥有超过14000份文件,所有这些文件都经过了英国或欧洲的药品许可政府机构的检查和批准。该网站可以查询药品安全限度相关的信息。

9、ECHA database of registered compound data
https://echa.europa.eu/informati ... gistered-substances
网站说明：欧洲化学品管理局，是欧盟的一个机构。执行欧盟的化学品立法来保护公众的健康和环境。

10、上海有机所物质毒性数据库
https://chemdb.sgst.cn/ssdb/main/tox_introduce.asp
数据库说明：收录了化合物的毒性数据，包括物质的各种毒性实验数据、美国研究状况和化合物毒性标准、各国职业场所化合物毒性暴露限度、毒性作用、相关参考文献等信息。该网站需要注册后才可使用。

12、QSAR Toolbox

13、OECD Existing Chemicals Database
https://hpvchemicals.oecd.org/UI/Search.aspx
OECD数据库， OECD Existing Chemicals Database，是由经合组织OECD联合各成员国和其他机构建立的免费数据库。可通过CAS号或化合物名搜索，可提供化合物详细的OECD的评估报告，提供详细的毒性数据及NOEL等值，方便毒性判断和PDE的计算。该数据库还与日本JECDB数据库（Japan Existing Chemical Database ）连通。网址：https://dra4.nihs.go.jp/mhlw_data/jsp/SearchPage.jsp。

14、IPCS（International Programme on Chemical Safety，国际化学品安全规划小组）数据库
https://www.ilo.org/global/topic ... /lang--en/index.htm
IPCS是由世界卫生组织、国际劳工组织和联合国环境规划署共同成立的有关化学品安全的国际合作机构，开展化学品对人体健康和环境风险的评价，包含动物试验结果、人体和环境暴露及安全性评价，其网站也会公布特定化合物的CICAD（Concise International Chemical Assessment Document, 简明国际化学品评估文件）及可接受摄入量,国际认可度高，可参考使用。

15、Carcinogenicity Database数据库https://carcdb.lhasalimited.org
Carcinogenicity Database由Lhasa Ltd.公司开发的免费数据库，提供比CPDB更加详细的TD50值获得的试验过程。Lhasa Ltd.公司也开发了Derek、Meteor、Vitic和Zeneth等预测软件，其中Derek被药监机构广泛认可。Carcinogenicity Database收录了7745项慢性暴露致癌性研究，涵盖了1726种化学物质。该数据库建立在Lois swisky Gold和她的团队在1980年至2005年间创建致癌效力数据库(CPDB)的基础上。来自CPDB数据集的一些化合物已被纳入拉萨致癌性数据库,同时也收录了一些美国国家毒理学计划（NTP）上的一些数据。

16、CPDB数据库
https://files.toxplanet.com/cpdb/cpdb.html
CPDB(Carcinogenic Potency Database，致癌性数据库)，由加利福尼亚大学和劳伦斯伯克利实验室开发，收录了自1950年代以来进行的6540项慢性、长期动物癌症实验结果的标准化分析，只提供1980~2011年间的信息，现已不再更新。CPDB收录的毒理学数据（鼠伤寒沙门氏菌Ames试验结果、不同种属动物的TD50等）被各国药监机构广泛认可，可直接使用，一般选择最低的TD50值进行AI（Acceptable Intakes，可接受摄入量）值计算。

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2楼2023-12-14 12:28:28

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化合物查询数据库化学信息

1.chemspider
https://www.chemspider.com/
查找化合物毒理数据安全性的数据库

1.TOXNET（TOXicology data NETwork，毒理学数据网络）
链接： https://toxnet.nlm.nih.gov/

2. CPDB：致癌性数据库
链接： https://toxnet.nlm.nih.gov/cpdb/

3.RTECS ：化学物质毒性数据库（药物在线提供）
链接： https://www.drugfuture.com/toxic/

4.化学专业数据库-中国科学院上海有机化学研究所版权所有
链接： https://chemdb.sgst.cn/scdb/default.htm
5.ECHA（European chemicals agency,欧洲化学品管理局）

链接： https://echa.europa.eu/da/home
6.IPCS (International programme on chemical safety)

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3楼2023-12-14 12:31:36

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药品包材系统毒理学风险评估常用方法
2022年05月11日分享到：本文就药包材系统毒理学风险评估的定义、相关安全阈值以及风险评估方法进行解析探讨，共探对已知化合物中可能存在的风险进行科学评估的关键要素。
对于药品包装材料、工艺组件、相关原材料等的毒理学风险评估，是指基于化合物中的可提取物及浸出物可能带来的风险进行的评估。
毒理学风险评估基本方法
检索数据  可提取物 / 浸出物的相关毒理学数据，
参考阈值  参考权威数据库的人体或动物试验数据及国内外监管部门 / 权威组织机构提供的毒理学阈值，
综合推导  结合药品信息以及相关毒理学评估指导原则，推导得到人体可耐受安全阈值。
对比评价  通过可提取物/浸出物的含量与人体可耐受安全阈值的比较，对其可能在人体产生的毒理学风险进行评价
不同指导原则或组织机构对人体可耐受安全阈值有不同的命名，其含义类似，常用于药品包材的人体可耐受安全阈值有：
QT  界定阈值，Qualification Threshold、
SCT  安全性阈值，Safety Concern Threshold、
AET  分析评价阈值，Analytical Evaluation Threshold、
PDE  人每日允许最大暴露量，Permitted Daily Exposure、
AI  可接受摄入量，Acceptable Intake、

TTC  毒理学关注阈值，Threshold of Toxicological Concern等。

01毒理学关注阈值 TTC
毒理学关注阈值 TTC 是根据结构相关的化合物的毒性，推测出的无不良反应的暴露水平。当低于该暴露水平时，无论化合物是否具有毒性数据，在终身服用的情况下对人体健康都不会产生明显的危害。[1]
TTC 法是相容性研究中，针对可提取物/浸出物的安全性评价所采用的毒理学风险评估方法之一，使用此法的主要优点是可评估低暴露风险的同时，无需特定化学物质的动物毒性数据。因此，对于缺乏毒理学数据的的化合物，推荐使用 TTC 阈值进行评估。
多年来 TTC 法一直被各权威机构组织用于评估相关产品中化合物的安全性，如美国 FDA 用此法筛选包装迁移物的安全性；FAO / WHO食品添加剂联合专家委员会 JECFA 用此法筛选食品添加剂的安全性。[2]
对于具有基因毒警示结构的致癌化合物，在10-6 致癌风险情况下的TTC阈值为0.0025μg / kg /天，即0.15μg /天（使用60kg 人体体重计算），其在10-5 致癌风险情况下的 TTC 阈值为0.025μg / kg /天，即1.5μg /天。该TTC阈值不适用于已知的致癌概率高的化合物，如类黄曲霉素物质、氧化偶氮或亚硝基物质、联苯胺物质。
对于非致癌化合物，根据化合物结构，使用 Cramer 的结构分类决策树进行分类。Cramer 决策树分类是根据化合物分子结构反映的毒性大小将化合物分成3类：其中 Cramer Ⅲ 类毒性最大，具有复杂结构，代谢物到反应产物具有潜在毒性；Cramer Ⅱ 类毒性居中，无明显的潜在毒性；Cramer Ⅰ类具有简单结构，可有效代谢成为无毒物质。
另外，对于有机磷酸酯及氨基甲酸酯类物质，由于具有已知的神经毒性，对其单独归类。甾体类物质、具有生物累积特性的物质如多卤化二苯并二恶英、二苯并呋喃、联苯类物质由于其毒性较大，未被列入 TTC 阈值使用范围内。

Cramer 分类的限值是基于 613 个化合物的 2941 个试验得到的NOAEL（ No Observed Adverse Effect Level ）值，通过应用不确定因子如种内、种间差异不确定因子，暴露时间转换因子等，推导得到的最保守的限值，作为每类化合物的慢性口服暴露的 Cramer 分类限值。[3,4]

化合物是否具有基因毒警示结构或 Cramer 分类，可以通过软件进行预测，常用的软件包括 Toxtree，QSAR 等。各类物质的 TTC 阈值如下表所示：
表1-1  TTC阈值描述[3,4]
对于基因毒杂质，根据药物临床使用差异，例如疾病的治疗周期、严重程度等，还可进一步提高阈值限度。ICH M7 根据致突变杂质每日摄入量（对应10-5 患癌风险）与治疗天数的线性关系，根据终生治疗所用的 TTC 水平（即1.5μg /天）进行计算，得到了不同治疗时长下的致突变杂质可接受摄入量，如下表所示。[5]
表1-2 单个基因毒性有机化合物的可接受摄入量[5]
表1-3
多个基因毒性有机化合物（≥3个）的总可接受摄入量[5]

当前的 TTC 阈值是基于慢性动物研究得到的，考虑了终生暴露的情况。然而，作为急性接触的药品，TTC 阈值可能过于保守。有文献指出，通过对非基因毒性物质的急性经口暴露 TTC 阈值研究，可以将 Cramer III 类物质的 TTC 阈值 90μg /天（1.5μg / kg /天）乘以因子 3，用于 Cramer III 物质急性暴露（小于 24 小时）的 TTC 阈值是合理的，即 Cramer III 类物质的急性 TTC 阈值为270ug /天（4.5ug / kg /天，60kg 体重）。[6]

02

安全阈值  SCT/QT
安全性阈值SCT，是根据基因毒致癌物质的TTC阈值规定的，在该阈值以下，对化合物的致癌毒性和非致癌毒性的担忧均可忽略不计。
界定阈值QT，是美国产品质量研究协会PQRI（Product Quality Research Institute）对于吸入制剂中不含基因毒警示结构的化合物的推荐阈值，对非基因毒性或致癌性化合物，在该阈值以下，对于化合物的非致癌性作用的担忧可忽略不计。
PQRI工作组建议：
对经口吸入制剂和鼻腔制剂（OINDPs，Orally Inhaled or Nasal Drug Products）中迁移物的 SCT 为0.15μg /天，QT值为 5μg /天；

对于肠道外药品（PDP，Parenteral Drug Products）中的静脉注射、皮下注射以及肌肉注射产品，推荐使用 SCT 值 1.5μg /天；对于PDP中的非基因毒性或致癌性化合物，在缺乏一般毒理学数据和确定的刺激或致敏潜力的情况下，也可以使用 QT 值 5μg /天评估。

对于已知毒性特别强的物质，如，如亚硝胺类（N-nitrosamine）、多环芳烃（PAHs或PNAs）或 2-巯基苯并噻唑（2-MBT）等，不可采用以上两种评估方法，需根据具体毒理学数据或相关法规指导原则要求制定更低的可接受限度。[7,8,9]

03
分析评价阈值AET
分析评估阈值 AET 是指从 SCT 计算并用于潜在毒理学评估的识别阈值。AET 需先根据 SCT 以及药品单位使用剂量计算出 AET 估值，然后根据所使用的分析方法，评估方法的不确定性，得到 AET 终值。目前一般采用2种方法，一是使用与标准品比较的响应因子的方法，二是使用不确定度为 50%  AET 估值的方法确定，二者取较大值。超过AET的物质，化学家应开始识别特定可提取物并将其报告以进行潜在毒理学评估。

对 OINDP 产品，用于 AET 计算的 SCT 为 0.15μg /天；对 PDP 产品中的静脉注射、皮下注射以及肌肉注射产品，推荐使用 SCT 值 1.5μg /天计算 AET。

需注意的是：AET 不是控制阈值，而是识别和潜在毒理学评估的触发值。超过 AET 的物质，如在药品与包装容器系统的相容性研究，超过 AET 的可提取物，需要化学家对进行定性定量分析，识别化合物结构，并由毒理学家对其进行特定的毒理学评估。[7,8]
04
毒理学风险评估方法
对于基因毒物质超过 TTC 阈值或非基因毒物质超过 QT 或 SCT 的化合物，需要根据其自身毒理学数据，进一步进行毒理学风险评估。目前，药品与包装容器系统的相容性研究方面，针对可提取物/浸出物的安全性评价主要采用三种毒理学风险评估方法，参照 ICH 体系推荐的 PDE 法，AI 法以及上期所述的 TTC 法。本期主要围绕 PDE 法及 AI 法进行介绍探析。

1PDE 法人每日允许最大暴露量PDE指的是某一化合物被允许摄入而不产生毒性的日平均最大剂量。低于该阈值，化合物将不会产生危害。PDE法主要适用于非基因毒致癌化合物的毒理学评估，ICH Q3C药品残留溶剂指导原则以及ICH Q3D元素杂质指导原则给出了推导方法。该方法是基于毒理学研究中获得的无可见（有害）作用水平NO(A)EL或者最低可见（有害）作用水平LO(A)EL，将其除以一系列安全系数（F1至F6）得到的。计算公式如下：

其中 BW 为质量调整系数，ICH 假设任一性别的任意成人体重为 50kg。[10,11]

对产品中潜在的化合物进行毒理学风险评估，首先需要确定化合物相关的关键评估终点 POD（Point of Departure），确定用于评估化合物在产品中的毒理学阈值（如PDE）的数据。确定化合物相关的 POD 主要分为以下两方面

STEP 1

识别化合物与人体相关的潜在危害。危害识别是确定待评估化合物的毒性作用：如全身毒性、致癌性、生殖发育毒性、刺激性、致敏性等。危害识别需要通过毒理学数据的检索，获得相关毒理学数据，并对数据的可靠性、相关性、充分性进行评估。

可靠性评价毒理学研究或文献数据的质量，评价研究发现的明确和可信证据的实验过程和结果的描述方式，如试验数据是否参考GLP指南执行、文献是否源于国家或行业标准报告；

相关性对数据和/或测试的范围适合于特定危害识别和危害表征，通常需要考虑毒理学数据与产品实际应用的相关性，如试验条件的暴露途径、暴露时长、预期暴露人群等是否与产品信息一致；

充分性确定数据对危害/危险评定有用，可以通过不同试验结果相互支持，进而评估化合物的危害。

进行危害表征，即对化合物危害进行定性或定量描述。通常使用剂量 — 反应关系评定，评定的参数通常为NOAEL、LOAEL 数据，或通过基准剂量模型得到的BMD（Benchmark Dose）值，该数据可以通过相关文献的动物试验获得。[12]

STEP2

化合物的毒理学关键评估终点（POD），以人类流行病学或人类相关毒理学数据为重点，其次是选择哺乳动物相关体内毒理学试验数据。

确定关键评估终点后，可以通过一系列修正因子进行修正，包括对于种内差异、种间差异、暴露时间、途径转换等的修正，得到与人体相关的毒理学阈值。

向上滑动查看表4-1

参照 ICH Q3C 及 Q3D，F1 表征种间差异，如大鼠外推到人类取值 5，小鼠外推到人类数据取 12 等；F2 表征种内差异，一般默认使用动物试验推导，F2 取 10；F3 表征暴露时间的差异，如啮齿类动物亚慢性暴露外推至人类慢性暴露，取值为 5；F4 表征毒性严重性，如化合物产生严重毒性如非基因毒致癌性、神经毒性或生殖发育毒性的情况下可以应用的因子；F5 表征剂量效应参数，取值范围为 1~10 之间；F6 表征途径转换因子，对于特定的给药途径无相关毒理数据的情况，可以使用途径外推法进行阈值的换算，如 ICH Q3D 中对于口服至肠道外或吸入暴露途径推荐的外推因子。[11]根据 ICH Q3C 及 Q3D 规定的修正因子如下表所示。
表4-1 用于PDE推导的修正因子[10,11]

2AI 法[5]

ICH M7 指南讨论了具有阳性致癌性数据的致突变杂质的可接受摄入量 AI 的推导，并指出对于已知的致突变致癌物质，在具有充足致癌数据的情况下，推荐根据致癌效力和线性外推计算特定化合物的可接受摄入量，而不是单纯的基于 TTC 阈值。
ICH M7 推荐使用 TD50 法计算已知致突变致癌物质的AI值，即根据啮齿动物的致癌性数据 TD50 值（50% 肿瘤发生率，即 1：2 的癌症风险概率）计算化合物特定的可接受摄入量，将 TD50 除以 50000，可以线性外推到 10-5 的肿瘤发生率下的剂量（10-5 为可接受的终生致癌风险水平）。计算公式如下：

AI = TD50 ÷ 50000 × BW
对于致癌性数据 TD50值的检索，推荐使用的数据库为CPDB（Carcinogenicity Potency Database）。采用的 TD50数据需取自最敏感物种和对诱导最敏感的肿瘤发生部位产生的数据，通常认为该数据也适合所有给药途径，而对于特殊给药途径（如吸入给药），应根据具体情况进行逐案评估。需要注意的是，推导 AI 时需考虑已有的致癌性数据与人类的相关性，对此，ICH M7 以对氯苯胺和甲基氯为例进行了说明，在此不做赘述。
除 TD50 法外，也可以使用国际公认机构所采用的方法计算可接受摄入量或直接使用监管机构已公布的测定数据，如使用基准剂量代替 TD50 值作为致癌效价的量化指标，例如基准剂量置信区间下限 10%（BMDL10，有 95%的概率确信预估的最低剂量不会导致啮齿类动物的致癌率超过10%）。通过简单地将 BMDL10 除以10000来线性外推至十万分之一的发生率；美国环保部会通过相关致癌性试验数据，推算出致癌斜率因子 SF（Slope Factor，1mg / kg /天剂量下的癌症发生率），可以通过SF值计算化合物特定的可接受摄入量。将 10-5 除以 SF，可以线性外推到 10-5 的肿瘤发生率下的剂量。
小结
综上，已知化合物中，基因毒物质超过 SCT 或非基因毒物质超过 QT的化合物，需要根据其自身毒理学数据，进一步进行毒理学风险评估——目前主要采用三种评估方法：PDE 法、AI 法及 TTC 法。对于非基因毒致癌化合物的毒理学评估多用 PDE 法；对于具有阳性致癌性数据的致突变杂质，需使用 AI 法进行评估；在目标化合物数据有限的情况下，可以通过构效关系采用 TTC 法进行评估。

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14楼2023-12-14 13:43:48

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tzynew4楼

2023-12-14 12:55 回复

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tzynew5楼

2023-12-14 12:57 回复

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